TkA02G579000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G579000

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 149365427-149371784 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4215 bp · TkA02G579000|TK1151|cDNA

AAACTGCACCATTTAAAAAAAAAAAAAAATCTTTGCATGGTTGGTAAAAACCAAGTGGAACACCGTCAAGGAAAACAATATTCTAATCACCAAAAATCCAAAATTACAATGGATACCTTGAGATGAGTCCACGCTACTTTCACCTCATTTCATGCTTCTTCTTCAATGTTCTTCGTATCCTCCAAATCCTAAGCAAACCAAACAACGACAAAGAAAAAGAAAGCCCTAGCTTTTAAGATGAGCGAAATCAAAGAAGCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2790 bp · TkA02G579000|TK1151|CDS

ATGACCATTGACCAGTCATACGATAAGTATGATCGCGGTTTTATTTGTGAAGGTTGGCTAGGTTCTGGTTATCGTCCAATTACGATGAACTGGAACAAGAATACAGACTGTTTCAAGTGGGATGGTATCACTTGCAACCACTTAACCGGTGATGTTATTGGTATTGACCTCAGTTGTGGAATGCTACAAGGTACCATCCACCCAAACACCACCCTCTTTCACCTTCCTCATCTCCAAACACTCAACCTTGCTTTCAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

929 aa · TkA02G579000|TK1151|PROTEIN

MTIDQSYDKYDRGFICEGWLGSGYRPITMNWNKNTDCFKWDGITCNHLTGDVIGIDLSCGMLQGTIHPNTTLFHLPHLQTLNLAFNKFSRFQLPRNIGGLSNSLTLLNLSKCGFSGDIPGEILYLPKLVTLDLSGNDGLQLQPSILKNLLLNSTHLRELLLKYVDISWVLPRYLNISTSLKSLDLSNTILQGKLPDNIFGLHYLEKLDMSNNDDITGPLPSVNKSNNIPLKWLDLSNANLSGEIPESVGHLKSLNYLDIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G579000`
TK1151 ID	TkA02G579000
OH-1004 ID	LXL04_012243
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.910 / OH-1004 87.210 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G579000

位置 Chr02:149365427-149371784 (+)

描述 Similar to RLP6: Receptor-like protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g45616`	受体样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At2g32660`	类受体蛋白22。	暂无已核实直接文献
`At3g25020`	识别真菌（如B. cinerea和A. niger）的内聚半乳糖醛酸酶（PGs，例如。	Fungal endopolygalacturonases are recognized as microbe-associated molecular patterns by the arabidopsis receptor-like protein RESPONSIVENESS TO BOTRYTIS POLYGALACTURONASES1.2014 · DOI: 10.1104/pp.113.230698
`At5g40170`	类受体蛋白 54。	暂无已核实直接文献
`At3g24900`	类受体蛋白39。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012243 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45616

ath:AT1G47890

ath:AT2G15080

ath:AT3G11010

ath:AT3G11080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.853

排名 1 · TkA02G579000 · TK1151

内质网0.093

排名 2 · TkA02G579000 · TK1151

细胞质0.063

排名 3 · TkA02G579000 · TK1151

细胞核0.042

排名 4 · TkA02G579000 · TK1151

溶酶体／液泡0.030

排名 5 · TkA02G579000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_228-46 aa

PF23211LRR_LRWD163-142 aa

PF13855LRR_870-112 aa

PF23598LRR_1471-149 aa

PF23286LRR_1372-119 aa

PF12799LRR_474-90 aa

PF13516LRR_674-88 aa

PF24048LRR_NXF1-575-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G579000	`PF08263`	LRRNT_2	28	46	0.08	13.9
TkA02G579000	`PF23211`	LRR_LRWD1	63	142	2.1e-08	34.8
TkA02G579000	`PF13855`	LRR_8	70	112	3.2e-60	200.5
TkA02G579000	`PF23598`	LRR_14	71	149	1.9e-35	123.0
TkA02G579000	`PF23286`	LRR_13	72	119	9e-05	23.0
TkA02G579000	`PF12799`	LRR_4	74	90	3.8e-52	173.8
TkA02G579000	`PF13516`	LRR_6	74	88	1.1e-18	66.4
TkA02G579000	`PF24048`	LRR_NXF1-5	75	111	0.041	14.2
TkA02G579000	`PF24758`	LRR_At5g56370	76	190	5.2e-12	46.6
TkA02G579000	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	76	134	0.0051	17.4
TkA02G579000	`PF00560`	LRR_1	77	99	1.4e-65	203.6
TkA02G579000	`PF29594`	LRR_SKP2	77	186	0.0015	18.5
TkA02G579000	`PF13516`	LRR_6	101	116	1.1e-18	66.4
TkA02G579000	`PF13855`	LRR_8	102	137	3.2e-60	200.5
TkA02G579000	`PF00560`	LRR_1	103	123	1.4e-65	203.6
TkA02G579000	`PF12799`	LRR_4	103	137	3.8e-52	173.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C637`	拟南芥	sp\|Q9C637\|RLP6_ARATH Receptor-like protein 6	38.100%	Swiss-Prot	低置信
`O48851`	拟南芥	sp\|O48851\|RLP22_ARATH Receptor like protein 22	45.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LJS0`	拟南芥	sp\|Q9LJS0\|RLP42_ARATH Receptor-like protein 42	39.800%	Swiss-Prot	低置信
`F4KHA2`	拟南芥	sp\|F4KHA2\|RLP54_ARATH Receptor-like protein 54	47.800%	Swiss-Prot	低置信
`F4J7T6`	拟南芥	sp\|F4J7T6\|RLP39_ARATH Receptor-like protein 39	39.800%	Swiss-Prot	低置信

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