基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA03G417390
当前版本: TK1151
染色体: Chr03
坐标: 103876667-103879611
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1945 bp · TkA03G417390|TK1151|cDNA
AACAAAATCAACCGCAACCAGAGGCTTCAATCGCCACCGGAAATTGGATTTCAGCCGTTCCAGACGCCTCGTCGCCGGCGGTCCATTTCTGCGATTTGCAGTGACTCACATTATTGATAGTGTTCACACGATTTTTATGTTCGTCGTTAGATTGACAAGAACGAGATCGGAGATCCAATCTAGAACATGATTACAATTCCATATTTGACCGCGCTGACCACCTATTTCAGTTACGGATTGCTCTTCGCTTTTGGACAATT...
CDS
下载 CDS FASTA1470 bp · TkA03G417390|TK1151|CDS
ATGATTACAATTCCATATTTGACCGCGCTGACCACCTATTTCAGTTACGGATTGCTCTTCGCTTTTGGACAATTGCGAGATTTCTTCCGCAACTTCATTGATTGGTGGAAAGCCAGCAATCTCCAGGGCTATGCACCGATCTGTTTAGGGCTTGAAGATTTCTATATCCGCCGCCTCTATCTCCGTATTCAGGATTGCTTTGGAAGACCAATATCGAGCCCTCCTGATGCTTGGTTTGATGTGGTGGAGCGTGTTTCGAA...
489 aa · TkA03G417390|TK1151|PROTEIN
MITIPYLTALTTYFSYGLLFAFGQLRDFFRNFIDWWKASNLQGYAPICLGLEDFYIRRLYLRIQDCFGRPISSPPDAWFDVVERVSNDNNKTLKRTTKVSRCLNLGSYNYLGFAAADEYCTPRVTETLKRYSASTCSTRVEGGTTALHIELEDVVADFVGKPAAMVTGMGYVTNSAILPVLIRHGGLIISDSLNHNSIVNGARGSGATVRVFQHNTPSHLEKVLREHIADGQPRTHRPWKKIIVIVEGIYSMEGELCKLP...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA03G417390 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA03G417390 |
| OH-1004 ID | LXL04_030831 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 92.600 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA03G417390 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:103876667-103879611 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to LCB2a: Long chain base biosynthesis protein 2a | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程 GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程 GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程 GO:0046512 sphingosine biosynthetic process 生物过程 GO:0046513 ceramide biosynthetic process 生物过程 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0017059 serine palmitoyltransferase complex 细胞组分 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G48780 ath:AT5G23670 dosa:Os01g0928700 dosa:Os01g0928800 dosa:Os11g0516000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.663
线粒体0.137
细胞质0.076
过氧化物酶体0.061
细胞膜0.059
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00155Aminotran_1_2102-460 aaPF01212Beta_elim_lyase149-333 aaPF01041DegT_DnrJ_EryC1150-284 aaPF00266Aminotran_5150-282 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA03G417390 | PF00155 | Aminotran_1_2 | 102 | 460 | 8.6e-53 | 180.5 |
| TkA03G417390 | PF01212 | Beta_elim_lyase | 149 | 333 | 4.5e-09 | 36.8 |
| TkA03G417390 | PF01041 | DegT_DnrJ_EryC1 | 150 | 284 | 0.0002 | 21.4 |
| TkA03G417390 | PF00266 | Aminotran_5 | 150 | 282 | 0.014 | 15.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LSZ9 | 拟南芥 | sp|Q9LSZ9|LCB2A_ARATH Long chain base biosynthesis protein 2a | 83.800% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9M304 | 拟南芥 | sp|Q9M304|LCB2B_ARATH Long chain base biosynthesis protein 2b | 82.400% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q2R3K3 | 水稻 | sp|Q2R3K3|LCB2A_ORYSJ Long chain base biosynthesis protein 2a | 84.700% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q5JK39 | 水稻 | sp|Q5JK39|LCB2D_ORYSJ Long chain base biosynthesis protein 2d | 83.200% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8RYL0 | 水稻 | sp|Q8RYL0|LCB2C_ORYSJ Long chain base biosynthesis protein 2c | 78.000% | Swiss-Prot | 高置信 |