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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G379230
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 96430875-96432426 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1054 bp · TkA02G379230|TK1151|cDNA

ATTTTATATTATTATGAAACAATATATATAATATAATGATTTAGGAGATAACAACTATTGTGATAAACTTAAATAAAAGCCCCAAAAAACTTTAGCTTATAAATATAATTCCAAAGTAGAATCATTCTATCTTCATTACAAAGCATATACACCCCTTTACTCTATAACTAACCCATCATATTATTCCCGATCCCATTGCAATTTCTCAATCACCATCACCACCTGTCTACCACCATCGCCATCATAAATCTAATCGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · TkA02G379230|TK1151|CDS

ATGAAAGATCGAATGGAACGTTTTATCGCGTTTCCCTTTGCCACGGGGTGTGTCTCCGCCTCTAGTGTCGTAGTTTCTGGACAACACAATAGAAGATCAAAGGAAGACATTGACTCGCCTCACACAGTGTGTAGATCATATAGCCTTCCAAAGGATCCGAAATATGAAGATGGAACACCCATATCGAGCGACAACATGACAAAGAGCTCATTTCGATTCACGGCGCTTTCAAAGCCTATTGTATCTGTTGCACTCCACCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

192 aa · TkA02G379230|TK1151|PROTEIN

MKDRMERFIAFPFATGCVSASSVVVSGQHNRRSKEDIDSPHTVCRSYSLPKDPKYEDGTPISSDNMTKSSFRFTALSKPIVSVALHRLTRGIKSISQSLAFKEENETQMEMEIGLPTDVKHVAHVGFDGSVTSEVNRPRSLSNTDYLGFCPVSFAQLEGRLAMCAPLDASRDTKNTLPNAKRARNKTETSMV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G379230
TK1151 IDTkA02G379230
OH-1004 IDLXL04_014979
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G379230
位置Chr02:96430875-96432426 (+)
描述Similar to RIC4: CRIB domain-containing protein RIC4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g16490 作为“植物 Rho” 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。
A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218
Arabidopsis interdigitating cell growth requires two antagonistic pathways with opposing action on cell morphogenesis.2005 · DOI: 10.1016/j.cell.2004.12.026
A Rho family GTPase controls actin dynamics and tip growth via two counteracting downstream pathways in pollen tubes.2005 · DOI: 10.1083/jcb.200409140
Arabidopsis ROP1 and ROP6 influence germination time, root morphology, the formation of F-actin bundles, and symbiotic fungal interactions.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss101
At1g27380 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献
At4g04900 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。
A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218
At4g28556 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献
At1g03982 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014979 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程
GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程
GO:0030833 regulation of actin filament polymerization 生物过程
GO:0051650 establishment of vesicle localization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03982
ath:AT2G20430
ath:AT4G04900
ath:AT4G28556
ath:AT5G16490
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.380
排名 1 · TkA02G379230 · TK1151
细胞核0.323
排名 2 · TkA02G379230 · TK1151
线粒体0.200
排名 3 · TkA02G379230 · TK1151
细胞膜0.148
排名 4 · TkA02G379230 · TK1151
内质网0.080
排名 5 · TkA02G379230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12018FAP20684-159 aa
PF00786PBD112-132 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G379230PF12018FAP206841590.09712.7
TkA02G379230PF00786PBD1121322.9e-0525.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFD5拟南芥sp|Q9FFD5|RIC4_ARATH CRIB domain-containing protein RIC436.800%Swiss-Prot中等置信
Q8GYU0拟南芥sp|Q8GYU0|RIC2_ARATH CRIB domain-containing protein RIC243.500%Swiss-Prot低置信
Q9M0Y9拟南芥sp|Q9M0Y9|RIC10_ARATH CRIB domain-containing protein RIC1048.000%Swiss-Prot低置信
Q1G3K8拟南芥sp|Q1G3K8|RIC7_ARATH CRIB domain-containing protein RIC752.100%Swiss-Prot低置信
Q9ZWB8拟南芥sp|Q9ZWB8|RIC8_ARATH CRIB domain-containing protein RIC838.400%Swiss-Prot低置信

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