TkA02G502160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G502160

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 128705243-128707418 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

894 bp · TkA02G502160|TK1151|cDNA

TTTGAAAGAGCGGTTGATACTTGATATTGCCTCCTATTCATTTGAACAATCACAAACCATGAAGGGGCAAGGGGAGATTTCGTAATTACGTGTTCTACCATCATTCGTTTCATGAATTTGGCGGGTGGGAATATTTTTAACTGTTTATTCCCAATAATGGGACACACCTACACAGATCGAAAGGGATAAGTACGTGATGAAGAAGAACGCATCAAATTGACAAGTTGGGCAAAAAGATCGATGCAATTTAGGCGGTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

654 bp · TkA02G502160|TK1151|CDS

ATGCAATTTAGGCGGTTTGTTCGAGATCATCAAAAGGATTCCTCGCTTTCGCTGCAACGTTCTCCGTCAGTTCAGTATACCATTACCACACCAAAGTGGCGTCAGCTTATGAACAAATTAGGTTTTATGCAGAAGCCTAATTTTTTCAAAGTTACCCACTCTTATCCTTCTTCTGTAATCTCCTGCATACACAACCCACCACATGATGATGCAGAGGTTTCACGAATCACAAGTTCAAGTTCACAAAATAGACATCCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

217 aa · TkA02G502160|TK1151|PROTEIN

MQFRRFVRDHQKDSSLSLQRSPSVQYTITTPKWRQLMNKLGFMQKPNFFKVTHSYPSSVISCIHNPPHDDAEVSRITSSSSQNRHPKCAVNESTTSNVLKDVHILAFNYYVNTTSVDKTHLLDGFLDLAKDNTSKDLETCGVLGAFLKEGTYYVTTLIIPKQESTSSTCQAVNEEEIFAIQNEQSLFPVGWIHTHPSQSCLCHPSICILNILIRYYI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G502160`
TK1151 ID	TkA02G502160
OH-1004 ID	LXL04_011575
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.166 / OH-1004 67.509 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G502160

位置 Chr02:128705243-128707418 (+)

描述 Similar to AMSH2: AMSH-like ubiquitin thioesterase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10600`	锌金属蛋白酶，可切割‘Lys-48’和‘Lys-63’连接的多泛素链。	暂无已核实直接文献
`At1g48790`	锌金属蛋白酶，可切割‘Lys-48’和‘Lys-63’连接的多泛素链。	暂无已核实直接文献
`At4g16144`	锌金属蛋白酶，可裂解“Lys-48”和“Lys-63”连接的多聚泛素链，但不涉及 26S 蛋白酶体、去内基化或去苏酰化引起的蛋白质降解。	The deubiquitinating enzyme AMSH3 is required for intracellular trafficking and vacuole biogenesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075952

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011575 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032511 late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0044090 positive regulation of vacuole organization 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0070536 protein K63-linked deubiquitination 生物过程

GO:0071108 protein K48-linked deubiquitination 生物过程

GO:0090316 positive regulation of intracellular protein transport 生物过程

GO:0120113 cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10600

ath:AT1G48790

ddi:DDB_G0284037

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.480

排名 1 · TkA02G502160 · TK1151

细胞核0.328

排名 2 · TkA02G502160 · TK1151

线粒体0.124

排名 3 · TkA02G502160 · TK1151

细胞膜0.123

排名 4 · TkA02G502160 · TK1151

高尔基体0.110

排名 5 · TkA02G502160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01398JAB123-205 aa

PF14464Prok-JAB132-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G502160	`PF01398`	JAB	123	205	1.7e-09	38.2
TkA02G502160	`PF14464`	Prok-JAB	132	198	0.0071	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NKP9`	拟南芥	sp\|Q6NKP9\|AMSH2_ARATH AMSH-like ubiquitin thioesterase 2	51.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VYB5`	拟南芥	sp\|Q8VYB5\|AMSH1_ARATH AMSH-like ubiquitin thioesterase 1	51.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5PNU3`	拟南芥	sp\|Q5PNU3\|AMSH3_ARATH AMSH-like ubiquitin thioesterase 3	62.500%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情