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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G471560
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 120313784-120317162 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2539 bp · TkA02G471560|TK1151|cDNA

GGGGATTCGAGATCGGTAAGGTGGGATTACGGGAAGAGAACGGGTTCAAGCAAAGAGGGAGAAAGGGAGAAGAAGCAAAGAACTGTGACTTCGTGATCCCGAGCAAGCGGCAAGGTGAAGAAGAAAGAAGGCGTTGGCGGGTTCGGCAAGACTGAGCTGAGCAAGATGGCGACATCGCTAGACCTCGGGTTCAGAGAGGTCGTCGGCTATTTTGGGTTCATAAATGGCGACAACGCACGCCCTTAGGGCAAAATAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2094 bp · TkA02G471560|TK1151|CDS

ATGTTATTATGTATTTGTAAAATATTTTACTCTCACTTACAGGAACAGCAGATATCAAATATGGGCACACAGAAAACACCAATTTTTTCAAATGTCCCAGTTTCATGTATGATGGTTTCGATCTCTCGTACTCCATCGACCACCAAAATTCTCCCGAATCTTAGCATAATCACCAAACCAGAACCTCCTCGTTATAATCATCAAAGACCTCAAGACACCATTGCCCCTTCCATCTCTTCCTCTCACCTCCATCAAACAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

697 aa · TkA02G471560|TK1151|PROTEIN

MLLCICKIFYSHLQEQQISNMGTQKTPIFSNVPVSCMMVSISRTPSTTKILPNLSIITKPEPPRYNHQRPQDTIAPSISSSHLHQTKLLESQVVSLLDSSNNLSQAKQIHAHLIRKGLDQCCFVITKLIRVLNAKFDVPMDPYPRRAFHQVKRPNPFLFTALIRGYTVQGPFMESVTLYNLMRRQGIGPVSFTFTALLKACSGAGGVSLGMQIHGQAISLGGFSSDLYVGNTLISMYVRCELLDDARKVFDEMTERDEIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G471560
TK1151 IDTkA02G471560
OH-1004 IDLXL04_013788
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.835 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G471560
位置Chr02:120313784-120317162 (+)
描述Similar to PCMP-H17: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g44230
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g44230 含有五肽重复序列的蛋白 At5g44230。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013788 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G29760
ath:AT3G49142
ath:AT5G06540
ath:AT5G44230
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.548
排名 1 · TkA02G471560 · TK1151
质体0.321
排名 2 · TkA02G471560 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA02G471560 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA02G471560 · TK1151
细胞膜0.007
排名 5 · TkA02G471560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N70-109 aa
PF17177PPR_long86-114 aa
PF14559TPR_1998-113 aa
PF22330Rib_mS39_PPR147-166 aa
PF13041PPR_2154-202 aa
PF12854PPR_1154-166 aa
PF17177PPR_long154-212 aa
PF13812PPR_3155-203 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G471560PF29070MSC6_N701091.4e-1041.6
TkA02G471560PF17177PPR_long861145e-0936.6
TkA02G471560PF14559TPR_19981130.003718.3
TkA02G471560PF22330Rib_mS39_PPR1471660.02315.2
TkA02G471560PF13041PPR_21542026e-50167.9
TkA02G471560PF12854PPR_11541669.2e-30102.8
TkA02G471560PF17177PPR_long1542125e-0936.6
TkA02G471560PF13812PPR_31552035.5e-2071.9
TkA02G471560PF01535PPR1581873.9e-50165.4
TkA02G471560PF23276TPR_241591991.2e-0938.9
TkA02G471560PF29070MSC6_N1602021.4e-1041.6
TkA02G471560PF12854PPR_11862009.2e-30102.8
TkA02G471560PF01535PPR1922153.9e-50165.4
TkA02G471560PF17177PPR_long1983405e-0936.6
TkA02G471560PF13812PPR_32222555.5e-2071.9
TkA02G471560PF24603TPR_302282960.01416.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFG8拟南芥sp|Q9FFG8|PP417_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4423058.000%Swiss-Prot高置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654045.300%Swiss-Prot中等置信
Q9FJY7拟南芥sp|Q9FJY7|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652044.500%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914235.400%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic36.600%Swiss-Prot中等置信

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