TkA02G373300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G373300

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 95017786-95023519 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3936 bp · TkA02G373300|TK1151|cDNA

AAAAAACCATTTAAACCAAAACTAATAGATATTCGGCCAAAATGAAATTATCTCATTATGTCTTGGAATTTGGCAGCGGCCAGCGAGGGCGTTCGCTGATTTACAAAGATGGATGAACAGATTTAAATTACAAGAGAAACCCTCGCAAACGCAAGAATGGCGGATGAATCACCACCACCAGGAGAGGAATCTCTCCAACCAGCAACACCATTGTTCCCGGTTTTGCCCACAACAGCCTCCGAACCAATAAACCCTCTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

3471 bp · TkA02G373300|TK1151|CDS

ATGGCGGATGAATCACCACCACCAGGAGAGGAATCTCTCCAACCAGCAACACCATTGTTCCCGGTTTTGCCCACAACAGCCTCCGAACCAATAAACCCTCTACAACTCTCTAATTCCAATGCACCAGGCTGGCTCAGCAACACCAGCTTCACAGCCGACATCTCAATCATCAATGACGTCGTATCCAGTCGCCACCATCACTACAGCGAACTCGATGAAGAGGAAGAAGAGAAAACAGCAGCAGAAACAGAAGAAAGGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1156 aa · TkA02G373300|TK1151|PROTEIN

MADESPPPGEESLQPATPLFPVLPTTASEPINPLQLSNSNAPGWLSNTSFTADISIINDVVSSRHHHYSELDEEEEEKTAAETEERRPQARYELVDSSASDQDIDRNSRSSNKEQKRKRRRTKKGAANSGYDYGPSSRKQNIKSWAKETTSSSATKEYYFDSRGDRDNLAFGCLYRMDVARYKLFHGSKSSGFNSNFHSSNTRSWGFDGDNDVNSLDTKLRSEGRYWSAKYAALEHHKNFKRLRIIAPKDSTPETTTDFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G373300`
TK1151 ID	TkA02G373300
OH-1004 ID	LXL04_015029
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G373300`
位置	Chr02:95017786-95023519 (+)
描述	Similar to NRDE2: Nuclear exosome regulator NRDE2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015029` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程 GO:0046833 positive regulation of RNA export from nucleus 生物过程 GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0071030 nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing 生物过程 GO:1902369 negative regulation of RNA catabolic process 生物过程 GO:1902795 siRNA-mediated facultative heterochromatin formation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0283719 hsa:55051 mmu:217827 spo:2540691 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.949

排名 1 · TkA02G373300 · TK1151

细胞质0.114

排名 2 · TkA02G373300 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA02G373300 · TK1151

线粒体0.018

排名 4 · TkA02G373300 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA02G373300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04847Calcipressin5-119 aa

PF04847Calcipressin230-257 aa

PF23240HAT_PRP39_N282-343 aa

PF08424NRDE-2288-675 aa

PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N298-417 aa

PF05843Suf301-415 aa

PF23231HAT_Syf1_CNRKL1_C301-346 aa

PF31234TPR_Psidin_N327-362 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G373300	`PF04847`	Calcipressin	5	119	1.3	9.5
TkA02G373300	`PF04847`	Calcipressin	230	257	1.3	9.5
TkA02G373300	`PF23240`	HAT_PRP39_N	282	343	0.00024	21.9
TkA02G373300	`PF08424`	NRDE-2	288	675	2.1e-80	271.0
TkA02G373300	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	298	417	1.1e-05	26.0
TkA02G373300	`PF05843`	Suf	301	415	0.00022	20.6
TkA02G373300	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	301	346	0.024	14.1
TkA02G373300	`PF31234`	TPR_Psidin_N	327	362	0.14	12.4
TkA02G373300	`PF13428`	TPR_14	332	355	0.061	14.8
TkA02G373300	`PF14559`	TPR_19	334	364	0.13	13.3
TkA02G373300	`PF23240`	HAT_PRP39_N	338	414	0.00024	21.9
TkA02G373300	`PF13428`	TPR_14	349	389	0.061	14.8
TkA02G373300	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	371	418	0.024	14.1
TkA02G373300	`PF13428`	TPR_14	405	421	0.061	14.8
TkA02G373300	`PF31234`	TPR_Psidin_N	445	473	0.14	12.4
TkA02G373300	`PF13428`	TPR_14	452	471	0.061	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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