TkA03G103140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G103140

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 26346046-26349198 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

837 bp · TkA03G103140|TK1151|cDNA

TTAGAATAAAGGATAGGAGGACGCGTGAAGAGTCGTCATAAGCATCACCAAACTGTCACTCTACCGCGTGAAACGCGTCTCCCGCCTCCATATATGAGCGCCGGAACCATACTTCAAAACTGCAGAAACTATACGACAAATCGTACTTTTTCTATAGGTTAAACCTTCGTCCATTCTCTATAATATGGCCAAAAGTTGTGCTGCTGTTGATACCACCGACGTTGAGAAAATTTTCAAGAAGTTTGACGTTAATGGCGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · TkA03G103140|TK1151|CDS

ATGGCCAAAAGTTGTGCTGCTGTTGATACCACCGACGTTGAGAAAATTTTCAAGAAGTTTGACGTTAATGGCGACGGTAAGATATCCACTTCCGAACTCGGATCCATTCTCAGTGCACTCGGAACCGTCACGCCGGAGGAAGAACTTAAAGTCGTAATGAAGGAAATTGATACCGACGGCGACGGTTTCATTGACCTTAATGAATTCATCGAGTTTCAGCGCGGGGGATCTGGCGCTTCTGATGGAGATAAGGATCTGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · TkA03G103140|TK1151|PROTEIN

MAKSCAAVDTTDVEKIFKKFDVNGDGKISTSELGSILSALGTVTPEEELKVVMKEIDTDGDGFIDLNEFIEFQRGGSGASDGDKDLREAFDLYDQNKNGKISAAELHSVLKSLGEKCSLKDCRKMIASVDIDGDGSVNFEEFKKMMSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G103140`
TK1151 ID	TkA03G103140
OH-1004 ID	LXL04_006988
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G103140

位置 Chr03:26346046-26349198 (-)

描述 Similar to CML26: Probable calcium-binding protein CML26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24620`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g18210`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0223000`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0135700`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006988 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程

GO:0080164 regulation of nitric oxide metabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18210

ath:AT1G24620

ath:AT1G66400

ath:AT1G73630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.608

排名 1 · TkA03G103140 · TK1151

细胞核0.271

排名 2 · TkA03G103140 · TK1151

内质网0.104

排名 3 · TkA03G103140 · TK1151

过氧化物酶体0.075

排名 4 · TkA03G103140 · TK1151

线粒体0.073

排名 5 · TkA03G103140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10869DUF26665-53 aa

PF18582HZS_alpha6-28 aa

PF05517p25-alpha7-43 aa

PF00036EF-hand_112-39 aa

PF13499EF-hand_712-72 aa

PF13833EF-hand_812-32 aa

PF23564EF-hand_FSTL112-38 aa

PF24548EF_EFCAB10_C12-58 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G103140	`PF10869`	DUF2666	5	53	0.0059	17.6
TkA03G103140	`PF18582`	HZS_alpha	6	28	0.19	13.0
TkA03G103140	`PF05517`	p25-alpha	7	43	0.031	15.2
TkA03G103140	`PF00036`	EF-hand_1	12	39	1.8e-35	118.6
TkA03G103140	`PF13499`	EF-hand_7	12	72	3.4e-35	120.9
TkA03G103140	`PF13833`	EF-hand_8	12	32	9.8e-23	80.4
TkA03G103140	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	12	38	4.1e-11	44.0
TkA03G103140	`PF24548`	EF_EFCAB10_C	12	58	2.3e-06	27.8
TkA03G103140	`PF05042`	Caleosin	12	37	0.067	13.8
TkA03G103140	`PF13405`	EF-hand_6	13	41	1.5e-30	102.6
TkA03G103140	`PF30624`	EF_SSP120	13	32	6.2e-07	30.7
TkA03G103140	`PF25578`	EF-hand_STIM1	13	32	0.0027	18.5
TkA03G103140	`PF13202`	EF-hand_5	14	36	8.4e-27	92.1
TkA03G103140	`PF21008`	AIF-1	14	75	1.7e-09	38.7
TkA03G103140	`PF12763`	EH	14	70	1.3e-06	29.0
TkA03G103140	`PF22592`	FCaBP_EF-hand	14	34	0.0021	19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FYK2`	拟南芥	sp\|Q9FYK2\|CML25_ARATH Probable calcium-binding protein CML25	55.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LE22`	拟南芥	sp\|Q9LE22\|CML27_ARATH Probable calcium-binding protein CML27	55.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DJV6`	水稻	sp\|Q0DJV6\|CML18_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML18	52.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q5ZCK5`	水稻	sp\|Q5ZCK5\|CML16_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML16	48.900%	Swiss-Prot	中等置信

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