TkA03G180010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G180010

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 45420168-45421253 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · TkA03G180010|TK1151|cDNA

ATGGATCCCGACGGACTTCCTCAGCCGCTCATCAACCTCTCAAAGGTACAATCACGAATGGACCACATCCACCGCTTCCTCTCCGCTTCACTCAACTCCAATTCCATCATTGGAGAATCGCAGATGGATATTGTCTCTAAGGAGATCGCATCCGCAATCAACCAAGTAATTGTCAACGGAGCTGCCCTCCTTTCCTGCACTGGACTCCCAAAATCAAAATCGGAAACCCCAAACCTTTCCTTACCGGAATCTGATTTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · TkA03G180010|TK1151|CDS

ATGGATCCCGACGGACTTCCTCAGCCGCTCATCAACCTCTCAAAGGTACAATCACGAATGGACCACATCCACCGCTTCCTCTCCGCTTCACTCAACTCCAATTCCATCATTGGAGAATCGCAGATGGATATTGTCTCTAAGGAGATCGCATCCGCAATCAACCAAGTAATTGTCAACGGAGCTGCCCTCCTTTCCTGCACTGGACTCCCAAAATCAAAATCGGAAACCCCAAACCTTTCCTTACCGGAATCTGATTTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · TkA03G180010|TK1151|PROTEIN

MDPDGLPQPLINLSKVQSRMDHIHRFLSASLNSNSIIGESQMDIVSKEIASAINQVIVNGAALLSCTGLPKSKSETPNLSLPESDLGLNHSKHDVELGFAKIEVFGEEAGDDWDIVELDAVELLAEHLHFCDLCGKGFKRDANLRMHMRAHGNKFKTLEALAKPEKSGLSSSSESTRGGRTRFSCPFAGCTRNKLHKKFRPLKSVICVKNHFKRSHCPKMYSCNRCHKKNFSVLADLKSHLKHCGETKWKCSCGTSFSRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G180010`
TK1151 ID	TkA03G180010
OH-1004 ID	LXL04_007470
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.282 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G180010

位置 Chr03:45420168-45421253 (-)

描述 Similar to STOP1: Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g34370`	可能的转录因子。	Zinc finger protein STOP1 is critical for proton tolerance in Arabidopsis and coregulates a key gene in aluminum tolerance.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0700117104 Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x STOP1 regulates multiple genes that protect arabidopsis from proton and aluminum toxicities.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134700 STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
`At5g22890`	可能的转录因子。	STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0871200`	可能参与铝耐受的概率转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os12g0170400`	转录激活因子，调控参与铝（Al）耐受性的基因表达。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007470 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0010447 response to acidic pH 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071453 cellular response to oxygen levels 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34370

ath:AT5G22890

ath:AT5G66730

dosa:Os01g0871200

dosa:Os12g0170400

osa:4324940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · TkA03G180010 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA03G180010 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA03G180010 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA03G180010 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA03G180010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26183Ig_NUP210_14th30-58 aa

PF17003Actin_micro117-151 aa

PF00096zf-C2H2129-151 aa

PF13912zf-C2H2_6129-151 aa

PF13894zf-C2H2_4130-151 aa

PF12874zf-met130-149 aa

PF22992C2CH-4th_BIRD-IDD131-140 aa

PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD131-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G180010	`PF26183`	Ig_NUP210_14th	30	58	0.28	12.2
TkA03G180010	`PF17003`	Actin_micro	117	151	6.1	6.7
TkA03G180010	`PF00096`	zf-C2H2	129	151	6.5e-05	23.9
TkA03G180010	`PF13912`	zf-C2H2_6	129	151	0.0033	18.1
TkA03G180010	`PF13894`	zf-C2H2_4	130	151	0.0091	17.3
TkA03G180010	`PF12874`	zf-met	130	149	0.011	16.8
TkA03G180010	`PF22992`	C2CH-4th_BIRD-IDD	131	140	6.4e-05	23.5
TkA03G180010	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	131	149	0.0001	22.6
TkA03G180010	`PF23118`	zf-C2H2_STOP2_C	134	148	3.2e-20	72.1
TkA03G180010	`PF20499`	DUF6729	181	252	0.34	11.2
TkA03G180010	`PF23115`	zf-C2H2_STOP2_3rd	183	217	9.3e-20	71.1
TkA03G180010	`PF00096`	zf-C2H2	183	192	6.5e-05	23.9
TkA03G180010	`PF13894`	zf-C2H2_4	207	216	0.0091	17.3
TkA03G180010	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	216	221	0.0001	22.6
TkA03G180010	`PF17003`	Actin_micro	219	262	6.1	6.7
TkA03G180010	`PF00096`	zf-C2H2	221	242	6.5e-05	23.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C8N5`	拟南芥	sp\|Q9C8N5\|STOP1_ARATH Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1	63.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WT24`	拟南芥	sp\|Q0WT24\|STOP2_ARATH Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 2	60.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q943I6`	水稻	sp\|Q943I6\|STOP1_ORYSJ Zinc finger protein STOP1 homolog	64.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q2QX40`	水稻	sp\|Q2QX40\|ART1_ORYSJ Zinc finger protein STAR3	54.200%	Swiss-Prot	低置信

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