TkA03G111400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G111400

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 28491381-28493090 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · TkA03G111400|TK1151|cDNA

TCTGTCTCCGAAAAAGCCTAAAAGATCCATCTATGGAACAACCACGGGGTTTTATCCAGGATTTATCTGGAAATTTCGAGCAAGAGATTTCAAGCTAGTGAACTCAGCTAGTGAGCTATTGTGTTGTAGTTCATATACCCTTCAGAGCTCTACCGATTCCAGCGATCTGGATATTAAAGCGGCAACCCTGCTACTGAAGCTCATTTGTTTATACCGGAATTAAGGTCAATGTTGTATACCATATCAATCCCCAAACCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

738 bp · TkA03G111400|TK1151|CDS

ATGTTGTATACCATATCAATCCCCAAACCTTGCTCATCTTATCCAAAACGCCCTTGGCACTCCCAAAACCCTTCAAAACTCAAAATTGGTGGGCTTCGGGTATCAGCCACATTGCCGGAACCCAATGGCGTTAAAGTAGAGTACACCCCATGGCTAATCGTCGGATTGGGGAATCCAGGCAACAAGTATCACGGAACCCGCCACAACGTCGGTTTTGAAATGATTGATCGCATCTCTCAAGAAGAACGGATTGTGATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

245 aa · TkA03G111400|TK1151|PROTEIN

MLYTISIPKPCSSYPKRPWHSQNPSKLKIGGLRVSATLPEPNGVKVEYTPWLIVGLGNPGNKYHGTRHNVGFEMIDRISQEERIVMNTIQSKALVGIGSIGEVPVLLAKPQGYMNFSGESVGPLAAYYQVPLRHILLVYDEMSLPNGVLRLQPKGGHGYHNGLKSVIEHLDGRREFPRFCIGIGDPPGTMDMKAFLLQKFSVLERKEIDAALAQGVDAVRSLVLNGFNDRITRFNLGQKYKYNKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G111400`
TK1151 ID	TkA03G111400
OH-1004 ID	LXL04_007077
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G111400

位置 Chr03:28491381-28493090 (+)

描述 Similar to CRS2: Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g38290`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献
`At5g16140`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献
`At5g19830`	该酶的天然底物可能是蛋白质合成过程中从核糖体上脱落的肽酰-tRNA。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0132800`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007077 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0004045 peptidyl-tRNA hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16140

ath:AT5G19830

ath:AT5G38290

dosa:Os01g0132800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.971

排名 1 · TkA03G111400 · TK1151

线粒体0.037

排名 2 · TkA03G111400 · TK1151

细胞质0.026

排名 3 · TkA03G111400 · TK1151

细胞核0.025

排名 4 · TkA03G111400 · TK1151

过氧化物酶体0.021

排名 5 · TkA03G111400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01195Pept_tRNA_hydro52-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G111400	`PF01195`	Pept_tRNA_hydro	52	239	1e-63	215.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKN4`	拟南芥	sp\|Q9FKN4\|CRS2A_ARATH Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2-A, chloroplastic	67.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LF14`	拟南芥	sp\|Q9LF14\|CRS2B_ARATH Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2-B, chloroplastic	75.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6NLS8`	拟南芥	sp\|Q6NLS8\|PTHM_ARATH Peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial	59.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q5ZCL8`	水稻	sp\|Q5ZCL8\|CRS2_ORYSJ Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2, chloroplastic	65.400%	Swiss-Prot	高置信

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