RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G585060
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 150957956-150960263 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1492 bp · TkA02G585060|TK1151|cDNA

ATAATAGTACTTTGTTTATCGGATAAATGAGACATAAACCCGACCCGGTAAGCCCAACCGCTGAAGTCAAGTAGTCAACTAACCAGTAACAGATAAACGGCGAATCGACCCGAATTACTAACGAGATCCAGACACCCCATCATCTTCTGCCTCAGACAAGCAAACAACTGAAAACACACAAACAAACAGGATATTGTAGAGAGAAGGTGTAGACTATACGCGATTCGTCGAAATGCAAGATCCGTCCAATCTAAATACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1056 bp · TkA02G585060|TK1151|CDS

ATGCAAGATCCGTCCAATCTAAATACTAAGCCGCAAAATGCGGCGGCGTTTCCGTTTAGGCCATCTCATCACCGACGAGCACACTCCGAGATGAACTTCAGGCTACCGGACGATCTAGATCTGGCCTCAGACCCCTACGATGCACCGTCCGAAAGCTTCGAAGAGTTAGGATCTGAGGAAGATCTGTTTTGTACTTACATGGATATTGAGAAGCTCGGATCCAACTTGAACGATGGCGGTGCTCTGGATAACGGTCGGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

351 aa · TkA02G585060|TK1151|PROTEIN

MQDPSNLNTKPQNAAAFPFRPSHHRRAHSEMNFRLPDDLDLASDPYDAPSESFEELGSEEDLFCTYMDIEKLGSNLNDGGALDNGRINNAGGSGGPSEDDNGGGGGDGERTGTRPRHRHSNSVDSSSFFSESIEAKKAMAPDKLAELWTVDPKRAKRILANRQSAARSKERKARYMSELERKVQTLQTEATTLSAQLTLFQRDTTGLSSENTELKLRLQAMEQQAHLRDALNEALKEEVDRLRMATGEMPNCSDGYNLGM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G585060
TK1151 IDTkA02G585060
OH-1004 IDLXL04_012156
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G585060
位置Chr02:150957956-150960263 (-)
描述Similar to BZIP18: bZIP transcription factor 18
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40620 可能与 bZIP34 一起参与花粉发育的配子体控制的转录因子。
Characterization of pollen-expressed bZIP protein interactions and the role of ATbZIP18 in the male gametophyte.2017 · DOI: 10.1007/s00497-016-0295-5
At2g31370 推测具有激活作用的转录因子。 暂无已核实直接文献
At1g43700 被MPK3磷酸化／激活后，特异性结合TRX8、MYB44等胁迫相关基因中的VIP1应答元件（VRE）DNA序列5′-ACNGCT-3′的转录激活因子。
Isolation and characterization of low-sulphur-tolerant mutants of Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq161

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0336200 转录因子可能参与维管发育和芽组织组织。
RF2b, a rice bZIP transcription activator, interacts with RF2a and is involved in symptom development of rice tungro disease.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307687100
Os09g0516200 转录因子可能参与维管发育和芽组织组织。
Transcription factor RF2a alters expression of the rice tungro bacilliform virus promoter in transgenic tobacco plants.2001 · DOI: 10.1073/pnas.121186398
Functional analysis of RF2a, a rice transcription factor.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m304862200
RF2b, a rice bZIP transcription activator, interacts with RF2a and is involved in symptom development of rice tungro disease.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307687100
RF2a, a bZIP transcriptional activator of the phloem-specific rice tungro bacilliform virus promoter, functions in vascular development.1997 · DOI: 10.1093/emboj/16.17.5247
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012156 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0009652 thigmotropism 生物过程
GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程
GO:0045596 negative regulation of cell differentiation 生物过程
GO:0051170 import into nucleus 生物过程
GO:1902358 sulfate transmembrane transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G43700
ath:AT2G31370
ath:AT2G40620
dosa:Os03g0336200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974
排名 1 · TkA02G585060 · TK1151
细胞质0.105
排名 2 · TkA02G585060 · TK1151
细胞膜0.026
排名 3 · TkA02G585060 · TK1151
内质网0.013
排名 4 · TkA02G585060 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA02G585060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27044HAUS3_CC58-77 aa
PF26095CC_Bre1126-224 aa
PF07299EF-G-binding_N132-186 aa
PF07716bZIP_2151-200 aa
PF00170bZIP_1153-210 aa
PF03131bZIP_Maf153-213 aa
PF11559ADIP159-245 aa
PF14662KASH_CCD162-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G585060PF27044HAUS3_CC58770.4711.4
TkA02G585060PF26095CC_Bre11262240.1313.3
TkA02G585060PF07299EF-G-binding_N1321860.1813.0
TkA02G585060PF07716bZIP_21512001.1e-0629.3
TkA02G585060PF00170bZIP_11532101.6e-0835.2
TkA02G585060PF03131bZIP_Maf1532130.5211.6
TkA02G585060PF11559ADIP1592451.89.4
TkA02G585060PF14662KASH_CCD1622490.006517.2
TkA02G585060PF06785UPF02421652390.1912.5
TkA02G585060PF05557MAD1662460.001517.7
TkA02G585060PF10473CENP-F_leu_zip1672400.2512.1
TkA02G585060PF26666DUF82211682150.9510.3
TkA02G585060PF19579FtsL_21692002.19.0
TkA02G585060PF07989Cnn_1N1721970.411.6
TkA02G585060PF15070GOLGA2L51742290.01814.6
TkA02G585060PF08614ATG161742460.04714.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22873拟南芥sp|O22873|BZP18_ARATH bZIP transcription factor 1852.700%Swiss-Prot高置信
Q04088拟南芥sp|Q04088|POF21_ARATH Probable transcription factor PosF2150.200%Swiss-Prot高置信
Q9MA75拟南芥sp|Q9MA75|VIP1_ARATH Transcription factor VIP159.900%Swiss-Prot低置信
Q6S4P4水稻sp|Q6S4P4|RF2B_ORYSJ Transcription factor RF2b51.900%Swiss-Prot高置信
Q69IL4水稻sp|Q69IL4|RF2A_ORYSJ Transcription factor RF2a54.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看