LXL04_006988 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006988

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 32931058-32931504 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_006988|LXL04_006988|OH1004|cDNA

ATGGCCAAAAGTTGTGCTGCTGTTGATACCACCGACGTTGAGAAAATTTTCAAGAAGTTTGACGTTAATGGCGACGGTAAGATATCCACTTCCGAACTCGGATCCATTCTCAGTGCACTCGGAACCGTCACGCCGGAGGAAGAACTTAAAGTCGTAATGAAGGAAATTGATACCGACGGCGACGGTTTCATTGACCTTAATGAATTCATCGAGTTTCAGCGCGGGGGATCTGGCGCTTCTGATGGAGATAAGGATCTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · LXL04_006988|LXL04_006988|OH1004|CDS

ATGGCCAAAAGTTGTGCTGCTGTTGATACCACCGACGTTGAGAAAATTTTCAAGAAGTTTGACGTTAATGGCGACGGTAAGATATCCACTTCCGAACTCGGATCCATTCTCAGTGCACTCGGAACCGTCACGCCGGAGGAAGAACTTAAAGTCGTAATGAAGGAAATTGATACCGACGGCGACGGTTTCATTGACCTTAATGAATTCATCGAGTTTCAGCGCGGGGGATCTGGCGCTTCTGATGGAGATAAGGATCTGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · LXL04_006988|LXL04_006988|OH1004|PROTEIN

MAKSCAAVDTTDVEKIFKKFDVNGDGKISTSELGSILSALGTVTPEEELKVVMKEIDTDGDGFIDLNEFIEFQRGGSGASDGDKDLREAFDLYDQNKNGKISAAELHSVLKSLGEKCSLKDCRKMIASVDIDGDGSVNFEEFKKMMSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006988`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006988

位置 Chr02:32931058-32931504 (-)

描述 Similar to CML26: Probable calcium-binding protein CML26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73630`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g66400`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g18210`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g24620`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At5g37770`	钙结合蛋白，可能正向调控脱落酸 (ABA) 对种子萌发和幼苗发育的抑制作用。	CML24, regulated in expression by diverse stimuli, encodes a potential Ca2+ sensor that functions in responses to abscisic acid, daylength, and ion stress.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.062612

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006988 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程

GO:0080164 regulation of nitric oxide metabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18210

ath:AT1G24620

ath:AT1G66400

ath:AT1G73630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.608

排名 1 · LXL04_006988 · OH-1004

细胞核0.271

排名 2 · LXL04_006988 · OH-1004

内质网0.104

排名 3 · LXL04_006988 · OH-1004

过氧化物酶体0.075

排名 4 · LXL04_006988 · OH-1004

线粒体0.073

排名 5 · LXL04_006988 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00036.39EF-hand_112-39 aa

PF13499.13EF-hand_712-72 aa

PF13405.13EF-hand_613-41 aa

PF13202.13EF-hand_514-36 aa

PF21008.4AIF-114-75 aa

PF14658.13EF-hand_915-70 aa

PF13833.13EF-hand_825-72 aa

PF00036.39EF-hand_148-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006988	`PF00036.39`	EF-hand_1	12	39	1.8e-35	118.6
LXL04_006988	`PF13499.13`	EF-hand_7	12	72	3.4e-35	120.9
LXL04_006988	`PF13405.13`	EF-hand_6	13	41	1.5e-30	102.6
LXL04_006988	`PF13202.13`	EF-hand_5	14	36	8.4e-27	92.1
LXL04_006988	`PF21008.4`	AIF-1	14	75	1.7e-09	38.7
LXL04_006988	`PF14658.13`	EF-hand_9	15	70	1.7e-12	48.3
LXL04_006988	`PF13833.13`	EF-hand_8	25	72	9.8e-23	80.4
LXL04_006988	`PF00036.39`	EF-hand_1	48	72	1.8e-35	118.6
LXL04_006988	`PF13405.13`	EF-hand_6	48	72	1.5e-30	102.6
LXL04_006988	`PF13202.13`	EF-hand_5	52	72	8.4e-27	92.1
LXL04_006988	`PF13499.13`	EF-hand_7	84	147	3.4e-35	120.9
LXL04_006988	`PF00036.39`	EF-hand_1	85	113	1.8e-35	118.6
LXL04_006988	`PF13405.13`	EF-hand_6	85	114	1.5e-30	102.6
LXL04_006988	`PF13202.13`	EF-hand_5	86	109	8.4e-27	92.1
LXL04_006988	`PF14658.13`	EF-hand_9	89	147	1.7e-12	48.3
LXL04_006988	`PF13833.13`	EF-hand_8	98	146	9.8e-23	80.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9U8`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML26	56.944%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8Y1`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML23	56.204%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LE22`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML27	54.054%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FYK2`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML25	53.571%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P25070`	拟南芥	Calcium-binding protein CML24	53.642%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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