TkA02G406680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406680

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103394862-103397987 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1820 bp · TkA02G406680|TK1151|cDNA

CGCTTAACAGACCCCGCTATACCATCATCTTCTCTCTCGCATGAAAATTTTGTGAAGTTTAGAGGGTGAGAGCAGAGCGAGAGAAGCTAGTTATGGCGTTTTCTAGGGTTGGCGTCTTGTTGTGTTTTTTTGTAGTTCTATCATCGACTGTATCGATCTCTTCTGCTTCTGAGGAGGAGAAAGAATATGTATTTACTTTGGATCACTCGAATTTTTCGGAGATTGTGTCAAAACACAATTTCATCGTCGTTGAATTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · TkA02G406680|TK1151|CDS

ATGGCGTTTTCTAGGGTTGGCGTCTTGTTGTGTTTTTTTGTAGTTCTATCATCGACTGTATCGATCTCTTCTGCTTCTGAGGAGGAGAAAGAATATGTATTTACTTTGGATCACTCGAATTTTTCGGAGATTGTGTCAAAACACAATTTCATCGTCGTTGAATTCTATGCTCCTTGGTGTGGTCATTGTAAGCATCTTGCTCCAGAGTATGAAAAAGCTGCATCGGTGTTGTCAAGCCACGACCCCGTAATTGCGTTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

493 aa · TkA02G406680|TK1151|PROTEIN

MAFSRVGVLLCFFVVLSSTVSISSASEEEKEYVFTLDHSNFSEIVSKHNFIVVEFYAPWCGHCKHLAPEYEKAASVLSSHDPVIALAKVDANAEENKELAEKFEIQGFPTIKIFRNGGKDMQDYKGPREADGIVTYLKKQVGPASIEIKTAQDAESVIDDKKIFIVGIFPKFSGEEFDNFMILAEKMRSDYDFGHTTSAKLIPRGESSITKPTLRLLKPFDELFVDSKEFKVDAMEKFIEESSTPLVTLFDQSPEYSSFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406680`
TK1151 ID	TkA02G406680
OH-1004 ID	LXL04_003381
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G406680

位置 Chr02:103394862-103397987 (+)

描述 Similar to Protein disulfide-isomerase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21750`	蛋白质二硫键异构酶，与 RD21A 蛋白酶结合，从内质网通过高尔基体运输到发育种子中内皮细胞的裂解和蛋白质储存液泡。	Arabidopsis protein disulfide isomerase-5 inhibits cysteine proteases during trafficking to vacuoles before programmed cell death of the endothelium in developing seeds.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058339
`At1g77510`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003381 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0034975 protein folding in endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分

GO:0000327 lytic vacuole within protein storage vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21750

dosa:Os11g0199200

rcu:8281065

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.873

排名 1 · TkA02G406680 · TK1151

细胞质0.121

排名 2 · TkA02G406680 · TK1151

细胞核0.064

排名 3 · TkA02G406680 · TK1151

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · TkA02G406680 · TK1151

高尔基体0.054

排名 5 · TkA02G406680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04756OST3_OST628-158 aa

PF00085Thioredoxin33-139 aa

PF07912ERp29_N34-140 aa

PF20207PedC-like35-117 aa

PF26959Thioredoxin-like_N35-133 aa

PF13098Thioredoxin_242-139 aa

PF00578AhpC-TSA43-93 aa

PF08534Redoxin47-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406680	`PF04756`	OST3_OST6	28	158	4.4e-14	53.3
TkA02G406680	`PF00085`	Thioredoxin	33	139	3e-56	188.5
TkA02G406680	`PF07912`	ERp29_N	34	140	1.7e-08	35.4
TkA02G406680	`PF20207`	PedC-like	35	117	6.7e-06	26.8
TkA02G406680	`PF26959`	Thioredoxin-like_N	35	133	0.0003	21.4
TkA02G406680	`PF13098`	Thioredoxin_2	42	139	1.6e-13	51.7
TkA02G406680	`PF00578`	AhpC-TSA	43	93	3.8e-05	24.3
TkA02G406680	`PF08534`	Redoxin	47	85	0.00026	21.5
TkA02G406680	`PF13728`	TraF	50	121	0.027	15.1
TkA02G406680	`PF13905`	Thioredoxin_8	51	78	4.7e-08	34.1
TkA02G406680	`PF13899`	Thioredoxin_7	51	114	1.2e-07	32.5
TkA02G406680	`PF14595`	Thioredoxin_9	53	77	0.0029	18.2
TkA02G406680	`PF00462`	Glutaredoxin	55	113	4e-05	24.5
TkA02G406680	`PF13905`	Thioredoxin_8	89	119	4.7e-08	34.1
TkA02G406680	`PF07449`	HyaE	90	117	0.0015	19.3
TkA02G406680	`PF13848`	Thioredoxin_6	96	166	7.5e-29	101.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI01`	拟南芥	sp\|Q9XI01\|PDI11_ARATH Protein disulfide isomerase-like 1-1	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SRG3`	拟南芥	sp\|Q9SRG3\|PDI12_ARATH Protein disulfide isomerase-like 1-2	60.300%	Swiss-Prot	高置信

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