TkA02G558440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G558440

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 144294566-144297400 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2244 bp · TkA02G558440|TK1151|cDNA

CAAGTAGCACACTTTGGTCTTTCTTCACACCTTCCTCTGATTGTCCTTTTCTGCGTGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATCAAACATTCCTTTAGTTTTCAGATTCCAACGAAGTTAAACGACCCCCAAATTCGATTACTAGGGTTTGTTCGTTTCTTCTCTGAATCAAAGATGGCTCCAGCCATCGATAAAGACATAGAAAAGGGGCTGATGACTCCAACAAAGCGTAATCAAACAATCAATATCCTCGGGGAGTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · TkA02G558440|TK1151|CDS

CAAGTAGCACACTTTGGTCTTTCTTCACACCTTCCTCTGATTGTCCTTTTCTGCGTGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATCAAACATTCCTTTAGTTTTCAGATTCCAACGAAGTTAAACGACCCCCAAATTCGATTACTAGGGTTTGTTCGTTTCTTCTCTGAATCAAAGATGGCTCCAGCCATCGATAAAGACATAGAAAAGGGGCTGATGACTCCAACAAAGCGTAATCAAACAATCAATATCCTCGGGGAGTCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

643 aa · TkA02G558440|TK1151|PROTEIN

QVAHFGLSSHLPLIVLFCVSSLSLSLIKHSFSFQIPTKLNDPQIRLLGFVRFFSESKMAPAIDKDIEKGLMTPTKRNQTINILGESSPSPSPSSATAPALVLSNSGKRMDQAGKKKYVKQVTGRHNDTELHLAAQRGDLAAVKQILDDIDSQMVGTLSGADFDAEVAEIRASVVNEVNELGETALYTAAEKGHLEVVKELLKYSNKETIMRKSRLEFDTLHIAASQGHDAVVKLLLDHDPSLCQTRSQGNATPLITAATR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G558440`
TK1151 ID	TkA02G558440
OH-1004 ID	LXL04_021984
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.135 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G558440

位置 Chr02:144294566-144297400 (-)

描述 Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021984 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.809

排名 1 · TkA02G558440 · TK1151

细胞质0.096

排名 2 · TkA02G558440 · TK1151

内质网0.079

排名 3 · TkA02G558440 · TK1151

细胞核0.075

排名 4 · TkA02G558440 · TK1151

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · TkA02G558440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06305LapA_dom9-20 aa

PF24278HVO_0513_N116-180 aa

PF24521Ank_KRIT1125-147 aa

PF00023Ank126-147 aa

PF13857Ank_5128-146 aa

PF12796Ank_2130-241 aa

PF13606Ank_3130-147 aa

PF13637Ank_4130-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G558440	`PF06305`	LapA_dom	9	20	0.19	12.3
TkA02G558440	`PF24278`	HVO_0513_N	116	180	0.19	12.0
TkA02G558440	`PF24521`	Ank_KRIT1	125	147	5.4e-16	59.4
TkA02G558440	`PF00023`	Ank	126	147	7e-39	130.4
TkA02G558440	`PF13857`	Ank_5	128	146	3.3e-34	117.3
TkA02G558440	`PF12796`	Ank_2	130	241	5.7e-43	146.1
TkA02G558440	`PF13606`	Ank_3	130	147	5.9e-30	100.3
TkA02G558440	`PF13637`	Ank_4	130	143	3.2e-28	97.9
TkA02G558440	`PF13637`	Ank_4	130	198	3.2e-28	97.9
TkA02G558440	`PF26664`	zf-BED_2	131	154	0.29	11.6
TkA02G558440	`PF13857`	Ank_5	178	203	3.3e-34	117.3
TkA02G558440	`PF00023`	Ank	181	202	7e-39	130.4
TkA02G558440	`PF13606`	Ank_3	181	204	5.9e-30	100.3
TkA02G558440	`PF24521`	Ank_KRIT1	181	272	5.4e-16	59.4
TkA02G558440	`PF13857`	Ank_5	216	238	3.3e-34	117.3
TkA02G558440	`PF12796`	Ank_2	220	305	5.7e-43	146.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7A2`	拟南芥	sp\|Q9C7A2\|ITN1_ARATH Ankyrin repeat-containing protein ITN1	82.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZU96`	拟南芥	sp\|Q9ZU96\|Y2168_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	50.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6AWW5`	拟南芥	sp\|Q6AWW5\|Y5262_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	49.900%	Swiss-Prot	中等置信
`A2CIR5`	水稻	sp\|A2CIR5\|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR4	59.800%	Swiss-Prot	高置信

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