TkA02G609290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G609290

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 157147285-157150791 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2249 bp · TkA02G609290|TK1151|cDNA

TTCATCCATAAACTGATGTCAAATATCTTTCTACCACTCAAAGTTCGCCACGACGACCCTCCACTAGATTATTCTGCTACAACTCCTTCCACGTCTTCCACCACCATCACCACCCTCCGATCTCATTCTTCCCATTCATCTCCGCCGTCGACTCGTACTTGTGGCCACCATAGTTTCTCGTAAACTCTTCGATTCTTTTGTTATTTCAGTATCAGAAAATCCTGTACAACGATTATTTCTAATTTTTGATCAAACTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · TkA02G609290|TK1151|CDS

ATGGGAGTTGTGACTGTATCCAGCTCAGCTGGAAGGACCCCACTTGGATTAAGTGCAAGATTTTCTACTCCTCAATCTCCATTCAAAAGAAAGTCAATATTAGCATTCAAAACAGATAAAACCAAGAACACAGCTTTAGTTTCATCCAAGGAATCTGCAAATTTATCAATCGATACATCCAAAGAAACCCCAAAGAGACTGAGACGGAGTAAAAAGGCTTCAGAAAGAGTACAAGCTTTGTCTACTGTCGAAGGTCCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

515 aa · TkA02G609290|TK1151|PROTEIN

MGVVTVSSSAGRTPLGLSARFSTPQSPFKRKSILAFKTDKTKNTALVSSKESANLSIDTSKETPKRLRRSKKASERVQALSTVEGPSCSLDLDYNEAAAELDRLYKLSPTTIDPDTHDHDDNQVKKGRRGKKKISDTNKKPKSTTVVRGHHKKVQRLTLEKRIHLKNEKDSTLVTSSLKRKQGKLNEDDKINRLVKDYTASTDLGSLDWKKMKIPPVLPSSEHTRLFKLLQTMKSILGVKEDLQKALEREPTDGELAEAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G609290`
TK1151 ID	TkA02G609290
OH-1004 ID	LXL04_027684
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.864 / OH-1004 51.031 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G609290

位置 Chr02:157147285-157150791 (+)

描述 Similar to sigA: RNA polymerase sigma factor SigA (Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24120`	必需蛋白质。	AtSig5 is an essential nucleus-encoded Arabidopsis sigma-like factor.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.017913 Blue light-induced transcription of plastid-encoded psbD gene is mediated by a nuclear-encoded transcription initiation factor, AtSig5.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0308362101 Light induction of Arabidopsis SIG1 and SIG5 transcripts in mature leaves: differential roles of cryptochrome 1 and cryptochrome 2 and dual function of SIG5 in the recognition of plastid promoters.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03567.x ANK6, a mitochondrial ankyrin repeat protein, is required for male-female gamete recognition in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1015911107

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027684 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0016987 sigma factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:all5263

msb:LJ00_13680

msg:MSMEI_2684

msm:MSMEG_2752

syf:Synpcc7942_0649

syf:Synpcc7942_0672

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.729

排名 1 · TkA02G609290 · TK1151

线粒体0.193

排名 2 · TkA02G609290 · TK1151

细胞核0.058

排名 3 · TkA02G609290 · TK1151

细胞质0.023

排名 4 · TkA02G609290 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA02G609290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04539Sigma70_r363-86 aa

PF08281Sigma70_r4_291-102 aa

PF04539Sigma70_r3235-270 aa

PF13518HTH_28244-269 aa

PF08281Sigma70_r4_2255-270 aa

PF13443HTH_26256-285 aa

PF04967HTH_10263-277 aa

PF04542Sigma70_r2281-347 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G609290	`PF04539`	Sigma70_r3	63	86	1.8e-20	73.5
TkA02G609290	`PF08281`	Sigma70_r4_2	91	102	1.5	9.2
TkA02G609290	`PF04539`	Sigma70_r3	235	270	1.8e-20	73.5
TkA02G609290	`PF13518`	HTH_28	244	269	0.13	13.1
TkA02G609290	`PF08281`	Sigma70_r4_2	255	270	1.5	9.2
TkA02G609290	`PF13443`	HTH_26	256	285	0.22	12.5
TkA02G609290	`PF04967`	HTH_10	263	277	0.25	11.9
TkA02G609290	`PF04542`	Sigma70_r2	281	347	3.1e-11	43.6
TkA02G609290	`PF08281`	Sigma70_r4_2	362	374	1.5	9.2
TkA02G609290	`PF04539`	Sigma70_r3	366	434	1.8e-20	73.5
TkA02G609290	`PF04967`	HTH_10	370	399	0.25	11.9
TkA02G609290	`PF04545`	Sigma70_r4	385	397	3.5e-15	56.0
TkA02G609290	`PF00196`	GerE	385	394	0.0073	16.6
TkA02G609290	`PF13518`	HTH_28	385	399	0.13	13.1
TkA02G609290	`PF08281`	Sigma70_r4_2	385	396	1.5	9.2
TkA02G609290	`PF13443`	HTH_26	387	408	0.22	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZNX9`	拟南芥	sp\|Q9ZNX9\|SIGE_ARATH RNA polymerase sigma factor sigE, chloroplastic/mitochondrial	57.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情