TkA03G370970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G370970

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 91489531-91491677 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1481 bp · TkA03G370970|TK1151|cDNA

CAGAGTGCAAGGTCAGAGAAGGTTCCCTTCTGCATCAACACCTACAACTACAAAACACCTTCCTCCTCCTCAGTCCACTCTTCCTTTTTATTTATCTTTAATCTACCTACACTACTATCTCTCCATTCTCCATTCTGTTCTCCTTCTGAACTTAATTTCTTCAATACTCTAAGATTTACTCAAGTTTTCATTGATGTCGGTGCCACTGGAGCATGATTATATAGGCTTATCAGAAGCTTCTTCAGTGGAAAGAAGCTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkA03G370970|TK1151|CDS

ATGTCGGTGCCACTGGAGCATGATTATATAGGCTTATCAGAAGCTTCTTCAGTGGAAAGAAGCTCTCAATCCTCCAATATCTCATCCGATTCGGAGACCAACAATGTTCTTAATCTCAAAGCCACTGAGCTCCGGCTAGGGTTGCCTGGTTTTTCCAAAAATTCCGAAGCAAATGTCACCAAATTTGCTCATGTTAAGAACTTCATTTCAGGAGCTAAAAGAGGGTTTTCTGATGTTAATCTCGACGGTTCCGGCAAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

304 aa · TkA03G370970|TK1151|PROTEIN

MSVPLEHDYIGLSEASSVERSSQSSNISSDSETNNVLNLKATELRLGLPGFSKNSEANVTKFAHVKNFISGAKRGFSDVNLDGSGKWDLNAGSEADLGKTSSVLFSPGIGINGGLEKDQVHQNVKPVEESKKEHVTGNGARPSAKAQVVGWPPIRSFRKNTMATNLSKNGGDAAAEGNSGGGGCLYVKVSMDGAPYLRKIDLKIYHNYAELSKALEKMFSCFTLGQCSSSGLQRREGLSESNLKDLLHGSECVLTYEDKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G370970`
TK1151 ID	TkA03G370970
OH-1004 ID	LXL04_019003
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.026 / OH-1004 98.294 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G370970

位置 Chr03:91489531-91491677 (+)

描述 Similar to IAA27: Auxin-responsive protein IAA27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29080`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献
`At2g22670`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献
`At5g65670`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0335500`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献
`Os12g0601300`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1901332 negative regulation of lateral root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22670

ath:AT3G04730

ath:AT4G14550

ath:AT4G29080

ath:AT5G65670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.915

排名 1 · TkA03G370970 · TK1151

细胞质0.141

排名 2 · TkA03G370970 · TK1151

细胞膜0.053

排名 3 · TkA03G370970 · TK1151

内质网0.029

排名 4 · TkA03G370970 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA03G370970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02309AUX_IAA41-295 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G370970	`PF02309`	AUX_IAA	41	295	9.7e-89	297.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSY8`	拟南芥	sp\|Q9ZSY8\|IAA27_ARATH Auxin-responsive protein IAA27	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q38826`	拟南芥	sp\|Q38826\|IAA8_ARATH Auxin-responsive protein IAA8	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q38827`	拟南芥	sp\|Q38827\|IAA9_ARATH Auxin-responsive protein IAA9	48.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5Z749`	水稻	sp\|Q5Z749\|IAA21_ORYSJ Auxin-responsive protein IAA21	46.300%	Swiss-Prot	中等置信
`P0C132`	水稻	sp\|P0C132\|IAA30_ORYSJ Auxin-responsive protein IAA30	66.900%	Swiss-Prot	中等置信

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