TkA03G386300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G386300

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 95571793-95573136 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1054 bp · TkA03G386300|TK1151|cDNA

TTTCCCTACCTATAAATAGCCCTCTTCCTCGTACCATCTTTCTTCAACAGCAACCACCGATCAAATACTCTACAGCTCCGGCGACGATGTCTGGAATTGTGGTAATTTTCGACTTTGACAAGACGATAATTGACGTGGACAGCGACAATTGGGTGGTGGACGAGTTATGTGCCACTGATATGTTCAATCAACTCCTCCCCTCCATGCCCTGGAATTCTCTCATGGACAAAATGATGGAGGAGTTACATTTACAAGGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

825 bp · TkA03G386300|TK1151|CDS

ATGTCTGGAATTGTGGTAATTTTCGACTTTGACAAGACGATAATTGACGTGGACAGCGACAATTGGGTGGTGGACGAGTTATGTGCCACTGATATGTTCAATCAACTCCTCCCCTCCATGCCCTGGAATTCTCTCATGGACAAAATGATGGAGGAGTTACATTTACAAGGCAAGACGGTCGAGGATATTGAAAATGTACTTAACCGTGTGCCTATACATCCTCGGGTGGTTCCCACCATTAAAGCTGCTTATGCATCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

274 aa · TkA03G386300|TK1151|PROTEIN

MSGIVVIFDFDKTIIDVDSDNWVVDELCATDMFNQLLPSMPWNSLMDKMMEELHLQGKTVEDIENVLNRVPIHPRVVPTIKAAYASGCDLRVVSDANTFYIETILNHLGIRECFSEINTNPGFVDEEGKLRIMPYHDFHKSDHGCNLCPPNMCKGKVIERIQSTVTANKRIIYLGDGAGDFCPSIKLVEGDYMMPRKDFPAWKLICENRKLVKAEVYEWSDGEDMERILLQLIASIISIEEDIENCVDNSNQLFDCKFEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G386300`
TK1151 ID	TkA03G386300
OH-1004 ID	LXL04_008313
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.358 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G386300

位置 Chr03:95571793-95573136 (+)

描述 Similar to At1g17710: Inorganic pyrophosphatase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17710`	催化焦磷酸的特异性切割。	暂无已核实直接文献
`At1g73010`	催化焦磷酸的特异性裂解。	The Arabidopsis thaliana phosphate starvation responsive gene AtPPsPase1 encodes a novel type of inorganic pyrophosphatase.2011 · DOI: 10.1016/j.bbagen.2010.11.006
`At4g29530`	HAD 样水解酶，在异源系统中具有单磷酸硫胺素磷酸酶活性。	Bacterial and plant HAD enzymes catalyse a missing phosphatase step in thiamin diphosphate biosynthesis.2016 · DOI: 10.1042/bj20150805

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008313 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006580 ethanolamine metabolic process 生物过程

GO:0009229 thiamine diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0051262 protein tetramerization 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0065010 extracellular membrane-bounded organelle 细胞组分

GO:1903561 extracellular vesicle 细胞组分

GO:0004427 inorganic diphosphate phosphatase activity 分子功能

GO:0016462 pyrophosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17710

ath:AT1G73010

ath:AT4G29530

dre:100002812

xtr:493318

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.562

排名 1 · TkA03G386300 · TK1151

细胞核0.426

排名 2 · TkA03G386300 · TK1151

细胞膜0.084

排名 3 · TkA03G386300 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA03G386300 · TK1151

线粒体0.056

排名 5 · TkA03G386300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06888Put_Phosphatase4-233 aa

PF12710HAD6-132 aa

PF13419HAD_26-118 aa

PF00702Hydrolase54-118 aa

PF00702Hydrolase156-180 aa

PF13419HAD_2161-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G386300	`PF06888`	Put_Phosphatase	4	233	2.2e-94	316.0
TkA03G386300	`PF12710`	HAD	6	132	2.4e-07	32.1
TkA03G386300	`PF13419`	HAD_2	6	118	0.00058	20.6
TkA03G386300	`PF00702`	Hydrolase	54	118	0.00074	20.7
TkA03G386300	`PF00702`	Hydrolase	156	180	0.00074	20.7
TkA03G386300	`PF13419`	HAD_2	161	180	0.00058	20.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ62`	拟南芥	sp\|Q9FZ62\|PPSP2_ARATH Inorganic pyrophosphatase 2	62.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q67YC0`	拟南芥	sp\|Q67YC0\|PPSP1_ARATH Inorganic pyrophosphatase 1	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SU92`	拟南芥	sp\|Q9SU92\|PPSP3_ARATH Thiamine phosphate phosphatase-like protein	51.600%	Swiss-Prot	高置信

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