TkA02G443000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G443000

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112642968-112644227 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

814 bp · TkA02G443000|TK1151|cDNA

ATTGTAGAGAAAATTGGATAGTTTTATATTAGATTTACAATAATAAATTGGAAAAGATAATTTTTTTGCCAAATTTCATCTGTAAACCCTTTTTTTCCGTAACCCCTTTTTCTTCGTCGACCTCAAGTCTGCGATAAAATCTAGGTATTTTTGATTTCGCGGTGGCAATGTCGACAAGCGGATGGTTCAGGCCCACAATCGGAAGAACATCACCTCCAATTCCAAATCGTTCGCTCAATCTCAAATCCTCAAACCTACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA02G443000|TK1151|CDS

ATGTCGACAAGCGGATGGTTCAGGCCCACAATCGGAAGAACATCACCTCCAATTCCAAATCGTTCGCTCAATCTCAAATCCTCAAACCTACGTGCTTGTTTCATCGAATACCCTCTAGCTAGCAAGATCATCGTCAGAAATTTGTCGTACTCCACGAGTGAAAGCTGTTTAAAGGAAGAGTTTTCTAATTTCGGGAAAATAGCTGAAGTTAAGCTTGTTAAAGATGAAAACACAAAGAAATCAAAAGGGTATGCGTTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA02G443000|TK1151|PROTEIN

MSTSGWFRPTIGRTSPPIPNRSLNLKSSNLRACFIEYPLASKIIVRNLSYSTSESCLKEEFSNFGKIAEVKLVKDENTKKSKGYAFVQYTNQDDAMSALETMDDKYLDGRVILVELAKPVRTRQSGYPKTSGPPQISPILGQMEMEH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G443000`
TK1151 ID	TkA02G443000
OH-1004 ID	LXL04_014268
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G443000

位置 Chr02:112642968-112644227 (-)

描述 Similar to S-RBP11: Small RNA-binding protein 11, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20930`	参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。	An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014268 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006858 extracellular transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0016477 cell migration 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73530

ath:AT3G23830

ath:AT5G06210

rno:81825

xla:379761

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.872

排名 1 · TkA02G443000 · TK1151

线粒体0.125

排名 2 · TkA02G443000 · TK1151

细胞核0.036

排名 3 · TkA02G443000 · TK1151

细胞质0.019

排名 4 · TkA02G443000 · TK1151

细胞膜0.008

排名 5 · TkA02G443000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_129-37 aa

PF00076RRM_143-112 aa

PF28976RRM_ACIN143-104 aa

PF13893RRM_544-118 aa

PF08777RRM_350-104 aa

PF25015RBD_AKAP-17A51-104 aa

PF29326RRM_MUD2_C54-114 aa

PF05172RRM_Nup3554-112 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G443000	`PF00076`	RRM_1	29	37	3.4e-23	82.0
TkA02G443000	`PF00076`	RRM_1	43	112	3.4e-23	82.0
TkA02G443000	`PF28976`	RRM_ACIN1	43	104	0.18	12.6
TkA02G443000	`PF13893`	RRM_5	44	118	0.19	12.1
TkA02G443000	`PF08777`	RRM_3	50	104	0.22	12.3
TkA02G443000	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	51	104	0.02	15.1
TkA02G443000	`PF29326`	RRM_MUD2_C	54	114	0.016	16.0
TkA02G443000	`PF05172`	RRM_Nup35	54	112	0.019	15.6
TkA02G443000	`PF20271`	CATASP	94	135	0.14	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L440`	拟南芥	sp\|Q8L440\|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic	41.700%	Swiss-Prot	中等置信

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