TkA02G573630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G573630

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 148151669-148153764 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1575 bp · TkA02G573630|TK1151|cDNA

ATGATCACTAATGAAGTACTTCTAAGCTCATGGAACACTTCCGTTCATTTCTGTGATTGGAGTGGTGTTTCATGTGGGAAGCGCCACAGAAGAGTCACTGCTCTACAAGGCCTAGAAGGATCATTGTCTCCTCATGTAGGCAACCTCAGCAGCTTCCTTCGTGAACTTTATCTCACCAACAACAGCTTTCAAGGAACGATCCGTCAAGAACTCGGCCGTCTTACCAGGTTACGCGTCCTCGATCTTGGCCGTAACAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1575 bp · TkA02G573630|TK1151|CDS

ATGATCACTAATGAAGTACTTCTAAGCTCATGGAACACTTCCGTTCATTTCTGTGATTGGAGTGGTGTTTCATGTGGGAAGCGCCACAGAAGAGTCACTGCTCTACAAGGCCTAGAAGGATCATTGTCTCCTCATGTAGGCAACCTCAGCAGCTTCCTTCGTGAACTTTATCTCACCAACAACAGCTTTCAAGGAACGATCCGTCAAGAACTCGGCCGTCTTACCAGGTTACGCGTCCTCGATCTTGGCCGTAACAGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

524 aa · TkA02G573630|TK1151|PROTEIN

MITNEVLLSSWNTSVHFCDWSGVSCGKRHRRVTALQGLEGSLSPHVGNLSSFLRELYLTNNSFQGTIRQELGRLTRLRVLDLGRNRFDGVIPTNLSRCANFNDLRLDFNKLVGSVPKEMSFLSKLTFLSLRTNMLTGGIPPMLGNITSMEVFSAVENPLGGSIPDTLGRWRSLRGLGFGGCNLSGTIPDSIYNLSRLANFSLAGNQLAGSLPSDLGFPNCEATRKHKKRKVQPSQSSTSTNESFVKVSYGQLLKATNGFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G573630`
TK1151 ID	TkA02G573630
OH-1004 ID	LXL04_012321
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 59.542 / OH-1004 10.951 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G573630

位置 Chr02:148151669-148153764 (-)

描述 Similar to At3g47570: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47570`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g47570。	暂无已核实直接文献
`At3g47110`	推测的类受体蛋白激酶 At3g47110。	暂无已核实直接文献
`At5g20480`	构成了模式识别受体（PPR），决定对延伸因子Tu（EF-Tu）的特异性感知，EF-Tu 是一种强效的病原相关分子模式（PAMPs）防御反应诱导物；在诱导后磷酸化BIK1，以调控免疫反应，例如防御激素的表达（如茉莉酸（JA）和水杨酸（SA））。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q1MX30`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	暂无已核实直接文献
`Os11g0569733`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012321 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.829

排名 1 · TkA02G573630 · TK1151

细胞质0.093

排名 2 · TkA02G573630 · TK1151

细胞核0.071

排名 3 · TkA02G573630 · TK1151

内质网0.068

排名 4 · TkA02G573630 · TK1151

溶酶体／液泡0.019

排名 5 · TkA02G573630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_26-25 aa

PF08263LRRNT_233-51 aa

PF10707YrbL-PhoP_reg47-75 aa

PF23598LRR_1451-176 aa

PF00560LRR_153-74 aa

PF13855LRR_853-111 aa

PF12799LRR_453-86 aa

PF00560LRR_176-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G573630	`PF08263`	LRRNT_2	6	25	0.00026	21.9
TkA02G573630	`PF08263`	LRRNT_2	33	51	0.00026	21.9
TkA02G573630	`PF10707`	YrbL-PhoP_reg	47	75	0.13	12.6
TkA02G573630	`PF23598`	LRR_14	51	176	2e-06	27.5
TkA02G573630	`PF00560`	LRR_1	53	74	2.8e-15	53.9
TkA02G573630	`PF13855`	LRR_8	53	111	3.7e-09	36.9
TkA02G573630	`PF12799`	LRR_4	53	86	1.4e-08	35.4
TkA02G573630	`PF00560`	LRR_1	76	98	2.8e-15	53.9
TkA02G573630	`PF13855`	LRR_8	76	135	3.7e-09	36.9
TkA02G573630	`PF00560`	LRR_1	103	120	2.8e-15	53.9
TkA02G573630	`PF12799`	LRR_4	104	134	1.4e-08	35.4
TkA02G573630	`PF00560`	LRR_1	124	145	2.8e-15	53.9
TkA02G573630	`PF12799`	LRR_4	124	153	1.4e-08	35.4
TkA02G573630	`PF00560`	LRR_1	151	169	2.8e-15	53.9
TkA02G573630	`PF13855`	LRR_8	165	207	3.7e-09	36.9
TkA02G573630	`PF23598`	LRR_14	166	213	2e-06	27.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGP4`	拟南芥	sp\|C0LGP4\|Y3475_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570	43.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SD62`	拟南芥	sp\|Q9SD62\|Y3471_ARATH Putative receptor-like protein kinase At3g47110	40.200%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGT6`	拟南芥	sp\|C0LGT6\|EFR_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q1MX30`	水稻	sp\|Q1MX30\|XA21_ORYSI Receptor kinase-like protein Xa21	44.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2R2D5`	水稻	sp\|Q2R2D5\|XA21_ORYSJ Receptor kinase-like protein Xa21	44.200%	Swiss-Prot	中等置信

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