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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G497890
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 127481020-127482447 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1428 bp · TkA02G497890|TK1151|cDNA

ATGTCCGAGGTCGACCTCCTCCGTTCTGATAAGAAGAAAAAGAAGAGCAAGTCCAAAGATACCGAAGCAACTACTGAAGTAGCAGATGACGCCACCGCTCCCGCCGATTACTTAATCAAACCACAGAGCTTCACACCAGCCATCGACACTTCTGAATGGCCGATTCTTCTTAAGAACTACGACCGACTCAATGTACGAACCGGACACTACACTCCTCTTCCATCCGGTTACTCCCCTCTTAAGCGTCCTCTCGCTGAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1428 bp · TkA02G497890|TK1151|CDS

ATGTCCGAGGTCGACCTCCTCCGTTCTGATAAGAAGAAAAAGAAGAGCAAGTCCAAAGATACCGAAGCAACTACTGAAGTAGCAGATGACGCCACCGCTCCCGCCGATTACTTAATCAAACCACAGAGCTTCACACCAGCCATCGACACTTCTGAATGGCCGATTCTTCTTAAGAACTACGACCGACTCAATGTACGAACCGGACACTACACTCCTCTTCCATCCGGTTACTCCCCTCTTAAGCGTCCTCTCGCTGAATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

475 aa · TkA02G497890|TK1151|PROTEIN

MSEVDLLRSDKKKKKSKSKDTEATTEVADDATAPADYLIKPQSFTPAIDTSEWPILLKNYDRLNVRTGHYTPLPSGYSPLKRPLAEYIRYGVINLDKPANPSSHEVVAWIKRILRVEKTGHSGTLDPKVTGNLIVCIDRATRLVKSQQGAGKEYVCVARLHSDVPDVAKVARALETLTGAVFQRPPLISAVKRQLRIRTIYESKLLEYDAEKHLVVFWISCEAGTYVRTLCVHLGLILGVGGHMQELRRVRSGIMGEKDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G497890
TK1151 IDTkA02G497890
OH-1004 IDLXL04_006094
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)30.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 37.684 / OH-1004 37.828
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G497890
位置Chr02:127481020-127482447 (+)
描述Similar to truB: tRNA pseudouridine synthase B (Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57150 在核糖体RNA加工中发挥核心作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0031119 tRNA pseudouridine synthesis 生物过程
GO:1990481 mRNA pseudouridine synthesis 生物过程
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0160148 tRNA pseudouridine(55) synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
aau:AAur_1565
art:Arth_1424
cpe:CPE1683
fjo:Fjoh_0570
tfu:Tfu_0781
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.772
排名 1 · TkA02G497890 · TK1151
细胞质0.255
排名 2 · TkA02G497890 · TK1151
线粒体0.049
排名 3 · TkA02G497890 · TK1151
细胞膜0.021
排名 4 · TkA02G497890 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA02G497890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12300RhlB14-36 aa
PF08068DKCLD50-107 aa
PF01509TruB_N111-227 aa
PF12300RhlB128-150 aa
PF21238Pus10_C133-230 aa
PF16198TruB_C_2228-294 aa
PF03657UPF0113235-252 aa
PF08068DKCLD290-314 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G497890PF12300RhlB14360.9210.7
TkA02G497890PF08068DKCLD501076.5e-34116.5
TkA02G497890PF01509TruB_N1112272e-2384.2
TkA02G497890PF12300RhlB1281500.9210.7
TkA02G497890PF21238Pus10_C1332300.008616.3
TkA02G497890PF16198TruB_C_22282943.7e-2691.8
TkA02G497890PF03657UPF01132352520.03615.1
TkA02G497890PF08068DKCLD2903146.5e-34116.5
TkA02G497890PF01472PUA2983712.6e-2279.2
TkA02G497890PF03657UPF01133003620.03615.1
TkA02G497890PF26292PUA_elF2D3043660.001119.5
TkA02G497890PF26292PUA_elF2D4194390.001119.5
TkA02G497890PF12300RhlB4254610.9210.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LD90拟南芥sp|Q9LD90|CBF5_ARATH H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 482.800%Swiss-Prot高置信

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