RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G365120
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 92920281-92924732 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2113 bp · TkA02G365120|TK1151|cDNA

TAAATTCCTATATGCTTTTTTTCAATTTGACTTGGACACATCATCAAACGTTCCTTCTTCCTCACTTTCCTTGATCGATCATCGTTTACCGCTAGAAGAAACCCCTCTTCTCCATCATTCATCCATCAATCAATTGTCCACCATCATCACCACCGGCAACCACCATGCAACAAGGCGATTACACCTCTACAACTCCGTATTATCACAATTACCCTCAAACCCCTAACCCAAATCCCATCACCGATCTCCACCATCCTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · TkA02G365120|TK1151|CDS

ATGCAACAAGGCGATTACACCTCTACAACTCCGTATTATCACAATTACCCTCAAACCCCTAACCCAAATCCCATCACCGATCTCCACCATCCTCCGGCAACTTACGCCTCCGCACCTCCCTTCACCAACACCACTACTTACCATCCTCCAACCTCCGATTTCTATTCTCCTTACCCTCAACAGCATCCCGATCCTCTCCCTCCTACTGCTCCTTCTTACGCTCCTCCCCCTCCAAACCCTAATCCGCAACCCTCAAGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

573 aa · TkA02G365120|TK1151|PROTEIN

MQQGDYTSTTPYYHNYPQTPNPNPITDLHHPPATYASAPPFTNTTTYHPPTSDFYSPYPQQHPDPLPPTAPSYAPPPPNPNPQPSSFPQFETPHTPYQSQPPYNSPYDHHQTPPTYPSPPASSIPHNSTPLNHSSSFQYSSSLYTNPSPVPSQVPGPAYESPYETGYGGNYGRSTSDLGGGGGSADYYGKRPDVGMSRFEPSGGYGGDGYGEGVYAYQGGKAEPYGSRGTASKSSTWKEKVIFDDFGRPIGLPGKDSPSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G365120
TK1151 IDTkA02G365120
OH-1004 IDLXL04_015125
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G365120
位置Chr02:92920281-92924732 (-)
描述Similar to FREE1: Protein FREE1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20110 运输 成分所需的内体分选复合物调节多泡体 蛋白质分选和植物生长。
A unique plant ESCRT component, FREE1, regulates multivesicular body protein sorting and plant growth.2014 · DOI: 10.1016/j.cub.2014.09.014
Dual roles of an Arabidopsis ESCRT component FREE1 in regulating vacuolar protein transport and autophagic degradation.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1421271112
FYVE1 is essential for vacuole biogenesis and intracellular trafficking in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.253377
FYVE1/FREE1 Interacts with the PYL4 ABA Receptor and Mediates Its Delivery to the Vacuolar Degradation Pathway.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00178
The effect of ABRE BINDING FACTOR 4-mediated FYVE1 on salt stress tolerance in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2020.110489

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015125 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程
GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程
GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程
GO:0035973 aggrephagy 生物过程
GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程
GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程
GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20110
cel:CELE_R160.7
hsa:23001
mmu:216724
mmu:72145
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482
排名 1 · TkA02G365120 · TK1151
细胞膜0.301
排名 2 · TkA02G365120 · TK1151
细胞核0.259
排名 3 · TkA02G365120 · TK1151
高尔基体0.098
排名 4 · TkA02G365120 · TK1151
内质网0.091
排名 5 · TkA02G365120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08416PTB276-334 aa
PF02174IRS299-361 aa
PF01363FYVE420-483 aa
PF01485IBR424-458 aa
PF02318FYVE_2427-482 aa
PF21272FYVE_CARP1-2432-460 aa
PF22601RIM2a_ZnF444-479 aa
PF23903Phage_zn_bind_2475-482 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G365120PF08416PTB2763340.001619.2
TkA02G365120PF02174IRS2993610.005717.4
TkA02G365120PF01363FYVE4204837.9e-2071.5
TkA02G365120PF01485IBR4244581.49.7
TkA02G365120PF02318FYVE_24274826.17.8
TkA02G365120PF21272FYVE_CARP1-24324602.09.3
TkA02G365120PF22601RIM2a_ZnF4444790.6810.6
TkA02G365120PF23903Phage_zn_bind_24754820.09513.4
TkA02G365120PF02318FYVE_25095656.17.8
TkA02G365120PF23903Phage_zn_bind_25195450.09513.4
TkA02G365120PF24868YABBY_N5355660.1912.0
TkA02G365120PF21272FYVE_CARP1-25365652.09.3
TkA02G365120PF01485IBR5385681.49.7
TkA02G365120PF01363FYVE5565707.9e-2071.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ASS2拟南芥sp|Q9ASS2|FREE1_ARATH Protein FREE156.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看