TkA02G597280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G597280

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 154011284-154013362 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

578 bp · TkA02G597280|TK1151|cDNA

GAATGGTCTTATCCATATTCGTAACTTCCCTATCACAATAAATCAATAAAAATTGTACAAAATATCTACCACAGTCCACAAGGGTAGAAGTACAAGTAGCGGCGGTATCAATCCTTGTAAAGTTGCAGAGAGGTTGAGAGATCATGGGCAAGGGAGGAAAGAGTGACGGCTCAAATGGAGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGCTGGTTTCCATCAACACCCTCAAGATCCAGCCCTTTAAGCTTCCACCTCTTGGGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1089 bp · TkA02G597280|TK1151|CDS

ATGGGCAAGGGAGGAAAGAGTGACGGCTCAAATGGAGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGCTGGTTTCCATCAACACCCTCAAGATCCAGCCCTTTAAGCTTCCACCTCTTGGGCCCTATGATGTTAGAGTAAGGATGAAAGCTGTGGGTATCTGCGGTAGCGATGTTCACTATCTCAAGACATTAAGATGTGCAGATTTTGTGGTGAAAGAACCAATGGTTATCGGACATGAATGTGCTGGAGTGATTGAAGAAATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

362 aa · TkA02G597280|TK1151|PROTEIN

MGKGGKSDGSNGEEENMAAWLVSINTLKIQPFKLPPLGPYDVRVRMKAVGICGSDVHYLKTLRCADFVVKEPMVIGHECAGVIEEIGSNVEDLVPGDRVALEPGISCWRCTQCKEGRYNLCPDMKFFATPPVHGSLANQVVHPADLCFKLPENVSLEEGAMCEPLSVGVHACRRANIGPETNVLVMGAGPIGLVAMLAARAFGAPRIVIVDVDDSRLSVAKQLGADEIIKVSINLQDVEGEVELIQKAMGGGVDVSFDCA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G597280`
TK1151 ID	TkA02G597280
OH-1004 ID	LXL04_011965
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G597280

位置 Chr02:154011284-154013362 (+)

描述 Similar to SDH: Sorbitol dehydrogenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51970`	可能催化多种糖醇的 NAD⁺ 依赖性氧化。	Sorbitol dehydrogenase is a cytosolic protein required for sorbitol metabolism in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2013.01.012

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011965 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006060 sorbitol metabolic process 生物过程

GO:0006062 sorbitol catabolic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0019640 D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate 生物过程

GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程

GO:0031667 response to nutrient levels 生物过程

GO:0046183 L-idonate catabolic process 生物过程

GO:0046370 fructose biosynthetic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:0051160 xylitol catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51970

bta:508954

mmu:20322

rno:24788

vvi:100232980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.590

排名 1 · TkA02G597280 · TK1151

细胞核0.222

排名 2 · TkA02G597280 · TK1151

线粒体0.164

排名 3 · TkA02G597280 · TK1151

过氧化物酶体0.099

排名 4 · TkA02G597280 · TK1151

细胞膜0.090

排名 5 · TkA02G597280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240ADH_N38-152 aa

PF13738Pyr_redox_340-77 aa

PF00070Pyr_redox74-99 aa

PF07992Pyr_redox_274-99 aa

PF07562NCD3G95-119 aa

PF16912Glu_dehyd_C160-288 aa

PF01262AlaDh_PNT_C180-230 aa

PF07992Pyr_redox_2181-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G597280	`PF08240`	ADH_N	38	152	1.9e-27	96.3
TkA02G597280	`PF13738`	Pyr_redox_3	40	77	0.2	11.6
TkA02G597280	`PF00070`	Pyr_redox	74	99	0.011	16.9
TkA02G597280	`PF07992`	Pyr_redox_2	74	99	0.038	14.1
TkA02G597280	`PF07562`	NCD3G	95	119	0.013	16.0
TkA02G597280	`PF16912`	Glu_dehyd_C	160	288	1.1e-08	35.5
TkA02G597280	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	180	230	0.0053	16.9
TkA02G597280	`PF07992`	Pyr_redox_2	181	217	0.038	14.1
TkA02G597280	`PF00899`	ThiF	181	214	0.052	13.4
TkA02G597280	`PF00070`	Pyr_redox	182	211	0.011	16.9
TkA02G597280	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	182	219	0.44	10.9
TkA02G597280	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	183	276	0.0035	18.4
TkA02G597280	`PF13649`	Methyltransf_25	183	239	0.13	13.7
TkA02G597280	`PF13738`	Pyr_redox_3	185	211	0.2	11.6
TkA02G597280	`PF00107`	ADH_zinc_N	190	321	1.8e-30	106.3
TkA02G597280	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	223	339	2.9e-07	32.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ95`	拟南芥	sp\|Q9FJ95\|DHSO_ARATH Sorbitol dehydrogenase	85.400%	Swiss-Prot	高置信

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