TkA02G614480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G614480

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 158454419-158455707 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1184 bp · TkA02G614480|TK1151|cDNA

TGTTAAGGCCCAACCTCCCCGGATTGGTATTTTAACACATCACTCAACAAGATAGCTCGCACTATTTACCTCATCGATCCTGTCCCGAATAATTCATTCATCGATCTGGTGGTTTTAATTTGTCAATCAGATGGTTGATCTGGTATCCAGTAACTACTAAAGAGCATGAGAAAATGTTAAGAGGTAATTCAGAAAAGAATATTGATGATACGGGAATGCAGAGGAAGAAGAAGAAAAGCAAGAGCGAGAAGAATCAGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA02G614480|TK1151|CDS

ATGTTAAGAGGTAATTCAGAAAAGAATATTGATGATACGGGAATGCAGAGGAAGAAGAAGAAAAGCAAGAGCGAGAAGAATCAGACGAGGAGGTTTAGTGATGAGCAGATAAAATCACTGGAGTCGCTGTTCGAGATGGAGAACAAGCTGGAACCAAGAAAGAAGGTGGAGATGGCCACGCAACTGGGGCTGCACCCTCGTCAAGTGGCTATCTGGTTTCAAAACAGAAGGGCTCGTTGGAAGTCCAAGCAAGTCGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA02G614480|TK1151|PROTEIN

MLRGNSEKNIDDTGMQRKKKKSKSEKNQTRRFSDEQIKSLESLFEMENKLEPRKKVEMATQLGLHPRQVAIWFQNRRARWKSKQVEHDYTSLKADYDSLAHRFESLKKEKHALIQQLRDVCNQLKEPYEGTKDLDNGSENEDTNLELNKGNSNGPMERDMAIYYVDQDDPCRKEESENLNVGVTDDQFSHEKGSSVDPSSLFYQSNWWDVWSSNS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G614480`
TK1151 ID	TkA02G614480
OH-1004 ID	LXL04_011797
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G614480

位置 Chr02:158454419-158455707 (+)

描述 Similar to ATHB-7: Homeobox-leucine zipper protein ATHB-7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46680`	可能的转录激活剂，可作为响应缺水的生长调节剂。	The Arabidopsis homeobox gene ATHB-7 is induced by water deficit and by abscisic acid.1996 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1996.10020375.x
`At3g61890`	可能的转录激活剂，可作为响应缺水的生长调节剂。	Structure and expression of the Arabidopsis thaliana homeobox gene Athb-12.2001 · DOI: 10.1006/bbrc.2001.4904

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9XH35`	可能的转录因子，可结合DNA序列5'-CAAT[AT]ATTG-3'。	暂无已核实直接文献
`Os09g0528200`	可能的转录因子，可结合DNA序列5'-CAAT[AT]ATTG-3'。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q01IK0`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011797 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0033993 response to lipid 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G46680

ath:AT3G61890

dosa:Os04g0541700

dosa:Os09g0528200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA02G614480 · TK1151

细胞质0.083

排名 2 · TkA02G614480 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA02G614480 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA02G614480 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA02G614480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19220Rod_CreS16-140 aa

PF00046Homeodomain30-81 aa

PF25450Rab11-FIP334-139 aa

PF05920Homeobox_KN53-79 aa

PF02183HALZ83-119 aa

PF05920Homeobox_KN108-117 aa

PF02183HALZ117-129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G614480	`PF19220`	Rod_CreS	16	140	0.075	12.9
TkA02G614480	`PF00046`	Homeodomain	30	81	1e-17	64.4
TkA02G614480	`PF25450`	Rab11-FIP3	34	139	0.0095	16.9
TkA02G614480	`PF05920`	Homeobox_KN	53	79	0.00032	21.2
TkA02G614480	`PF02183`	HALZ	83	119	1.3e-13	51.5
TkA02G614480	`PF05920`	Homeobox_KN	108	117	0.00032	21.2
TkA02G614480	`PF02183`	HALZ	117	129	1.3e-13	51.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P46897`	拟南芥	sp\|P46897\|ATHB7_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-7	68.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M276`	拟南芥	sp\|Q9M276\|ATB12_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-12	64.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9XH35`	水稻	sp\|Q9XH35\|HOX6_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX6	67.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q651Z5`	水稻	sp\|Q651Z5\|HOX6_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein HOX6	67.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q01IK0`	水稻	sp\|Q01IK0\|HOX22_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX22	66.700%	Swiss-Prot	低置信

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