TkA03G394470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G394470

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 97947868-97950188 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1637 bp · TkA03G394470|TK1151|cDNA

AATAGTTTAAACCTATTCCAAAACCAATTCGAAACTCATTACGAATTTACGATCGACCTCAGTTCCACACCAGTTCTCCTAAATTATTCAAGAGCTACTTGCTAGATCATACAATGAGTTCAGAAATTTATGTTGAAGATGTCGAATCAGAAGCAGAGACCTGCGATTCCGATGATTCTCAAAATGACCCAAGCTTCGACATTTTAGAAGAGACTCAATCTAGATTCTCTAAACTCTCCCTCAAAAAGAAATCCAAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1344 bp · TkA03G394470|TK1151|CDS

ATGAGTTCAGAAATTTATGTTGAAGATGTCGAATCAGAAGCAGAGACCTGCGATTCCGATGATTCTCAAAATGACCCAAGCTTCGACATTTTAGAAGAGACTCAATCTAGATTCTCTAAACTCTCCCTCAAAAAGAAATCCAAATCTCGTATTCCCGAGAAAGTTGTTGATGATGTTGATTGTATAGAGATTACGGAGCCTAAGTTTGATGCAAATGATCAGAAAAGTTATGAGAACGTTCAAAAGATCATCGAAGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

447 aa · TkA03G394470|TK1151|PROTEIN

MSSEIYVEDVESEAETCDSDDSQNDPSFDILEETQSRFSKLSLKKKSKSRIPEKVVDDVDCIEITEPKFDANDQKSYENVQKIIEVGQVEKLKVEQCKLYLRKHGLRLTGKKDILIDRIKEHISIMNGEGEHKYPPFSFVMNCKGDACTGDIVMFEQNVYEMFSIASRSATGPPSGTRVVAGRIVKESYGAAKQQHTFTVEVLWSKGVKPLPPLHPLLIKGRNLYRLKTMRQRWKDESERQKILSEKHGRGNAARTNREA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G394470`
TK1151 ID	TkA03G394470
OH-1004 ID	LXL04_009041
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G394470

位置 Chr03:97947868-97950188 (-)

描述 Similar to Os10g0391300: Zinc finger CCCH domain-containing protein 62

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0391300`	含锌指 CCCH 域蛋白 62。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009041 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os10g0391300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.816

排名 1 · TkA03G394470 · TK1151

细胞质0.259

排名 2 · TkA03G394470 · TK1151

线粒体0.030

排名 3 · TkA03G394470 · TK1151

细胞膜0.026

排名 4 · TkA03G394470 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA03G394470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02037SAP89-123 aa

PF14608zf-CCCH_2141-148 aa

PF18345zf_CCCH_4144-149 aa

PF24766DUF7699148-234 aa

PF16131Torus257-282 aa

PF00642zf-CCCH424-447 aa

PF16131Torus425-447 aa

PF18044zf-CCCH_4428-447 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G394470	`PF02037`	SAP	89	123	1.6e-09	37.8
TkA03G394470	`PF14608`	zf-CCCH_2	141	148	8.6e-05	23.6
TkA03G394470	`PF18345`	zf_CCCH_4	144	149	3.8e-07	30.7
TkA03G394470	`PF24766`	DUF7699	148	234	2.8e-42	143.9
TkA03G394470	`PF16131`	Torus	257	282	0.0027	19.0
TkA03G394470	`PF00642`	zf-CCCH	424	447	9.6e-07	29.3
TkA03G394470	`PF16131`	Torus	425	447	0.0027	19.0
TkA03G394470	`PF18044`	zf-CCCH_4	428	447	7.8e-09	35.8
TkA03G394470	`PF14608`	zf-CCCH_2	428	447	8.6e-05	23.6
TkA03G394470	`PF18345`	zf_CCCH_4	429	447	3.8e-07	30.7
TkA03G394470	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	429	447	0.016	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q338N2`	水稻	sp\|Q338N2\|C3H62_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 62	49.000%	Swiss-Prot	中等置信

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