TkA02G495250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G495250

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 126790994-126792983 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1483 bp · TkA02G495250|TK1151|cDNA

ATTTTATCACCCACTAATTATTTTCCACGTGTCACCTTCTGGATTCTCCTCCGCCTCCCACTTGTTACTTTGCTTCTTTATTGTGACCACAAAACTGAACTCAAAAACTACACGAACCACACAATCACAAACCCAACACACAGAATGTTGGATCAGAGCAGTATCTTAGGCTTAAAAAGTAGTACCACCTGGGCTCGCGTCTGCGACACCTGCCGCTCCGCCCCCTGCACCATCTACTGCCGCCCTGACAACGCCTACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA02G495250|TK1151|CDS

ATTTTATCACCCACTAATTATTTTCCACGTGTCACCTTCTGGATTCTCCTCCGCCTCCCACTTGTTACTTTGCTTCTTTATTGTGACCACAAAACTGAACTCAAAAACTACACGAACCACACAATCACAAACCCAACACACAGAATGTTGGATCAGAGCAGTATCTTAGGCTTAAAAAGTAGTACCACCTGGGCTCGCGTCTGCGACACCTGCCGCTCCGCCCCCTGCACCATCTACTGCCGCCCTGACAACGCCTACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

427 aa · TkA02G495250|TK1151|PROTEIN

ILSPTNYFPRVTFWILLRLPLVTLLLYCDHKTELKNYTNHTITNPTHRMLDQSSILGLKSSTTWARVCDTCRSAPCTIYCRPDNAYLCTACDARIHAANKLQSSQHERVWVCEACEQAPAAFICKADNASLCTTCDADIHSANPLARRHHRVPVMPIPGALYGPHAADPRTVMGLGVESQSGFLSHDGEDAIDDEDEDEAASWLLFDGPPPKNSQNQNGKDNELLFHGDQGGEDEYLEFMEFGEDQQQCYKVTEKMYGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G495250`
TK1151 ID	TkA02G495250
OH-1004 ID	LXL04_028931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.543 / OH-1004 97.051 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G495250

位置 Chr02:126790994-126792983 (+)

描述 Similar to COL4: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02380`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g15850`	假定转录因子，可能参与昼夜节律钟的光输入，但不影响开花时间。	暂无已核实直接文献
`At5g15840`	转录因子，在长日照开花途径中起作用，可能在生物钟与开花控制之间起媒介作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0240200`	可能是一个转录因子，参与短日（SD）条件下开花时间的调控。	暂无已核实直接文献
`Os06g0275000`	可能参与花发育调控的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24790

ath:AT3G02380

ath:AT5G15850

ath:AT5G24930

ath:AT5G57660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · TkA02G495250 · TK1151

细胞质0.216

排名 2 · TkA02G495250 · TK1151

细胞膜0.056

排名 3 · TkA02G495250 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA02G495250 · TK1151

溶酶体／液泡0.017

排名 5 · TkA02G495250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09963DUF219728-38 aa

PF03107C1_261-97 aa

PF00643zf-B_box66-107 aa

PF22586ANCHR-like_BBOX67-106 aa

PF16366CEBP_ZZ67-106 aa

PF09963DUF219781-98 aa

PF03107C1_2102-135 aa

PF09963DUF2197107-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G495250	`PF09963`	DUF2197	28	38	0.36	11.9
TkA02G495250	`PF03107`	C1_2	61	97	0.063	14.3
TkA02G495250	`PF00643`	zf-B_box	66	107	5.5e-12	46.4
TkA02G495250	`PF22586`	ANCHR-like_BBOX	67	106	0.0014	19.4
TkA02G495250	`PF16366`	CEBP_ZZ	67	106	0.042	14.8
TkA02G495250	`PF09963`	DUF2197	81	98	0.36	11.9
TkA02G495250	`PF03107`	C1_2	102	135	0.063	14.3
TkA02G495250	`PF09963`	DUF2197	107	117	0.36	11.9
TkA02G495250	`PF00643`	zf-B_box	108	154	5.5e-12	46.4
TkA02G495250	`PF22586`	ANCHR-like_BBOX	111	151	0.0014	19.4
TkA02G495250	`PF16366`	CEBP_ZZ	111	150	0.042	14.8
TkA02G495250	`PF09963`	DUF2197	131	140	0.36	11.9
TkA02G495250	`PF06203`	CCT	358	400	8.1e-18	64.9
TkA02G495250	`PF02045`	CBFB_NFYA	364	406	0.29	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96502`	拟南芥	sp\|Q96502\|COL2_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2	52.500%	Swiss-Prot	高置信
`O50055`	拟南芥	sp\|O50055\|COL1_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 1	50.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q39057`	拟南芥	sp\|Q39057\|CONS_ARATH Zinc finger protein CONSTANS	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`O82117`	水稻	sp\|O82117\|CO3_ORYSJ Zinc finger protein CO3	36.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FDX8`	水稻	sp\|Q9FDX8\|HD1_ORYSJ Zinc finger protein HD1	40.100%	Swiss-Prot	中等置信

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