TkA03G287420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G287420

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 70945103-70950917 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2732 bp · TkA03G287420|TK1151|cDNA

TAGCAGTTTAGTTTGTGGAGGAAAGTCTCATGATCAACCAATTAGATCAATTTTGAAAAGTGAAGATATGAACATTGTTTTACTTGGAACTTTAAAGATTTCTGAAAGATCTGGAAGGTTGCAGTTGGTTGATGCAACAGGCAGCATTGACATTGTCATACCTGATCTTCCAACTGTTTGGAGCAATAACGACATATATGAGATAAATGACTTCAGCATTGTAATGGAAGGATTCCCTAGACAACTACAAGGTTTAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2775 bp · TkA03G287420|TK1151|CDS

ATGGAAGAAGAGAGTTCAGTGAAACTCATTTCGGTCTCCGACCTACTCCACCGTCTCCACCCCCTCACCGGCGCATCGTTATTTACGCCCAGCCATTCCGTTCGTCGTGCTCCTTCATACAAAGACGCACCCCAGCCGTCAAATCCACAAAACCCTAACAGTCTTAAAATCCTTAAACCTCTTAACTACCCAACAGTACTCGTCGGAACCCTAAATCTAACCTTCCCCTCCTCATCTTGCTCTAATTCAAGTTGCCTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

924 aa · TkA03G287420|TK1151|PROTEIN

MEEESSVKLISVSDLLHRLHPLTGASLFTPSHSVRRAPSYKDAPQPSNPQNPNSLKILKPLNYPTVLVGTLNLTFPSSSCSNSSCLKFCDHSAAVCCDILDLDLRVIGQRIRIVAWNFLPLKPHGGFLEIIRWSLDQSEESYVSKFNAFYLNSVIPTHEETIVPRHLIYGLLESVSPVSNVPCTSNKTGTKNVKGFQAEITTCECKLCISRDKVMLLHDNPTEQSNSHKFSKSTILYFCGSASIWYPVISRLVGSILLIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G287420`
TK1151 ID	TkA03G287420
OH-1004 ID	LXL04_008206
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.485 / OH-1004 83.219 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G287420

位置 Chr03:70945103-70950917 (-)

描述 Similar to CTC1: CST complex subunit CTC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g09680`	CST复合物的组成部分，该复合物结合单链DNA，并且在保护端粒免受DNA降解中是必需的。	Conserved telomere maintenance component 1 interacts with STN1 and maintains chromosome ends in higher eukaryotes.2009 · DOI: 10.1016/j.molcel.2009.09.017 POT1a and components of CST engage telomerase and regulate its activity in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004738

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0010833 telomere maintenance via telomere lengthening 生物过程

GO:0045740 positive regulation of DNA replication 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:1990879 CST complex 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0042162 telomeric DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G09680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910

排名 1 · TkA03G287420 · TK1151

细胞质0.118

排名 2 · TkA03G287420 · TK1151

细胞膜0.047

排名 3 · TkA03G287420 · TK1151

内质网0.033

排名 4 · TkA03G287420 · TK1151

质体0.014

排名 5 · TkA03G287420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15491CTC1_N_plant10-135 aa

PF15489CTC1_1st66-130 aa

PF30826CTC1_2nd_plant165-285 aa

PF29129YLR108C_C168-230 aa

PF30827CTC1_3rd315-437 aa

PF15489CTC1_1st496-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G287420	`PF15491`	CTC1_N_plant	10	135	1.1e-36	126.8
TkA03G287420	`PF15489`	CTC1_1st	66	130	0.024	14.9
TkA03G287420	`PF30826`	CTC1_2nd_plant	165	285	1.3e-33	116.3
TkA03G287420	`PF29129`	YLR108C_C	168	230	0.16	12.0
TkA03G287420	`PF30827`	CTC1_3rd	315	437	8.7e-07	29.6
TkA03G287420	`PF15489`	CTC1_1st	496	522	0.024	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D0EL35`	拟南芥	sp\|D0EL35\|CTC1_ARATH CST complex subunit CTC1	33.800%	Swiss-Prot	中等置信

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