TkA03G012250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G012250

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 3161970-3166029 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2479 bp · TkA03G012250|TK1151|cDNA

CAACATTCCACCGCCCTCTCTCTCTCTCTTACCCCCAATTTGGTTGACATTGACTAATATCTGTTCATATCTTCCGCAATAATTTCACATACACATCAACCTTATTCAAAAACTTATGCATTTTTCTTCAATCGCCATTTTTGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCTGCAGTTTCAAATATATTCTCGTCTCTCATCCTACATTAACTCACAGCATCAACAACAAGGGTGCTCGTTCGGCAAAAATTCCGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1971 bp · TkA03G012250|TK1151|CDS

ATGCCGAAGAAACTTGCAATGAAGAAACTAGACCCCAATTCGAGCGGTGAAAACTACGTCCCACACAAAGACCAATTCGCGCGTATTTCACCACGAAGCCCCTTGAGCACACACACTCCAGACACCGATTCAATCGATTTATCCATAAGACTCACCGAAAACTCCATGGATCAACTCTACAACAACGTATGCGAAATGGAAAGCTCCGATCAATCTCCCTCAAGTTACTTATCGTACAGTCAGGAATCAAGGATCGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

656 aa · TkA03G012250|TK1151|PROTEIN

MPKKLAMKKLDPNSSGENYVPHKDQFARISPRSPLSTHTPDTDSIDLSIRLTENSMDQLYNNVCEMESSDQSPSSYLSYSQESRIDSELRFLARGDFSNIGVKNDEKEPTDSRDNIEKETVVDKSPIARPPSPAKIPKPVSKTASSKKLGGKLSMKKTEEPKYLGPYLLKQARESMSTGDDPKKALDFALRAMNLFESIQSEKPDLELVMCLHIVAALYCVLGELDEAIPIVERSIEITNMNEGQKHSLAKFAGCMQLGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G012250`
TK1151 ID	TkA03G012250
OH-1004 ID	LXL04_023987
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	62.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.018 / OH-1004 98.206 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G012250

位置 Chr03:3161970-3166029 (-)

描述 Similar to KLCR2: Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27960`	蛋白质相关动力蛋白轻链 2。	暂无已核实直接文献
`At1g27500`	蛋白 KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3。	暂无已核实直接文献
`At4g10840`	蛋白质KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045494 photoreceptor cell maintenance 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0060287 epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27500

ath:AT3G27960

ath:AT4G10840

hsa:27031

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.533

排名 1 · TkA03G012250 · TK1151

细胞核0.274

排名 2 · TkA03G012250 · TK1151

细胞膜0.197

排名 3 · TkA03G012250 · TK1151

高尔基体0.084

排名 4 · TkA03G012250 · TK1151

溶酶体／液泡0.073

排名 5 · TkA03G012250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13424TPR_12180-197 aa

PF09986DUF2225180-243 aa

PF07719TPR_2181-196 aa

PF14559TPR_19191-237 aa

PF12968DUF3856191-240 aa

PF25068ARM_TT21_4th191-286 aa

PF12895ANAPC3191-234 aa

PF25063ARM_TT21_C196-272 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G012250	`PF13424`	TPR_12	180	197	9.9e-40	135.3
TkA03G012250	`PF09986`	DUF2225	180	243	9.8e-06	26.2
TkA03G012250	`PF07719`	TPR_2	181	196	2.3e-24	84.1
TkA03G012250	`PF14559`	TPR_19	191	237	1.8e-08	35.3
TkA03G012250	`PF12968`	DUF3856	191	240	3.7e-05	24.4
TkA03G012250	`PF25068`	ARM_TT21_4th	191	286	6e-05	24.1
TkA03G012250	`PF12895`	ANAPC3	191	234	0.023	15.7
TkA03G012250	`PF25063`	ARM_TT21_C	196	272	0.00071	20.2
TkA03G012250	`PF24885`	TPR_NPHP3	199	331	2.2e-14	54.2
TkA03G012250	`PF10602`	RPN7	199	239	7.5e-05	23.2
TkA03G012250	`PF21033`	RMD1-3	200	248	3.9e-05	23.7
TkA03G012250	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	208	313	6e-07	29.9
TkA03G012250	`PF17874`	TPR_MalT	209	335	9e-15	55.5
TkA03G012250	`PF13374`	TPR_10	210	247	1.3e-22	79.8
TkA03G012250	`PF07719`	TPR_2	212	238	2.3e-24	84.1
TkA03G012250	`PF13428`	TPR_14	213	237	2.5e-10	40.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LII8`	拟南芥	sp\|Q9LII8\|KLCR2_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4HSX9`	拟南芥	sp\|F4HSX9\|KLCR3_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3	51.000%	Swiss-Prot	高置信
`O81629`	拟南芥	sp\|O81629\|KLCR1_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1	48.900%	Swiss-Prot	中等置信

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