TkA03G289300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G289300

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 71357195-71362005 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2584 bp · TkA03G289300|TK1151|cDNA

TTTTTATAAGTCGATATCAAAAAGTGATTTTACTATCTGATTCTGAACTGCGAATTGACATTTATACAATTATAGACCTAGTACCCTCAAAACTTACGCCTCCACAAAACGCACAACCCATTCACGTCGCCGTCTGTGCCTGCTGCCGCCCTCCGTCGATCAGAGCCACCGGCGGCCACCTCCCCCACTACAGACGCCGCAATCCAGCTCGTAGGTCTCGCTTCATCTTCGATTGAGCCCCTGGTACAGTCTTAATCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1488 bp · TkA03G289300|TK1151|CDS

ATGTCAGTGGCGGGATCTTGGAGTCAGAATGCAATTCATGCCACAAATGCATGGCTGAAAGAAGGGTTAAGGCAACGTTGTATTACTAGGGATTTGAAGTGGGGTGTCCCTGTACCCCTTGACAAATTTAAAGAAAAGGTTTTCTATGTATGGTTTGATGCACCTATTGGATACGTGTCTATTACAAAATGTTACACACCTGAGTGGGAGAAGTGGTGGAAAAATCCTGAAAATGTGGAGCTTTTTCAGTTTATGGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

495 aa · TkA03G289300|TK1151|PROTEIN

MSVAGSWSQNAIHATNAWLKEGLRQRCITRDLKWGVPVPLDKFKEKVFYVWFDAPIGYVSITKCYTPEWEKWWKNPENVELFQFMGKDNVPFHTVMFPSTLLGTEESWTMMKTISVTEYLNYETGKFSKSKGVGVFGNDAKDTNIPVEVWRYYLLTNRPEVSDTLFTWADLQAKLNSELLNNLGNFINRVLSFIAKDPSTGYGFIIPDAPDAQSHSLTKNLEIKLATMFTNIDAMEKVKLKQGLKIAMSISGEGNAYLQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G289300`
TK1151 ID	TkA03G289300
OH-1004 ID	LXL04_008351
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 72.376 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G289300

位置 Chr03:71357195-71362005 (-)

描述 Similar to Os06g0508700: Probable methionine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13780`	细胞质蛋氨酸-tRNA 合成酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0508700`	可能的蛋氨酸-tRNA连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008351 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0036120 cellular response to platelet-derived growth factor stimulus 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071364 cellular response to epidermal growth factor stimulus 生物过程

GO:1901838 positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0017101 aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13780

ddi:DDB_G0279113

mmu:216443

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.623

排名 1 · TkA03G289300 · TK1151

细胞核0.192

排名 2 · TkA03G289300 · TK1151

线粒体0.140

排名 3 · TkA03G289300 · TK1151

过氧化物酶体0.099

排名 4 · TkA03G289300 · TK1151

细胞膜0.070

排名 5 · TkA03G289300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09334tRNA-synt_1g6-191 aa

PF19303Anticodon_3212-316 aa

PF24685OB_RRP5_4th360-396 aa

PF01588tRNA_bind368-452 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G289300	`PF09334`	tRNA-synt_1g	6	191	2.3e-69	234.8
TkA03G289300	`PF19303`	Anticodon_3	212	316	2.8e-10	41.0
TkA03G289300	`PF24685`	OB_RRP5_4th	360	396	0.13	13.0
TkA03G289300	`PF01588`	tRNA_bind	368	452	1.1e-29	103.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVN5`	拟南芥	sp\|Q9SVN5\|SYMC_ARATH Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic	63.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZTS1`	水稻	sp\|Q9ZTS1\|SYM_ORYSJ Probable methionine--tRNA ligase	66.100%	Swiss-Prot	高置信

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