TkA02G550850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G550850

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142129896-142132390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2292 bp · TkA02G550850|TK1151|cDNA

CTTGTACATAACGAGATCATCTTTCCTCAAGGTTCGCCAAGTATCCCCCATATAGCGGGAAAAAGGTTACATGGTGCATAGATTTGGAAATGAAATTTAGCGTATACACACAATTGGCTGCCGCTATCGATCAGCCCCATATCAATCGGCAAATCCGCATAACTCTCTTTCTCTATCTCCGGAAACATTTCTCTCAAATAAAATTTCAATTTTCTTCACGGAGATCCGGGTACGTAACGTTAGTTTAGATCAATCGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1467 bp · TkA02G550850|TK1151|CDS

ATGGCGGCATCACGGCGTCTCCGTGACCTACAATCGCAGCCAGGCAACAAGACCTGCGTCGATTGTTCACAAAAGAACCCTCAGTGGGCCTCCGTATCCTATGGCATTTTTATGTGCTTAGAATGCTCCGGCAAGCACCGCGGCCTCGGTGTCCACATCTCCTTTGTCCGATCGGTCACCATGGATTCATGGTCCGAGATCCAGCTCCGTAAAATGGACGCCGGCGGCAACGAGAACTTAAACAGTTTTTTGTCTCAGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

488 aa · TkA02G550850|TK1151|PROTEIN

MAASRRLRDLQSQPGNKTCVDCSQKNPQWASVSYGIFMCLECSGKHRGLGVHISFVRSVTMDSWSEIQLRKMDAGGNENLNSFLSQYGIPKETDITAKYNSNGASVYRDRIQALAEGKQWRDPPVVKESPIKGGSKKKPPMPGGGGGGARVSNNQGNGGWDDHWGDNSFDDDAYRSPDNMRRNQTVGDFRSGSGGSGAPSRSRSTQNLYTQSQYDASAASKEEFFARRMAENETRPEGLPPSQGGKYVGFGSSPNNMPRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G550850`
TK1151 ID	TkA02G550850
OH-1004 ID	LXL04_032747
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.795 / OH-1004 99.786 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G550850

位置 Chr02:142129896-142132390 (+)

描述 Similar to AGD7: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37550`	ADP 核糖基化因子 (ARF) 的 GTP 酶激活蛋白 (GAP)。	Overexpression of Arabidopsis AGD7 causes relocation of Golgi-localized proteins to the endoplasmic reticulum and inhibits protein trafficking in plant cells.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.095091
`At3g53710`	ADP 核糖基化因子 (ARF) 的 GTP 酶激活蛋白 (GAP)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032747 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0032012 regulation of ARF protein signal transduction 生物过程

GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

GO:0048205 COPI coating of Golgi vesicle 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37550

ath:AT3G53710

hsa:55738

mmu:228998

sce:YDL226C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.524

排名 1 · TkA02G550850 · TK1151

细胞质0.418

排名 2 · TkA02G550850 · TK1151

内质网0.148

排名 3 · TkA02G550850 · TK1151

细胞膜0.119

排名 4 · TkA02G550850 · TK1151

细胞核0.098

排名 5 · TkA02G550850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01412ArfGap5-110 aa

PF13842zf-Tnp_213-43 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G550850	`PF01412`	ArfGap	5	110	1.8e-35	122.3
TkA02G550850	`PF13842`	zf-Tnp_2	13	43	0.049	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80925`	拟南芥	sp\|O80925\|AGD7_ARATH ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD7	69.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M354`	拟南芥	sp\|Q9M354\|AGD6_ARATH Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD6	56.200%	Swiss-Prot	高置信

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