TkA02G385940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G385940

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 98096392-98099219 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1719 bp · TkA02G385940|TK1151|cDNA

TTTTGATATTATCTTACTATAAGTACATGATTTATGCATATTGTTCCCCAAATTTGAGTTCGCCCATCGCGGTCGAACAGGTGATTAAGCGAGCCCTAATGCATTTCACATAAACCCTAACCTTAGTTCATACGCATCCAAATAATCAAATCGTGTTCAAAGCAACCGGAGAATGGCGGAGCACTTGGCGTCAATTTTCGGTACAGAAAAGGACAGAGTGAATTGTCCGTTCTACTTCAAGATCGGAGCTTGTCGGCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · TkA02G385940|TK1151|CDS

ATGGCGGAGCACTTGGCGTCAATTTTCGGTACAGAAAAGGACAGAGTGAATTGTCCGTTCTACTTCAAGATCGGAGCTTGTCGGCATGGCGACAGATGCTCGAGGCTTCACACCAAACCCAGCATCAGCCCCACTCTATTGCTTTCGAATATGTACCAACGCCCTGATTCCATCACTCCAGGTGTTGATCCTCAGGGTCAGCCCCTTGATCCTCGCAAAATCCAAGACCACTTTGAGGATTTTTATGAAGATTTGTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

248 aa · TkA02G385940|TK1151|PROTEIN

MAEHLASIFGTEKDRVNCPFYFKIGACRHGDRCSRLHTKPSISPTLLLSNMYQRPDSITPGVDPQGQPLDPRKIQDHFEDFYEDLFEELSKYGEIESLNICDNLADHMVGNVYVQFREEEHAAKALQNLTGRFYAGRPIIVDFSPVTDFREATCRQYEENVCNRGGYCNFMHLKKIGRELRRQLFGRSRRRRSRSRSHSPHRHPGGGRSSGRRGDYPDPRHHDQEPPPPQPESWREKEPPQSGEGRQC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G385940`
TK1151 ID	TkA02G385940
OH-1004 ID	LXL04_014894
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.919 / OH-1004 75.338 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G385940

位置 Chr02:98096392-98099219 (-)

描述 Similar to U2AF35A: Splicing factor U2af small subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42820`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g27650`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0491756`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献
`Os05g0564200`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0089701 U2AF complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0030628 pre-mRNA 3'-splice site binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27650

ath:AT5G42820

dosa:Os05g0564200

dosa:Os09g0491756

rno:361542

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.716

排名 1 · TkA02G385940 · TK1151

细胞质0.436

排名 2 · TkA02G385940 · TK1151

细胞膜0.045

排名 3 · TkA02G385940 · TK1151

线粒体0.032

排名 4 · TkA02G385940 · TK1151

内质网0.029

排名 5 · TkA02G385940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25585zf-CCCH_DUS3L13-34 aa

PF00642zf-CCCH14-37 aa

PF16131Torus14-42 aa

PF18345zf_CCCH_418-33 aa

PF18044zf-CCCH_418-33 aa

PF29326RRM_MUD2_C78-150 aa

PF00076RRM_183-139 aa

PF28976RRM_ACIN185-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G385940	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	13	34	0.03	15.0
TkA02G385940	`PF00642`	zf-CCCH	14	37	1.2e-12	48.2
TkA02G385940	`PF16131`	Torus	14	42	0.00095	20.4
TkA02G385940	`PF18345`	zf_CCCH_4	18	33	0.00041	21.0
TkA02G385940	`PF18044`	zf-CCCH_4	18	33	0.39	11.3
TkA02G385940	`PF29326`	RRM_MUD2_C	78	150	2.7e-08	34.5
TkA02G385940	`PF00076`	RRM_1	83	139	5.9e-08	33.2
TkA02G385940	`PF28976`	RRM_ACIN1	85	133	0.25	12.2
TkA02G385940	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	103	132	0.15	12.1
TkA02G385940	`PF00642`	zf-CCCH	150	173	1.2e-12	48.2
TkA02G385940	`PF16131`	Torus	151	172	0.00095	20.4
TkA02G385940	`PF18044`	zf-CCCH_4	153	172	0.39	11.3
TkA02G385940	`PF18345`	zf_CCCH_4	154	172	0.00041	21.0
TkA02G385940	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	154	172	0.03	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMY5`	拟南芥	sp\|Q9FMY5\|U2AFB_ARATH Splicing factor U2af small subunit B	84.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S709`	拟南芥	sp\|Q9S709\|U2AFA_ARATH Splicing factor U2af small subunit A	86.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZQW8`	水稻	sp\|Q9ZQW8\|U2AFA_ORYSJ Splicing factor U2af small subunit A	79.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6AUG0`	水稻	sp\|Q6AUG0\|U2AFB_ORYSJ Splicing factor U2af small subunit B	81.200%	Swiss-Prot	高置信

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