TkA02G380820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G380820

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 96823507-96827593 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2151 bp · TkA02G380820|TK1151|cDNA

ATGGCAGTGGAGGGTGGTAGCAGAAGAGGCCGTGATGACCACCATGAATCCGCCATTCATAGCCGTGGCAAGAAAAAATACCAGCGGCATACTTCTGAGCAGATTCAGCTTCTTGAGGCAACGTTCGATGAATGTCCTCACCCAGATGAAAATTTAAGATCGCAATTGAGTCAGGAGATGGGTTTGACTCCCCGACAGATTAAGTTTTGGTTTCAGAATCGTAGAACTCAATTGAAGGCAAAAAGCGAGACGGCGGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2151 bp · TkA02G380820|TK1151|CDS

ATGGCAGTGGAGGGTGGTAGCAGAAGAGGCCGTGATGACCACCATGAATCCGCCATTCATAGCCGTGGCAAGAAAAAATACCAGCGGCATACTTCTGAGCAGATTCAGCTTCTTGAGGCAACGTTCGATGAATGTCCTCACCCAGATGAAAATTTAAGATCGCAATTGAGTCAGGAGATGGGTTTGACTCCCCGACAGATTAAGTTTTGGTTTCAGAATCGTAGAACTCAATTGAAGGCAAAAAGCGAGACGGCGGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

716 aa · TkA02G380820|TK1151|PROTEIN

MAVEGGSRRGRDDHHESAIHSRGKKKYQRHTSEQIQLLEATFDECPHPDENLRSQLSQEMGLTPRQIKFWFQNRRTQLKAKSETADNSLLKMENHKIRSENIAIKEALKNAICSTCGGPHSAQGDCHEEQRLHYENAQLKKELERVSTIVSRYIGRPIMSQFPPDYVEQSHLCSPDLSMVTSLSATQQRMVTMASGGPPPNGIIVSASNTIHPSHPLLLTGMQKSLIADIATSALKELMRLIQTNEPFWTKSADGRDVLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G380820`
TK1151 ID	TkA02G380820
OH-1004 ID	LXL04_014959
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G380820

位置 Chr02:96823507-96827593 (+)

描述 Similar to HDG11: Homeobox-leucine zipper protein HDG11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73360`	转录因子，作为干旱胁迫耐受性的正调节剂。	Characterization of the class IV homeodomain-Leucine Zipper gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077388 Cell cycle regulates cell type in the Arabidopsis sepal.2012 · DOI: 10.1242/dev.082925 HDG11 upregulates cell-wall-loosening protein genes to promote root elongation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru202 HD-Zip Proteins GL2 and HDG11 Have Redundant Functions in Arabidopsis Trichomes, and GL2 Activates a Positive Feedback Loop via MYB23.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.120360 Activated expression of AtEDT1/HDG11 promotes lateral root formation in Arabidopsis mutant edt1 by upregulating jasmonate biosynthesis.2015 · DOI: 10.1111/jipb.12347
`At1g17920`	可能与HDG11共同负向调控表皮毛分枝的转录因子。	Characterization of the class IV homeodomain-Leucine Zipper gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077388 Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
`At4g04890`	可能结合L1盒DNA序列5′-TAAATG[CT]A-3′的转录因子。	Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292 Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211 Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647
`At4g21750`	可能参与胚胎发生过程中细胞规格和模式形成的转录因子。	Identification of a cis-regulatory element for L1 layer-specific gene expression, which is targeted by an L1-specific homeodomain protein.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01047.x Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292 Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0208100`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程

GO:2000033 regulation of seed dormancy process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17920

ath:AT1G73360

ath:AT4G04890

dosa:Os06g0208100

dosa:Os08g0187500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA02G380820 · TK1151

细胞质0.157

排名 2 · TkA02G380820 · TK1151

细胞膜0.047

排名 3 · TkA02G380820 · TK1151

质体0.023

排名 4 · TkA02G380820 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA02G380820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046Homeodomain24-79 aa

PF05920Homeobox_KN45-76 aa

PF25317SAM_SMF53-78 aa

PF07587PSD188-162 aa

PF25317SAM_SMF177-187 aa

PF25797PDF2_C197-210 aa

PF07587PSD1212-272 aa

PF01852START230-454 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G380820	`PF00046`	Homeodomain	24	79	2.2e-18	66.5
TkA02G380820	`PF05920`	Homeobox_KN	45	76	1.3e-05	25.7
TkA02G380820	`PF25317`	SAM_SMF	53	78	0.67	11.0
TkA02G380820	`PF07587`	PSD1	88	162	0.045	13.9
TkA02G380820	`PF25317`	SAM_SMF	177	187	0.67	11.0
TkA02G380820	`PF25797`	PDF2_C	197	210	3.6e-80	269.2
TkA02G380820	`PF07587`	PSD1	212	272	0.045	13.9
TkA02G380820	`PF01852`	START	230	454	3.1e-35	122.1
TkA02G380820	`PF25797`	PDF2_C	473	708	3.6e-80	269.2
TkA02G380820	`PF01852`	START	635	648	3.1e-35	122.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX31`	拟南芥	sp\|Q9FX31\|HDG11_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG11	49.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LMT8`	拟南芥	sp\|Q9LMT8\|HDG12_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG12	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93V99`	拟南芥	sp\|Q93V99\|PDF2_ARATH Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 2	42.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWU4`	拟南芥	sp\|Q8RWU4\|ATML1_ARATH Homeobox-leucine zipper protein MERISTEM L1	40.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q69T58`	水稻	sp\|Q69T58\|ROC8_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC8	45.900%	Swiss-Prot	中等置信

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