TkA02G441110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G441110

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112122511-112125577 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · TkA02G441110|TK1151|cDNA

ATGAATTTGGCACTCTTAGCTAAATGGATATGGAGGCTTAAAACGGAAAGAAATAATCTTTGGTCGAGGTGCATCACAGCTTGGCACAAGGTCAGCCATATAGATGGGAAGGCTATTGCAAAAGCATCTTTAAAAGCTGTATGGGGAAACATTGCAGGTATAAAGATGGATTTGGACGTTTTAAACTTTAATATCGACGACCATATGACCAGGCAGATAGGAGATGGAAAAAACACGTTCTTTTGGAAGGACATTTGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · TkA02G441110|TK1151|CDS

ATGAATTTGGCACTCTTAGCTAAATGGATATGGAGGCTTAAAACGGAAAGAAATAATCTTTGGTCGAGGTGCATCACAGCTTGGCACAAGGTCAGCCATATAGATGGGAAGGCTATTGCAAAAGCATCTTTAAAAGCTGTATGGGGAAACATTGCAGGTATAAAGATGGATTTGGACGTTTTAAACTTTAATATCGACGACCATATGACCAGGCAGATAGGAGATGGAAAAAACACGTTCTTTTGGAAGGACATTTGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · TkA02G441110|TK1151|PROTEIN

MNLALLAKWIWRLKTERNNLWSRCITAWHKVSHIDGKAIAKASLKAVWGNIAGIKMDLDVLNFNIDDHMTRQIGDGKNTFFWKDIWIGDKRLKEEFPELYKQENNKDCKVHQRLWWDEEEGLVRETWEWKRQLRNGKEKASLTEIQQKIQTITLKEQPDSWKWKEGIDGNFSVRSMRTLMDVRNEGNATAGNATEKFDWISWIPSKGEEDIDHAFFTCNHARKVWTWFAQLPNEGPELSHLIVGFLGAGVEEDEISALAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G441110`
TK1151 ID	TkA02G441110
OH-1004 ID	LXL04_017140
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.808 / OH-1004 20.474 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G441110`
位置	Chr02:112122511-112125577 (-)
描述	Similar to At1g65750: Putative ribonuclease H protein At1g65750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017140` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · TkA02G441110 · TK1151

细胞核0.346

排名 2 · TkA02G441110 · TK1151

细胞膜0.131

排名 3 · TkA02G441110 · TK1151

线粒体0.078

排名 4 · TkA02G441110 · TK1151

内质网0.064

排名 5 · TkA02G441110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15835DUF471555-125 aa

PF10906Mrx793-118 aa

PF13966zf-RVT205-225 aa

PF02627CMD242-275 aa

PF02627CMD294-330 aa

PF13966zf-RVT328-353 aa

PF10906Mrx7356-381 aa

PF15835DUF4715364-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G441110	`PF15835`	DUF4715	55	125	0.089	13.6
TkA02G441110	`PF10906`	Mrx7	93	118	0.018	15.9
TkA02G441110	`PF13966`	zf-RVT	205	225	0.013	16.8
TkA02G441110	`PF02627`	CMD	242	275	0.0064	17.2
TkA02G441110	`PF02627`	CMD	294	330	0.0064	17.2
TkA02G441110	`PF13966`	zf-RVT	328	353	0.013	16.8
TkA02G441110	`PF10906`	Mrx7	356	381	0.018	15.9
TkA02G441110	`PF15835`	DUF4715	364	388	0.089	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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