TkA03G007590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G007590

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1826057-1828279 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1565 bp · TkA03G007590|TK1151|cDNA

AAGTTTTTTACTAATTTATTAATTTTTCTGAAACTTAAATGTTAAAACTTAAATGTTAAAAGTTAAAACACACGGAATAAACATCGGCTGACTCACTCCACCGGTTATCGGGAAACCATTGGCGGCCGTCGGTCTATGCAATAAACTATTCCACCGCTTTTATGTCTGCAAAAGTATTCATATATGGGTAATTTTATCTGGTTTCCTGGATTGTAATCCGAGATAGAAGATAATGGCAAGGAATCACAGTAGCAAACACA...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA03G007590|TK1151|CDS

ATGGCAAGGAATCACAGTAGCAAACACATTTCCACAAAATCACTAATCCTATTGCTGTTCGCCGGTGTTCTTGTTGGTGGCGCTTTGATTTGCGATCATTTGTGGGCATCTTCTACTTCCACTGTGTATACTTCAGTTCATTATAACTGGATTCGCGAGAAAAATGATCTCGTAACCCTACCTACTTTCTCCAACGAAACTAATAAGATTGCAGAATTTAAAGATGGGAATGATAAAATCCCTGAGAGTTTAGTATCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA03G007590|TK1151|PROTEIN

MARNHSSKHISTKSLILLLFAGVLVGGALICDHLWASSTSTVYTSVHYNWIREKNDLVTLPTFSNETNKIAEFKDGNDKIPESLVSGTFADLPAPETKWEEMAPAPVPRLDGASIQINELFYVFSGYRNLDHVHSHVDVYNFTSNKWEESFDTPKEMGNSHLGMASDGRYIYIVSGQQGPQCRTPPVSQTFVLDTRTRNWESFPPLPKPRYAPATQVWRGRLHVMGGARRTAIHQVEIIGV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G007590`
TK1151 ID	TkA03G007590
OH-1004 ID	LXL04_009139
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.041 / OH-1004 51.643 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G007590

位置 Chr03:1826057-1828279 (-)

描述 Similar to At3g27220: Kelch repeat-containing protein At3g27220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27220`	含 Kelch 重复序列的蛋白 At3g27220。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009061 anaerobic respiration 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098813 nuclear chromosome segregation 生物过程

GO:0140014 mitotic nuclear division 生物过程

GO:1902410 mitotic cytokinetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27220

hsa:200942

hsa:55220

mmu:78267

rno:306589

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.358

排名 1 · TkA03G007590 · TK1151

内质网0.293

排名 2 · TkA03G007590 · TK1151

细胞质0.143

排名 3 · TkA03G007590 · TK1151

溶酶体／液泡0.138

排名 4 · TkA03G007590 · TK1151

细胞膜0.108

排名 5 · TkA03G007590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR117-41 aa

PF13418Beta-prop_TYW420-42 aa

PF07646Kelch_224-43 aa

PF31117DUF881543-75 aa

PF24996NANM91-176 aa

PF13418Beta-prop_TYW497-160 aa

PF25210Kelch_FKB9598-159 aa

PF13964Beta-prop_Calicin98-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G007590	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	17	41	4.5e-08	33.4
TkA03G007590	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	20	42	0.012	16.3
TkA03G007590	`PF07646`	Kelch_2	24	43	7.4e-10	39.0
TkA03G007590	`PF31117`	DUF8815	43	75	0.054	14.2
TkA03G007590	`PF24996`	NANM	91	176	2e-07	30.9
TkA03G007590	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	97	160	0.012	16.3
TkA03G007590	`PF25210`	Kelch_FKB95	98	159	1.9e-11	44.8
TkA03G007590	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	98	220	3.5e-06	27.0
TkA03G007590	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	102	230	4e-07	30.6
TkA03G007590	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	103	227	3.8e-11	43.4
TkA03G007590	`PF07646`	Kelch_2	109	149	7.4e-10	39.0
TkA03G007590	`PF01344`	Kelch_1	109	149	1.4e-09	38.0
TkA03G007590	`PF31117`	DUF8815	111	149	0.054	14.2
TkA03G007590	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	118	231	4.5e-08	33.4
TkA03G007590	`PF24996`	NANM	136	210	2e-07	30.9
TkA03G007590	`PF01344`	Kelch_1	160	207	1.4e-09	38.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK31`	拟南芥	sp\|Q9LK31\|Y3272_ARATH Kelch repeat-containing protein At3g27220	53.700%	Swiss-Prot	高置信

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