RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G227350
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 56817176-56823241 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

807 bp · TkA03G227350|TK1151|cDNA

ATGGAAGAAGAAGTGATATTAAAGCGGAAACGGAAAAAGACATCTAAGATTTGGGACCATTTTACTATAGTGAACGTGTCTAGTATTGATTCAGGACAAAAGAAGCTTCCTACATTGATTAGGCCTGATAAGTATGATAGTAACAAAATGAGAGAAGCAATAGCTACTTGGGTAATGGGTACCGAGCAACCTTTTTCAGTTGTGGATGATGAGTTGTATGTGAATATGATGAAGACAGCTAGTCCTTTTTTCGAGAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · TkA03G227350|TK1151|CDS

ATGGCGCCATTGATGCAGAGCTCTCAACCTTGGGTCGAGAAATATCGACCCAGGCGAGTAAAAGATGTTGCTCACCAAGACGAGGTTGTCCGAGTCCTCACCAACACGCTCGAGACCACCAATTGTCCGCACATGCTCTTTTATGGGCCACCTGGAACGGGGAAAACCACGACTGCCTTGGCCATCGCTCACCAGCTTTACGGTCCTGAGCTGTACAAGGCGAGGGTTCTTGAGCTGAATGCTAGTGATGAGCGTGGAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

496 aa · TkA03G227350|TK1151|PROTEIN

MAPLMQSSQPWVEKYRPRRVKDVAHQDEVVRVLTNTLETTNCPHMLFYGPPGTGKTTTALAIAHQLYGPELYKARVLELNASDERGINVVRTKIKNFAAVAVGSGQQGGYPCPPYKIIILDEADSMTEDAQAIFVLQNALRRTMETIIEPLASRCAKFRFKPLSEDIMSTRVLHISNEEGLNLDSEALSTLSSISQGDLRRAITFLQGAARLYGSSISSKDLISVSGVVPGEVVEALVGACKSGSFDCANKQVNNVIAEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G227350
TK1151 IDTkA03G227350
OH-1004 IDLXL04_007856
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G227350
位置Chr03:56817176-56823241 (-)
描述暂无功能描述
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g21690 可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0176500 可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。 暂无已核实直接文献
Os03g0733400 类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。 暂无已核实直接文献
Os05g0239150 类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。 暂无已核实直接文献
Os05g0583200 类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007856 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程
GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程
GO:0006272 leading strand elongation 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:1900264 positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0031389 Rad17 RFC-like complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G21690
ddi:DDB_G0286027
dosa:Os12g0176500
hsa:5984
mmu:106344
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.384
排名 1 · TkA03G227350 · TK1151
质体0.236
排名 2 · TkA03G227350 · TK1151
细胞质0.223
排名 3 · TkA03G227350 · TK1151
线粒体0.148
排名 4 · TkA03G227350 · TK1151
过氧化物酶体0.046
排名 5 · TkA03G227350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215Rad177-64 aa
PF05496RuvB_N16-66 aa
PF04851ResIII24-68 aa
PF20030bpMoxR24-68 aa
PF05673DUF81525-83 aa
PF13177DNA_pol3_delta226-131 aa
PF25199nSTAND_NTPase526-84 aa
PF13191AAA_1628-83 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G227350PF03215Rad177642.2e-0525.2
TkA03G227350PF05496RuvB_N16665.2e-0523.8
TkA03G227350PF04851ResIII24680.005217.4
TkA03G227350PF20030bpMoxR24680.1711.7
TkA03G227350PF05673DUF81525830.1412.0
TkA03G227350PF13177DNA_pol3_delta2261310.00119.8
TkA03G227350PF25199nSTAND_NTPase526840.08413.4
TkA03G227350PF13191AAA_1628830.001419.9
TkA03G227350PF13086AAA_1139717.5e-0523.3
TkA03G227350PF12775AAA_739810.03214.5
TkA03G227350PF24883NPHP3_N40660.1413.1
TkA03G227350PF13401AAA_2241940.0001622.7
TkA03G227350PF13245AAA_1941660.1912.6
TkA03G227350PF01078Mg_chelatase42810.00916.1
TkA03G227350PF00270DEAD43650.05314.0
TkA03G227350PF07728AAA_5441340.002318.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93ZX1拟南芥sp|Q93ZX1|RFC4_ARATH Replication factor C subunit 479.500%Swiss-Prot高置信
Q9FXM3水稻sp|Q9FXM3|RFC2_ORYSJ Replication factor C subunit 280.200%Swiss-Prot高置信
Q6AVI0水稻sp|Q6AVI0|RSLE2_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 230.600%Swiss-Prot中等置信
B9FJG3水稻sp|B9FJG3|RSLE1_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 130.000%Swiss-Prot中等置信
Q75HY5水稻sp|Q75HY5|RSLE3_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 328.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看