TkA03G348340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G348340

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 85717082-85718721 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1228 bp · TkA03G348340|TK1151|cDNA

TTTTAGTTAATTTAAGAAAAACAACCACAAAAAAAATTATAAAAACGAGAAAAATGAGTTAACAAATTACCTGGCCTAAATTAGGAGAAAAAGTATACAACTGTTAAAAAGAAAGAAGAAAAAGTTGATACGATGGGAAGACTGTTGTTTACAAGCACCGCCCTTTGGCGACCTTCCTCTCCTCTCATGTCCGCCATCACCCTTTCTCTTTTTATCTATAGAGCTCTCTCAGCCTCTCAGGATCCCAATCCACGTTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

639 bp · TkA03G348340|TK1151|CDS

ATGGACGGTGCAAGTGGGGGTGCTGAAGGAGAGATTAGTTATGTCATTCCCAGATTGATCTCCGGTGCTGTCTCTGGTGCACTTACCGGCCTCTTTGCATTCGGTGGGGCGTTCACGGGTGCCATCACCGGTGCCTTAGCAGGTAGAGCTTCTGATTGTGGGGCCCTCCGTGGAGCTGGACTCGGAGCTCTTGCCGGAGCTGTTCTATCTGTCGAGGTTTTGGAGGCTTCACGTGCTTATTGGAGTCAAGAACTCTCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

212 aa · TkA03G348340|TK1151|PROTEIN

MDGASGGAEGEISYVIPRLISGAVSGALTGLFAFGGAFTGAITGALAGRASDCGALRGAGLGALAGAVLSVEVLEASRAYWSQELSGSRNSSMADFMEELLRGRFSEEQFPPELLTAYHLQQVNVRSVEVLDLNDDVAYKGLSDDSLRRLPWHKISDESKLTQSTCCTICLQDIKVGEIARSLPQCLHMFHRTCVDKWLTRHGSCPICRQHV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G348340`
TK1151 ID	TkA03G348340
OH-1004 ID	LXL04_008660
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G348340

位置 Chr03:85717082-85718721 (+)

描述 Similar to ATL24: NEP1-interacting protein-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74410`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At4g35840`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At2g17730`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At2g18670`	RING-H2 指状蛋白 ATL56。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008660 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048443 stamen development 生物过程

GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74410

ath:AT2G17730

ath:AT4G35840

ath:AT5G05280

ath:AT5G66070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.347

排名 1 · TkA03G348340 · TK1151

细胞核0.240

排名 2 · TkA03G348340 · TK1151

线粒体0.236

排名 3 · TkA03G348340 · TK1151

内质网0.230

排名 4 · TkA03G348340 · TK1151

高尔基体0.140

排名 5 · TkA03G348340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13436Gly-zipper_OmpA4-8 aa

PF21724DUF686114-70 aa

PF06897DUF126920-54 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti22-30 aa

PF13436Gly-zipper_OmpA22-50 aa

PF13441Gly-zipper_YMGG25-69 aa

PF05818TraT33-70 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti35-69 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G348340	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	4	8	1.1	9.9
TkA03G348340	`PF21724`	DUF6861	14	70	0.038	14.1
TkA03G348340	`PF06897`	DUF1269	20	54	5.1	8.2
TkA03G348340	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	22	30	0.043	14.4
TkA03G348340	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	22	50	1.1	9.9
TkA03G348340	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	25	69	0.066	13.9
TkA03G348340	`PF05818`	TraT	33	70	4.8	7.6
TkA03G348340	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	35	69	0.043	14.4
TkA03G348340	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	54	69	1.1	9.9
TkA03G348340	`PF06897`	DUF1269	54	74	5.1	8.2
TkA03G348340	`PF13771`	zf-HC5HC2H	146	196	0.061	14.2
TkA03G348340	`PF21533`	EHMT1-2_CRR	158	210	0.032	15.3
TkA03G348340	`PF11789`	zf-Nse	162	208	0.49	11.0
TkA03G348340	`PF12906`	RINGv	162	170	5.7	7.9
TkA03G348340	`PF13920`	zf-C3HC4_3	163	175	0.011	16.2
TkA03G348340	`PF25143`	Zn_ribbon_IFT122_C	163	170	0.075	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBA0`	拟南芥	sp\|Q8LBA0\|NIPL2_ARATH NEP1-interacting protein-like 2	58.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FKX5`	拟南芥	sp\|Q9FKX5\|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 1	44.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GT75`	拟南芥	sp\|Q8GT75\|NIP1_ARATH NEP1-interacting protein 1	39.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GT74`	拟南芥	sp\|Q8GT74\|NIP2_ARATH NEP1-interacting protein 2	40.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZV51`	拟南芥	sp\|Q9ZV51\|ATL56_ARATH RING-H2 finger protein ATL56	42.500%	Swiss-Prot	低置信

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