TkA02G560780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G560780

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 144838371-144840520 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

987 bp · TkA02G560780|TK1151|cDNA

ATGTGGCCATTACTCTCTGGTGGCCAACCAGTAACTGTAGCCATGCATGATGCTCCTGTTAAGGAAGTTGATTGGATTCCAAAAATGTCTCTTTTGGTATCAGGAAGCTCGGACAAAACCCTAAGATACTGGGACTTGAGGCAACCTAATCCTGTTCACACTCAACAACTCCCTGAAAGATGCTATGCACTAAAAGTCAGACATCCATTAATGGTAGTTGGAACAGCAGATAGAAATCTCATAGTATTCAACTTGCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA02G560780|TK1151|CDS

ATGTGGCCATTACTCTCTGGTGGCCAACCAGTAACTGTAGCCATGCATGATGCTCCTGTTAAGGAAGTTGATTGGATTCCAAAAATGTCTCTTTTGGTATCAGGAAGCTCGGACAAAACCCTAAGATACTGGGACTTGAGGCAACCTAATCCTGTTCACACTCAACAACTCCCTGAAAGATGCTATGCACTAAAAGTCAGACATCCATTAATGGTAGTTGGAACAGCAGATAGAAATCTCATAGTATTCAACTTGCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · TkA02G560780|TK1151|PROTEIN

MWPLLSGGQPVTVAMHDAPVKEVDWIPKMSLLVSGSSDKTLRYWDLRQPNPVHTQQLPERCYALKVRHPLMVVGTADRNLIVFNLQNPQTEFKRITSPLKYQTRCVAAFPDQQGFLVGSIEGRVGVHHLDEQQNSKNFTLKCHREGNDIYSINSLNFHPDKDSKQRLKAMARCSAPIPCSSFNNDGSIFAYGEELVFLFIISVQLEATYGGQMEHLMVLFQCCVSSMILPDMLTKEVARGRVLLMYIWSHDMLIKSSGPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G560780`
TK1151 ID	TkA02G560780
OH-1004 ID	LXL04_017062
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 58.232 / OH-1004 59.599 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G560780

位置 Chr02:144838371-144840520 (-)

描述 Similar to RAE1: Protein RAE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80670`	蛋白RAE1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017062 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000972 transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery 生物过程

GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0060236 regulation of mitotic spindle organization 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005643 nuclear pore 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80670

dre:393973

hsa:8480

pon:100171527

ssc:100125839

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.348

排名 1 · TkA02G560780 · TK1151

细胞核0.328

排名 2 · TkA02G560780 · TK1151

内质网0.253

排名 3 · TkA02G560780 · TK1151

细胞膜0.094

排名 4 · TkA02G560780 · TK1151

线粒体0.087

排名 5 · TkA02G560780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173Beta-prop_WDR3_1st2-84 aa

PF25391WD40_Gbeta2-49 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st9-58 aa

PF25175Beta-prop_WDR511-139 aa

PF25174Beta-prop_THOC312-145 aa

PF24814WD40_Prp1912-144 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st12-126 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd12-54 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G560780	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	2	84	4.6e-11	43.5
TkA02G560780	`PF25391`	WD40_Gbeta	2	49	0.031	14.0
TkA02G560780	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	9	58	2.3e-11	44.1
TkA02G560780	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	11	139	9.8e-08	32.3
TkA02G560780	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	12	145	2.9e-16	60.0
TkA02G560780	`PF24814`	WD40_Prp19	12	144	2.3e-11	44.0
TkA02G560780	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	12	126	2.9e-11	44.0
TkA02G560780	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	12	54	2.8e-06	27.7
TkA02G560780	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	12	48	3.2e-05	24.0
TkA02G560780	`PF24805`	EIF3I	12	58	0.0018	18.2
TkA02G560780	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	13	144	8.8e-08	32.5
TkA02G560780	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	13	44	6.8e-05	23.1
TkA02G560780	`PF23409`	Beta-prop_EML	14	75	0.15	12.3
TkA02G560780	`PF00400`	WD40	15	45	3.1e-09	37.7
TkA02G560780	`PF24796`	WDR55	15	136	1.1e-07	32.0
TkA02G560780	`PF12894`	ANAPC4_WD40	15	56	0.026	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38942`	拟南芥	sp\|Q38942\|RAE1_ARATH Protein RAE1	68.300%	Swiss-Prot	中等置信

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