LXL04_030831 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030831

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 123712775-123717842 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1470 bp · LXL04_030831|LXL04_030831|OH1004|cDNA

ATGATCACGATTCCGTATATAACCGCCTTGACAACCTACTTCAGCTACGGATTGCTCTTCGCTTTTGGTCAATTGCGTGATTTCTTCCGTAATATCCTTGACTGGTGGAAAGCTAGCAATCTCCAGGGATATGCACCGATCTGCTTAGGGCTAGAAGATTTCTATATTCGCCGCCTCTATCTGCGTATACAGGATTGTTTTGGACGACCTATATCAAGCCCCCCTGATGCATGGTTTGACGTGGTGGAGCGTGTTTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1470 bp · LXL04_030831|LXL04_030831|OH1004|CDS

ATGATCACGATTCCGTATATAACCGCCTTGACAACCTACTTCAGCTACGGATTGCTCTTCGCTTTTGGTCAATTGCGTGATTTCTTCCGTAATATCCTTGACTGGTGGAAAGCTAGCAATCTCCAGGGATATGCACCGATCTGCTTAGGGCTAGAAGATTTCTATATTCGCCGCCTCTATCTGCGTATACAGGATTGTTTTGGACGACCTATATCAAGCCCCCCTGATGCATGGTTTGACGTGGTGGAGCGTGTTTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

489 aa · LXL04_030831|LXL04_030831|OH1004|PROTEIN

MITIPYITALTTYFSYGLLFAFGQLRDFFRNILDWWKASNLQGYAPICLGLEDFYIRRLYLRIQDCFGRPISSPPDAWFDVVERVSNDNNKTLKRTTKVSRCLNLGSYNYLGFAAADEYCTPRVIETLKKYFASTCSSRVDGGTTALHTELEDVVADFVGKPAALVTGMGYVTNSAILPVLIGKGGLIISDSLNHNSIVNGARGSGATIRVFQHNTPSHLEKVLREYIADGQPRTHRPWKKIIVVVEGIYSMEGEICKLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030831`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030831

位置 Chr06:123712775-123717842 (+)

描述 Similar to LCB2a: Long chain base biosynthesis protein 2a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23670`	丝氨酸棕榈酰转移酶。	Characterization of an Arabidopsis cDNA encoding a subunit of serine palmitoyltransferase, the initial enzyme in sphingolipid biosynthesis.2001 · DOI: 10.1093/pcp/pce165 Loss-of-function mutations and inducible RNAi suppression of Arabidopsis LCB2 genes reveal the critical role of sphingolipids in gametophytic and sporophytic cell viability.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03420.x MPK6, sphinganine and the LCB2a gene from serine palmitoyltransferase are required in the signaling pathway that mediates cell death induced by long chain bases in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.03727.x
`At3g48780`	丝氨酸棕榈酰转移酶。	Loss-of-function mutations and inducible RNAi suppression of Arabidopsis LCB2 genes reveal the critical role of sphingolipids in gametophytic and sporophytic cell viability.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03420.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0516000`	丝氨酸棕榈酰转移酶 (SPT)。	暂无已核实直接文献
`Os01g0928800`	丝氨酸棕榈酰转移酶 (SPT)。	暂无已核实直接文献
`Os01g0928700`	丝氨酸棕榈酰转移酶 (SPT)。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030831 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0046512 sphingosine biosynthetic process 生物过程

GO:0046513 ceramide biosynthetic process 生物过程

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0017059 serine palmitoyltransferase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48780

ath:AT5G23670

dosa:Os01g0928700

dosa:Os01g0928800

dosa:Os11g0516000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.684

排名 1 · LXL04_030831 · OH-1004

线粒体0.124

排名 2 · LXL04_030831 · OH-1004

细胞质0.081

排名 3 · LXL04_030831 · OH-1004

过氧化物酶体0.061

排名 4 · LXL04_030831 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 5 · LXL04_030831 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155.28Aminotran_1_2102-460 aa

PF01212.28Beta_elim_lyase149-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030831	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	102	460	1.3e-51	176.6
LXL04_030831	`PF01212.28`	Beta_elim_lyase	149	333	8.2e-09	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSZ9`	拟南芥	Long chain base biosynthesis protein 2a	85.417%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M304`	拟南芥	Long chain base biosynthesis protein 2b	84.232%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2R3K3`	水稻	Long chain base biosynthesis protein 2a	83.678%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JK39`	水稻	Long chain base biosynthesis protein 2d	83.745%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RYL0`	水稻	Long chain base biosynthesis protein 2c	77.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情