TkA02G406880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406880

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103464772-103467546 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2331 bp · TkA02G406880|TK1151|cDNA

ATGCTATCTATTGTGTTACTACACCTTGAGACTACAACTGCCATCCAAAATGTAACAGTGGGAGGAAAAGCAGATGATGCTAACGGTGTCATCAAGAAGTGTTTTGGTAAGGAGAGATATGCCCTTCTTGACTTCAAAGCTCACCTTCATGACCCCAATGGGTATCTCTCCACATGGAGAGATGACGAAGAGGACTGCTGCAAATGGTTTGGAGTAACATGCAACAACCAAACCGGTCATGTCACAAGTCTTGAAATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2331 bp · TkA02G406880|TK1151|CDS

ATGCTATCTATTGTGTTACTACACCTTGAGACTACAACTGCCATCCAAAATGTAACAGTGGGAGGAAAAGCAGATGATGCTAACGGTGTCATCAAGAAGTGTTTTGGTAAGGAGAGATATGCCCTTCTTGACTTCAAAGCTCACCTTCATGACCCCAATGGGTATCTCTCCACATGGAGAGATGACGAAGAGGACTGCTGCAAATGGTTTGGAGTAACATGCAACAACCAAACCGGTCATGTCACAAGTCTTGAAATTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

776 aa · TkA02G406880|TK1151|PROTEIN

MLSIVLLHLETTTAIQNVTVGGKADDANGVIKKCFGKERYALLDFKAHLHDPNGYLSTWRDDEEDCCKWFGVTCNNQTGHVTSLEITSCGLVGKISRSLLNLTHLNHLDLSYNYLYGTIPTFIGSMTQLNYLHLAGNNLNGTIPPELGNITNLEVLSLGYVGRCRVENIEWLYHLSHLATLSMNGISLGKANYWVNVISSLQNLSYLSLRGCELSQVMYPYSSFLNSSSSIVVLDLGNNTLDSSMYHWLFSLTSNNLINL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406880`
TK1151 ID	TkA02G406880
OH-1004 ID	LXL04_004356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.619 / OH-1004 96.263 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G406880

位置 Chr02:103464772-103467546 (-)

描述 Similar to EIX2: Receptor-like protein EIX2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71400`	参与CLV3及CLV3样肽的感知，这些肽作为调节分生组织维护的细胞外信号。	Functional analyses of the CLAVATA2-like proteins and their domains that contribute to CLAVATA2 specificity.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.148197
`At4g13900`	受体样蛋白 49。	暂无已核实直接文献
`At1g71390`	参与CLV3及CLV3样肽的感知，这些肽作为调节分生组织维护的细胞外信号。	暂无已核实直接文献
`At4g13810`	受体样蛋白 47。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006898 receptor-mediated endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0052544 defense response by callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71400

ath:AT4G04220

ath:AT5G46330

sly:543900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.848

排名 1 · TkA02G406880 · TK1151

内质网0.092

排名 2 · TkA02G406880 · TK1151

细胞质0.060

排名 3 · TkA02G406880 · TK1151

细胞核0.047

排名 4 · TkA02G406880 · TK1151

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · TkA02G406880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_238-75 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2168-111 aa

PF25013LRR_Zer-173-142 aa

PF23211LRR_LRWD179-158 aa

PF13855LRR_880-139 aa

PF13516LRR_680-91 aa

PF00560LRR_181-102 aa

PF24758LRR_At5g5637081-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406880	`PF08263`	LRRNT_2	38	75	1.9e-14	54.3
TkA02G406880	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	68	111	1e-05	26.1
TkA02G406880	`PF25013`	LRR_Zer-1	73	142	5.9e-07	30.4
TkA02G406880	`PF23211`	LRR_LRWD1	79	158	0.63	10.4
TkA02G406880	`PF13855`	LRR_8	80	139	1.5e-30	105.4
TkA02G406880	`PF13516`	LRR_6	80	91	0.38	11.6
TkA02G406880	`PF00560`	LRR_1	81	102	2.9e-44	140.2
TkA02G406880	`PF24758`	LRR_At5g56370	81	111	0.0021	18.5
TkA02G406880	`PF12799`	LRR_4	92	119	1.1e-33	115.2
TkA02G406880	`PF23598`	LRR_14	92	207	1e-29	104.1
TkA02G406880	`PF24048`	LRR_NXF1-5	101	153	1.8	8.9
TkA02G406880	`PF23952`	LRR_EndoS	101	111	9.8	7.2
TkA02G406880	`PF13516`	LRR_6	102	113	0.38	11.6
TkA02G406880	`PF00560`	LRR_1	104	126	2.9e-44	140.2
TkA02G406880	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	105	159	1e-05	26.1
TkA02G406880	`PF12799`	LRR_4	127	172	1.1e-33	115.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9H7`	拟南芥	sp\|Q9C9H7\|RLP12_ARATH Receptor-like protein 12	39.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SVM3`	拟南芥	sp\|Q9SVM3\|RLP49_ARATH Receptor-like protein 49	32.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C9H6`	拟南芥	sp\|Q9C9H6\|RLP11_ARATH Receptor-like protein 11	38.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SVN2`	拟南芥	sp\|Q9SVN2\|RLP47_ARATH Receptor-like protein 47	31.600%	Swiss-Prot	低置信

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