TkA03G007720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G007720

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1855778-1860122 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3163 bp · TkA03G007720|TK1151|cDNA

CCTTACACTCTCACTCTAAAAAACCCACAAAGGAAAAAATAAAAGAGACGGTCACTTCGCCCCCTGGTTTCTCTCTCTCCCTCCCTCTTTCTCTCTCTCTAAAGAGTCCCAGTTCAACTTTGCTTGCCATATATGCCGTACGATCATATAGTCGTCGCTCGAAGCCATCAGGAAGTTTCTACTGCGGCTCTGTCGTTCTCCGGTTACTGATTTCCTACGGTGTCAACCACTGCCTTGTTTCCACTTCACGAGCTTCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2202 bp · TkA03G007720|TK1151|CDS

ATGGCGAAGAAGGATAGGTTTCCTGATGCTTGTTCCGGTGGATTTCCTCCCAATGAGGAATCTGAAGGGTCGGGTGGTTCAGGACGTGATCATATGGAAACATCTGGCTATGAGAACTCAAGTGGCCCAAGAGAGAAATGGATAAAGTTAAGCTCTGCATTACACGATGGTTTTGGTGTCCCTATACAAAGTGTCCCCATTTCAAAACTTCCATCTTCCGAGAAACAAAAATGGTTACTACAATTGCGATCTGAACTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

733 aa · TkA03G007720|TK1151|PROTEIN

MAKKDRFPDACSGGFPPNEESEGSGGSGRDHMETSGYENSSGPREKWIKLSSALHDGFGVPIQSVPISKLPSSEKQKWLLQLRSELDLLRTFKKKVDTNRDRTHATMSSSSNIITSNKPQGNQPTSRKASDPQPRINPGIKRLQSVTERSSPETFTLVLRKQCENLLKKLMGHQHGWVFNKPVDVVALKIPDYFNVIKKPMDLGTIKEKLASSKYSSPFQFAADVRLTFSNAMTYNPPGNDVHIMADILSKFFELRWKPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G007720`
TK1151 ID	TkA03G007720
OH-1004 ID	LXL04_006059
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G007720

位置 Chr03:1855778-1860122 (+)

描述 Similar to GTE9: Transcription factor GTE9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14270`	转录因子 GTE9。	暂无已核实直接文献
`At3g27260`	转录因子 GTE8。	暂无已核实直接文献
`At3g01770`	转录因子 GTE11。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9FGW9`	通过控制ABA调控的基因表达，在植物对环境变化的响应中充当负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g73150`	可能的转录因子，可结合乙酰化的组蛋白 H3。	The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006059 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051365 cellular response to potassium ion starvation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73150

ath:AT3G01770

ath:AT3G27260

ath:AT5G14270

ath:AT5G63320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA03G007720 · TK1151

细胞质0.092

排名 2 · TkA03G007720 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA03G007720 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA03G007720 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA03G007720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18177La_HTH_kDCL66-97 aa

PF25156PNGase_A_C106-119 aa

PF20648DUF6809132-174 aa

PF00439Bromodomain163-247 aa

PF25156PNGase_A_C226-241 aa

PF20648DUF6809245-279 aa

PF17035BET313-376 aa

PF25156PNGase_A_C395-417 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G007720	`PF18177`	La_HTH_kDCL	66	97	0.086	13.7
TkA03G007720	`PF25156`	PNGase_A_C	106	119	1.9	9.3
TkA03G007720	`PF20648`	DUF6809	132	174	0.86	11.1
TkA03G007720	`PF00439`	Bromodomain	163	247	3.8e-22	78.8
TkA03G007720	`PF25156`	PNGase_A_C	226	241	1.9	9.3
TkA03G007720	`PF20648`	DUF6809	245	279	0.86	11.1
TkA03G007720	`PF17035`	BET	313	376	5.7e-13	49.5
TkA03G007720	`PF25156`	PNGase_A_C	395	417	1.9	9.3
TkA03G007720	`PF25156`	PNGase_A_C	441	470	1.9	9.3
TkA03G007720	`PF20648`	DUF6809	517	576	0.86	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YS6`	拟南芥	sp\|Q93YS6\|GTE9_ARATH Transcription factor GTE9	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LK27`	拟南芥	sp\|Q9LK27\|GTE8_ARATH Transcription factor GTE8	45.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZB7`	拟南芥	sp\|Q93ZB7\|GTE11_ARATH Transcription factor GTE11	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FGW9`	拟南芥	sp\|Q9FGW9\|GTE10_ARATH Transcription factor GTE10	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S7T1`	拟南芥	sp\|Q9S7T1\|GTE3_ARATH Transcription factor GTE3, chloroplastic	36.400%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情