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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G540330
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 139388782-139392086 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2475 bp · TkA02G540330|TK1151|cDNA

TTTGGGTACATTAGCTTTCCCAAAATCCCATTTATGAAAAGAATGATTGTTGCCGATTTTTTTAGCAATTTGATATTGTCGACACCTATCTGGTAGGGTTTCCAGTACATAAAGTTATCTTTTGGCTTGTTGGATCTCTTTGTTGACGAAGGGTACGAAGTTTTTCTTGAAGAGCTCTAACTCTGTCTTCAGTACTTCGAAGCTTTCTGTATCTGTATGCTACCCAGAGACCAAATCCACCATACACAATAAAATAGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1953 bp · TkA02G540330|TK1151|CDS

ATGGTAATCACTAGGAGGTCATTAAAATGCACTTCCATCGCTCTTCGCACAGTTCTATCACCCCGCCTGCAGTTTATAAGGCCTTATTCCAAACAGTTACGTTCGAATGACACCAACATCCGCATACTGAATAACCGAATCACAAGCTTAATTCGAGACAGTAAACTGCATGACGCAAGGATTTTGTTCGAAAAATCAGAACATAGAAACACGGTAACCTGGAATTCAATGCTGAGCGGGTACGTAAGACGGCGAGAGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

650 aa · TkA02G540330|TK1151|PROTEIN

MVITRRSLKCTSIALRTVLSPRLQFIRPYSKQLRSNDTNIRILNNRITSLIRDSKLHDARILFEKSEHRNTVTWNSMLSGYVRRREIAKARQLFDEMPERDTVSWNTLISGYVVCRCLEEARVLFDEMPCKDLVSWNTIISGYAKNGKMDEALRLFTQAPNRNAVSWNAMVSGFLQNGDLKNAVEYFKKMPERDAASLSALVSGLIHNDELDTAEKILLEIPLKNEDKMDMVHAYNTLIAGYGRKGRIQDARRLFDQIPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G540330
TK1151 IDTkA02G540330
OH-1004 IDLXL04_024214
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)43.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 38.154 / OH-1004 29.040
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G540330
位置Chr02:139388782-139392086 (+)
描述Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g62260 含五重复肽的蛋白质 At1g62260，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At4g16835 含五肽重复的蛋白 At4g16835，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
ath:AT4G39530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.646
排名 1 · TkA02G540330 · TK1151
质体0.195
排名 2 · TkA02G540330 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA02G540330 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA02G540330 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA02G540330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09613HrpB1_HrpK24-46 aa
PF28280SsaO24-82 aa
PF29070MSC6_N35-109 aa
PF13041PPR_241-64 aa
PF13424TPR_1243-66 aa
PF01535PPR44-65 aa
PF29978ATP18_TPR54-76 aa
PF05843Suf67-95 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G540330PF09613HrpB1_HrpK24460.009116.4
TkA02G540330PF28280SsaO24820.1713.0
TkA02G540330PF29070MSC6_N351097.2e-1555.7
TkA02G540330PF13041PPR_241643.4e-100328.7
TkA02G540330PF13424TPR_1243660.0008920.1
TkA02G540330PF01535PPR44651.5e-104335.9
TkA02G540330PF29978ATP18_TPR54760.3511.5
TkA02G540330PF05843Suf67957.7e-0522.1
TkA02G540330PF05843Suf68997.7e-0522.1
TkA02G540330PF13041PPR_2691003.4e-100328.7
TkA02G540330PF12854PPR_169972.5e-79261.4
TkA02G540330PF13812PPR_3701001.1e-35122.3
TkA02G540330PF17049AEP1701120.003517.2
TkA02G540330PF01535PPR721001.5e-104335.9
TkA02G540330PF13428TPR_1474979.5e-0935.8
TkA02G540330PF24603TPR_3075955.2e-1246.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04590拟南芥sp|O04590|PPR88_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62260, mitochondrial56.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275039.300%Swiss-Prot低置信
Q9M4P3拟南芥sp|Q9M4P3|PP316_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial43.300%Swiss-Prot低置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360041.000%Swiss-Prot低置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914240.600%Swiss-Prot低置信

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