TkA03G197250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G197250

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 49516874-49521138 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1680 bp · TkA03G197250|TK1151|cDNA

ATGTCAGAGAGTTCCGCAGAGCTGTCTCTGCGGAATGGACATAACTCTCGCGGAACTTTGTGCGAGTTTCAAGACTCGGGTGAAGCCAAACAAACATTTGCTCAGGCAAAAGAAGAAGAGCTTTCTTATCCTCCGCTCAGACCGCCGGCTGTCTCCGAAACTGACGAACTCCCAGTAACCACCATGCCTACCGCCTGCAACTACCACCACCTCCTCTCCTCTACGTTCGTTATCCAAATCCCTAGTAAGTTCACAAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1680 bp · TkA03G197250|TK1151|CDS

ATGTCAGAGAGTTCCGCAGAGCTGTCTCTGCGGAATGGACATAACTCTCGCGGAACTTTGTGCGAGTTTCAAGACTCGGGTGAAGCCAAACAAACATTTGCTCAGGCAAAAGAAGAAGAGCTTTCTTATCCTCCGCTCAGACCGCCGGCTGTCTCCGAAACTGACGAACTCCCAGTAACCACCATGCCTACCGCCTGCAACTACCACCACCTCCTCTCCTCTACGTTCGTTATCCAAATCCCTAGTAAGTTCACAAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

559 aa · TkA03G197250|TK1151|PROTEIN

MSESSAELSLRNGHNSRGTLCEFQDSGEAKQTFAQAKEEELSYPPLRPPAVSETDELPVTTMPTACNYHHLLSSTFVIQIPSKFTKHHSITVFKSPATNILNPILGCSKKSSMDGPKKTSRRSPRKYGSSRKSVLRKTFKQEQVTFTAPISDDPVVAIIGGGMSGLLCALQLEKRGVRSTVFDTGIHGLGGRLGTRMIDPSMIFDHAAQFFTVSNPLFSELVDEWSHKGYVRESVGVIGELEAGGDFFPFPPSPPRYIAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G197250`
TK1151 ID	TkA03G197250
OH-1004 ID	LXL04_007615
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.055 / OH-1004 96.139 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G197250`
位置	Chr03:49516874-49521138 (+)
描述	Similar to PSPTO_1126: Renalase (Pseudomonas syringae pv. tomato (strain ATCC BAA-871 / DC3000)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007615` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002931 response to ischemia 生物过程 GO:0003073 regulation of systemic arterial blood pressure 生物过程 GO:0010459 negative regulation of heart rate 生物过程 GO:0042414 epinephrine metabolic process 生物过程 GO:0042415 norepinephrine metabolic process 生物过程 GO:0042417 dopamine metabolic process 生物过程 GO:0045776 negative regulation of blood pressure 生物过程 GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程 GO:0060047 heart contraction 生物过程 GO:0071869 response to catecholamine 生物过程 GO:0071871 response to epinephrine 生物过程 GO:0071873 response to norepinephrine 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:55328 psp:PSPPH_1014 pst:PSPTO_1126 rno:361751 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.969

排名 1 · TkA03G197250 · TK1151

线粒体0.042

排名 2 · TkA03G197250 · TK1151

细胞质0.032

排名 3 · TkA03G197250 · TK1151

细胞核0.027

排名 4 · TkA03G197250 · TK1151

过氧化物酶体0.019

排名 5 · TkA03G197250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01266DAO156-185 aa

PF03486HI0933_like156-185 aa

PF12831FAD_oxidored156-231 aa

PF00890FAD_binding_2156-183 aa

PF01494FAD_binding_3156-183 aa

PF01946Thi4156-210 aa

PF07992Pyr_redox_2156-185 aa

PF00070Pyr_redox156-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G197250	`PF01266`	DAO	156	185	2.3e-05	24.8
TkA03G197250	`PF03486`	HI0933_like	156	185	0.0015	18.8
TkA03G197250	`PF12831`	FAD_oxidored	156	231	0.0033	17.5
TkA03G197250	`PF00890`	FAD_binding_2	156	183	0.0048	16.9
TkA03G197250	`PF01494`	FAD_binding_3	156	183	0.0059	16.6
TkA03G197250	`PF01946`	Thi4	156	210	0.015	15.3
TkA03G197250	`PF07992`	Pyr_redox_2	156	185	0.037	14.2
TkA03G197250	`PF00070`	Pyr_redox	156	186	0.062	14.5
TkA03G197250	`PF01134`	GIDA	156	182	0.25	11.1
TkA03G197250	`PF13450`	NAD_binding_8	158	224	6.4e-12	46.3
TkA03G197250	`PF01593`	Amino_oxidase	163	224	5.6e-05	23.3
TkA03G197250	`PF01593`	Amino_oxidase	249	375	5.6e-05	23.3
TkA03G197250	`PF01266`	DAO	278	315	2.3e-05	24.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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