TkA02G449570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G449570

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 114358844-114361340 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1521 bp · TkA02G449570|TK1151|cDNA

ATAAAATTGGTTTTGATACGAGTATTCTGTAATCGTGATTTGTGGAGGGAAATACAGAATTCCGCAAAGAAGAGGAAATGGAAGAGAAAGATAACCAGAATCAAAACAACAGTTCATCATCATCGTTCGTGATCAAGATACCCTCATACGAAGAAGTTATTCAGAGCTCCCAATCGAAAACTCCTCCCCAGTCGCTTTTCAATCCTTCGTCTTTCTCTCAAGCCTTTAACTCCATTAAGAACACCGAGTTCTACGCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · TkA02G449570|TK1151|CDS

ATGGAAGAGAAAGATAACCAGAATCAAAACAACAGTTCATCATCATCGTTCGTGATCAAGATACCCTCATACGAAGAAGTTATTCAGAGCTCCCAATCGAAAACTCCTCCCCAGTCGCTTTTCAATCCTTCGTCTTTCTCTCAAGCCTTTAACTCCATTAAGAACACCGAGTTCTACGCTCCACCTCCACCTCCACCTCCTTCCTCCTCTTCACTTCCAAGGGGAATTCAGCCATCTGGGGTTGATGCTACTCCATCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

374 aa · TkA02G449570|TK1151|PROTEIN

MEEKDNQNQNNSSSSSFVIKIPSYEEVIQSSQSKTPPQSLFNPSSFSQAFNSIKNTEFYAPPPPPPPSSSSLPRGIQPSGVDATPSSSSPPVSTANSTGASSSSAQNRNNAILVSHRQKGNPLLKHIRNVRWAFADVVCDYMLGQQSCALYLRYHLLHPDYLYFRIRELGKNFKLRVVLCHIDVEDVVKPLLEVTRTALLHDCTLLCGWSLEECGRYLETIKVYENKPADIIQGQMDTDYLSRVYMLNFLSLFQLSHALT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G449570`
TK1151 ID	TkA02G449570
OH-1004 ID	LXL04_014159
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G449570

位置 Chr02:114358844-114361340 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05210`	似乎参与受损 DNA 的核苷酸切除修复。	Arabidopsis mutants sensitive to gamma radiation include the homologue of the human repair gene ERCC1.2003 · DOI: 10.1093/jxb/erg069 Roles of the AtErcc1 protein in recombination.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02136.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014159 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000720 pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006294 nucleotide-excision repair, preincision complex assembly 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006949 syncytium formation 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05210

bta:615637

hsa:2067

mmu:13870

spo:2540887

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.902

排名 1 · TkA02G449570 · TK1151

细胞质0.219

排名 2 · TkA02G449570 · TK1151

线粒体0.031

排名 3 · TkA02G449570 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA02G449570 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA02G449570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15105TMEM6111-87 aa

PF03834Rad10110-228 aa

PF14520HHH_5258-309 aa

PF12826HHH_2261-315 aa

PF00633HHH280-301 aa

PF00570HRDC280-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G449570	`PF15105`	TMEM61	11	87	0.053	14.0
TkA02G449570	`PF03834`	Rad10	110	228	2.2e-45	154.0
TkA02G449570	`PF14520`	HHH_5	258	309	2.7e-07	31.7
TkA02G449570	`PF12826`	HHH_2	261	315	1.6e-05	25.7
TkA02G449570	`PF00633`	HHH	280	301	0.0039	17.7
TkA02G449570	`PF00570`	HRDC	280	310	0.022	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MA98`	拟南芥	sp\|Q9MA98\|ERCC1_ARATH DNA excision repair protein ERCC-1	65.900%	Swiss-Prot	高置信

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