TkA03G325430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G325430

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 79936929-79945394 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2884 bp · TkA03G325430|TK1151|cDNA

GTGCTCTTAAGGTGATTCTGAAGTTACCCCTATGTACAACAACAGTATATTAGAGGACATGTGTATAGAACAAGGTGCAGAATTTGTCAGAAACACTTTCAATGGATGGAAATCTTTACAAGAGGCTTTAGTTTTGCTAAAAGTGTGGGCCCGACAGAGAACTTCTCTACACACTTATGACTCCTTAAATGGCTATCTTATATCAATCTTAGTGGCATACCTTGCCTCAGAATCTGGTAAATTCCGCATTAACAAGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3105 bp · TkA03G325430|TK1151|CDS

ATGGCTGCTTCCGAGGAGTACACAGACACCATGAACTTAAAAATCGCAGAGCTAATGAAGGAAGTCCAGCTCGATTACTCTCCCACAACTACAAAAGCCATTAACGACGCTGTTTCCGAAATACAAAAATGCATTAATAAAATCCCTGAAGACCTACATGTTAAGGCCAAATTGGCTCCTAAGTTTGTCAAAGATATTGGTGCAGACAAAGTCGAGTTCAAGTTCAAAAGGCCTAAATCGATTGAAGTTGGTGGAAGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1034 aa · TkA03G325430|TK1151|PROTEIN

MAASEEYTDTMNLKIAELMKEVQLDYSPTTTKAINDAVSEIQKCINKIPEDLHVKAKLAPKFVKDIGADKVEFKFKRPKSIEVGGSYSFQCVVKPDVHVDLYVRLPKECFHEKDFLNHRYHGKRCLYLCIIKKYLDSSSIAEKVEWSFFQNEARKPILVVYPVVKSAGLPGFSVRLIPTADSLFNVQKLNISRNNLHVLSQGDSEVTPMYNNSILEDMCIEQGAEFVRNTFNGWKSLQEALVLLKVWARQRTSLHTYDSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G325430`
TK1151 ID	TkA03G325430
OH-1004 ID	LXL04_007512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.444 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G325430`
位置	Chr03:79936929-79945394 (-)
描述	Similar to nol6: Nucleolar protein 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007512` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006409 tRNA export from nucleus 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0000794 condensed nuclear chromosome 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0032545 CURI complex 细胞组分 GO:0034456 UTP-C complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dwi:6650980 hsa:65083 mmu:230082 xla:431889 xtr:496825 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.846

排名 1 · TkA03G325430 · TK1151

细胞质0.159

排名 2 · TkA03G325430 · TK1151

线粒体0.054

排名 3 · TkA03G325430 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA03G325430 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA03G325430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03813Nrap50-231 aa

PF13255DUF4046104-150 aa

PF17403Nrap_D2237-381 aa

PF17406Nrap_D5241-301 aa

PF17407Nrap_D6257-289 aa

PF17404Nrap_D3386-534 aa

PF13255DUF4046513-546 aa

PF17405Nrap_D4562-729 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G325430	`PF03813`	Nrap	50	231	2.7e-45	155.2
TkA03G325430	`PF13255`	DUF4046	104	150	0.21	12.8
TkA03G325430	`PF17403`	Nrap_D2	237	381	6e-34	117.7
TkA03G325430	`PF17406`	Nrap_D5	241	301	2.4e-44	151.7
TkA03G325430	`PF17407`	Nrap_D6	257	289	6.8e-13	49.7
TkA03G325430	`PF17404`	Nrap_D3	386	534	1.1e-27	97.9
TkA03G325430	`PF13255`	DUF4046	513	546	0.21	12.8
TkA03G325430	`PF17405`	Nrap_D4	562	729	3.4e-39	135.0
TkA03G325430	`PF17406`	Nrap_D5	733	884	2.4e-44	151.7
TkA03G325430	`PF17403`	Nrap_D2	742	822	6e-34	117.7
TkA03G325430	`PF17407`	Nrap_D6	899	1001	6.8e-13	49.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情