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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G398490
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99048104-99048970 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

834 bp · TkA03G398490|TK1151|cDNA

ATGAGCAGTTACCATGATTCGAATGTGATAGAGCTCGCCGGAAAAATCTTGATTGTGTCTATCGTAGTATTGTCCGTAGTTTTGATATTTGTTTTTTTTGTTCACCTCTACGCCAAGTGGTTCTGGCAGCGCCGTCGCCGTCGTCGGGGAGATTTTACAGCGGGTCACCAGGAACAACAGTCCGGCGTCACCGTTCTCCGGCGTGGGCTAAACCCCTCATTCCTGAAAACAATACCGGTTTTACCGTTCGACCGGAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkA03G398490|TK1151|CDS

ATGAGCAGTTACCATGATTCGAATGTGATAGAGCTCGCCGGAAAAATCTTGATTGTGTCTATCGTAGTATTGTCCGTAGTTTTGATATTTGTTTTTTTTGTTCACCTCTACGCCAAGTGGTTCTGGCAGCGCCGTCGCCGTCGTCGGGGAGATTTTACAGCGGGTCACCAGGAACAACAGTCCGGCGTCACCGTTCTCCGGCGTGGGCTAAACCCCTCATTCCTGAAAACAATACCGGTTTTACCGTTCGACCGGAAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

277 aa · TkA03G398490|TK1151|PROTEIN

MSSYHDSNVIELAGKILIVSIVVLSVVLIFVFFVHLYAKWFWQRRRRRRGDFTAGHQEQQSGVTVLRRGLNPSFLKTIPVLPFDRKDFKDGLECAVCLSELDEGEKTRILPKCSHGFHVECIDMWFHSHSTCPICRSSVSDQIEISVEDLLEIRQTQEESPENGDSHNFPTNILFWGDETEVSTLTSQLEEANNHHQTPVSASEPSSSTSSHAINDQSRPDLVIDIPRQIDDDEDQKSPVSYRMRSLRRILSGSRRFISP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G398490
TK1151 IDTkA03G398490
OH-1004 IDLXL04_009102
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G398490
位置Chr03:99048104-99048970 (-)
描述Similar to ATL3: RING-H2 finger protein ATL3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g53820 RING-H2指蛋白ATL60。 暂无已核实直接文献
At1g72310 RING-H2锌指蛋白ATL3。 暂无已核实直接文献
At3g16720 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At3g62690 RING-H2 指蛋白 ATL5。 暂无已核实直接文献
At2g47560 RING-H2 指蛋白 ATL64。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009102 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程
GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G53820
ath:AT1G72310
ath:AT3G14320
ath:AT3G16720
ath:AT3G62690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.290
排名 1 · TkA03G398490 · TK1151
细胞质0.263
排名 2 · TkA03G398490 · TK1151
细胞核0.206
排名 3 · TkA03G398490 · TK1151
内质网0.205
排名 4 · TkA03G398490 · TK1151
溶酶体／液泡0.198
排名 5 · TkA03G398490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12861zf-ANAPC1131-44 aa
PF14446Prok-RING_191-122 aa
PF13920zf-C3HC4_392-140 aa
PF11793FANCL_C92-131 aa
PF13639zf-RING_293-136 aa
PF17123zf-RING_1193-122 aa
PF13923zf-C3HC4_293-135 aa
PF14634zf-RING_593-136 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G398490PF12861zf-ANAPC1131448.1e-0523.3
TkA03G398490PF14446Prok-RING_1911220.07813.9
TkA03G398490PF13920zf-C3HC4_3921407.1e-0523.2
TkA03G398490PF11793FANCL_C921310.2312.5
TkA03G398490PF13639zf-RING_2931362.3e-1454.1
TkA03G398490PF17123zf-RING_11931225.5e-1142.7
TkA03G398490PF13923zf-C3HC4_2931352.6e-0731.1
TkA03G398490PF14634zf-RING_5931360.0001222.7
TkA03G398490PF17120zf-RING_16931330.06913.5
TkA03G398490PF21202SLX1_C931370.4111.7
TkA03G398490PF29452FAR1_N931380.4111.4
TkA03G398490PF03660PHF5931181.010.4
TkA03G398490PF12678zf-rbx1941369.6e-0832.9
TkA03G398490PF00097zf-C3HC4941358.9e-0523.0
TkA03G398490PF13445zf-RING_UBOX941330.0006820.3
TkA03G398490PF14447Prok-RING_4941430.01216.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C035拟南芥sp|P0C035|ATL60_ARATH RING-H2 finger protein ATL6035.900%Swiss-Prot中等置信
Q9XF63拟南芥sp|Q9XF63|ATL3_ARATH RING-H2 finger protein ATL331.600%Swiss-Prot中等置信
Q8L9T5拟南芥sp|Q8L9T5|ATL2_ARATH RING-H2 finger protein ATL246.000%Swiss-Prot低置信
Q9LZJ6拟南芥sp|Q9LZJ6|ATL5_ARATH RING-H2 finger protein ATL538.900%Swiss-Prot低置信
O22255拟南芥sp|O22255|ATL64_ARATH RING-H2 finger protein ATL6438.200%Swiss-Prot中等置信

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