TkA03G284500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G284500

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 70205967-70207624 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1069 bp · TkA03G284500|TK1151|cDNA

TTCCCACTTTCCCCACTACCAACTGCAAGTCTGCAACTTCCGACGTCTGTAAACCTTCCAAGGTTTGAACTTGAAACCTCATACGTATGAGGTGCTAAGCTTTACCAGTTGAGCACCGCCATAGTGACCGAGTATCATTTTCCTTCATCGCCTTTGAAGTGCATTTAATTTTGCCGTATGTAAATTTATGTTTCGACCGGAATAATCCCCAACTGTGACCGACTTTTAAACCTCGAGTGATCAGCTCAACGGCGGAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA03G284500|TK1151|CDS

ATGTCAGAATTCTATGCGGCGGAGACGGCGACAACCGCCACCGTCAGATCACAGACGGAGTATATGAAGGGAAATGAGAAGAAGATTGTAGAAACGAACATTAACCAAGCTTGGGCATCTATTCAGACCGGAGTCTTCGATAATCCATTGGTTTACACCCAAACCTGTACTACTTTAGGAAGCACTATCGATTCAGCTATCGCGACAAATGCAGTTCCATCATCATCTCATCTGCCTCAGCTACATTTGATTGTTAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

206 aa · TkA03G284500|TK1151|PROTEIN

MSEFYAAETATTATVRSQTEYMKGNEKKIVETNINQAWASIQTGVFDNPLVYTQTCTTLGSTIDSAIATNAVPSSSHLPQLHLIVREVYRLMAELQQPSLMLLMLPIKAACKVGWFPDGVKADLLMMADKVCSMFSDTDKMRIEPSYVHSCVPKIILRFYPTMKVETILTSFNVKAGYGTFVVDFHISQGTLPRQCRNLWLLVARM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G284500`
TK1151 ID	TkA03G284500
OH-1004 ID	LXL04_026691
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 37.660 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G284500

位置 Chr03:70205967-70207624 (+)

描述 Similar to PIAL2: E4 SUMO-protein ligase PIAL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08910`	与MOM1和PIAL2一起，在不改变DNA甲基化的情况下调控转录基因沉默（TGS）。	Arabidopsis PIAL1 and 2 promote SUMO chain formation as E4-type SUMO ligases and are involved in stress responses and sulfur metabolism.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.131300 The SUMO E3 Ligase-Like Proteins PIAL1 and PIAL2 Interact with MOM1 and Form a Novel Complex Required for Transcriptional Silencing.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00997

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007259 cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0033235 positive regulation of protein sumoylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08910

ath:AT5G41580

dre:406712

hsa:8554

sce:YOR156C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.386

排名 1 · TkA03G284500 · TK1151

细胞核0.233

排名 2 · TkA03G284500 · TK1151

细胞质0.169

排名 3 · TkA03G284500 · TK1151

质体0.163

排名 4 · TkA03G284500 · TK1151

细胞膜0.044

排名 5 · TkA03G284500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21208euk_SelB_III14-71 aa

PF26716PIAL1_N30-177 aa

PF26716PIAL1_N183-203 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G284500	`PF21208`	euk_SelB_III	14	71	0.1	13.9
TkA03G284500	`PF26716`	PIAL1_N	30	177	3.8e-41	141.2
TkA03G284500	`PF26716`	PIAL1_N	183	203	3.8e-41	141.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A0A7EPL0`	拟南芥	sp\|A0A0A7EPL0\|PIAL1_ARATH E4 SUMO-protein ligase PIAL1	31.300%	Swiss-Prot	中等置信

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