TkA03G163330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G163330

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 41423969-41428310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2105 bp · TkA03G163330|TK1151|cDNA

CAAGCTCCGATTTTTAAACGGTGCATAAAATTAGAAGGCAGGGAGTTTTCTTTCAATCTTCCCTCCTCCACTCTCCCTTCAAATAATATCTGCCTCTCAACGCCATACTATTTCTCTCCCCTTCTCTCTCTCTCTGTACCATTCGATTTTCGTCCATTCTTTCTCCGCCACCGTCTCTCACTTTCTCCGTCACTGTCACCGTCGTCACGCACCTCGGAGCGACCGCGCCGCCGCGCGTGCCATTAATTATGGAGATTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · TkA03G163330|TK1151|CDS

ATGAAAGTTTCTCGGAAAATGTCGAAGAATTTCATGAACAGAGCAAGCTCGAAGAAACCTCAGAAAAACCTAGAAAATAAATCGGATGAAAGTTCGAAAAACAAGCCGGATCGTGGTATTGAAAGCGACGATCAATCGTCTCCAAGAGGCGTGTTTGAAGTTCCAGGTTCCGGTTCAGATTCCGACAACAGTATCAACTTAAGAAGGTGCATGAGTGCGAGCGCGAGTAGCTACAGCTTGAAATTTTGTGAGAAACCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · TkA03G163330|TK1151|PROTEIN

MKVSRKMSKNFMNRASSKKPQKNLENKSDESSKNKPDRGIESDDQSSPRGVFEVPGSGSDSDNSINLRRCMSASASSYSLKFCEKPQAVTTGGCDGDGDREKHSTSIPASPTAESVPWRNMVDNLKWKSFRRFSTGPLVAGYELSRKSFMKKLGRNNSSEAINNEFFMPKPSWRSFTYEELESATNGFSPENLLGKGGHAEVYKGYLPDGQIVAVKKITKKEKKDQDRVGDFLAELGIIAHINHPNAARLIGFSSDNDLH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G163330`
TK1151 ID	TkA03G163330
OH-1004 ID	LXL04_007385
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.163 / OH-1004 70.968 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G163330

位置 Chr03:41423969-41428310 (-)

描述 Similar to RBK1: Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10520`	受体样胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RBK1。	暂无已核实直接文献
`At3g05140`	类受体胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RBK2。	暂无已核实直接文献
`At5g57670`	可能的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g57670。	暂无已核实直接文献
`At2g16750`	促进细胞在赤霉素（GA）信号通路中的增殖，在RGA下游起作用，并可能通过对两个细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子SIM和SMR1的负向调控实现作用。	暂无已核实直接文献
`At1g68690`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007385 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16750

ath:AT3G05140

ath:AT3G24550

ath:AT5G10520

ath:AT5G57670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.595

排名 1 · TkA03G163330 · TK1151

细胞质0.291

排名 2 · TkA03G163330 · TK1151

细胞核0.268

排名 3 · TkA03G163330 · TK1151

内质网0.040

排名 4 · TkA03G163330 · TK1151

高尔基体0.033

排名 5 · TkA03G163330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase191-362 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr192-366 aa

PF03109ABC1200-218 aa

PF17667Pkinase_fungal299-363 aa

PF01636APH299-337 aa

PF03109ABC1300-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G163330	`PF00069`	Pkinase	191	362	1.4e-33	117.2
TkA03G163330	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	192	366	1.7e-32	113.5
TkA03G163330	`PF03109`	ABC1	200	218	0.00025	21.0
TkA03G163330	`PF17667`	Pkinase_fungal	299	363	0.0024	17.4
TkA03G163330	`PF01636`	APH	299	337	0.057	13.9
TkA03G163330	`PF03109`	ABC1	300	348	0.00025	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1D6`	拟南芥	sp\|Q8H1D6\|RBK1_ARATH Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RXC8`	拟南芥	sp\|Q8RXC8\|RBK2_ARATH Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2	40.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5XF57`	拟南芥	sp\|Q5XF57\|Y5576_ARATH Probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g57670	51.200%	Swiss-Prot	中等置信
`B5X4Z9`	拟南芥	sp\|B5X4Z9\|STU_ARATH Protein kinase STUNTED	46.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SX31`	拟南芥	sp\|Q9SX31\|PERK9_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK9	41.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情