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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G360510
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 91640197-91640697 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

501 bp · TkA02G360510|TK1151|cDNA

ATGTCCCTAGTTAAATCCAAGGGTGCACTTCAAAAGTTTGCATTACTACCTCACAACACAACCCTTACCGTGCGCTTTGGTGCGTACGATACAGTTGGCCTTTTTCAAAAGATGATGATTTCCTTATTTCTCGCCCTGTTTCTACCCTGCGCCGGGATGAGTGCGGTGTTCCTTGTGTACATGTGTTTGCTATGGTACGCCGCACATCACCTCCCTGTAATGACGGCTCCGGAGAAACCCACCACCGATACTGGCCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

501 bp · TkA02G360510|TK1151|CDS

ATGTCCCTAGTTAAATCCAAGGGTGCACTTCAAAAGTTTGCATTACTACCTCACAACACAACCCTTACCGTGCGCTTTGGTGCGTACGATACAGTTGGCCTTTTTCAAAAGATGATGATTTCCTTATTTCTCGCCCTGTTTCTACCCTGCGCCGGGATGAGTGCGGTGTTCCTTGTGTACATGTGTTTGCTATGGTACGCCGCACATCACCTCCCTGTAATGACGGCTCCGGAGAAACCCACCACCGATACTGGCCTTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

166 aa · TkA02G360510|TK1151|PROTEIN

MSLVKSKGALQKFALLPHNTTLTVRFGAYDTVGLFQKMMISLFLALFLPCAGMSAVFLVYMCLLWYAAHHLPVMTAPEKPTTDTGLSAAELDKLPRTTGKELGVGTECSVCLEDIEAEQPARVVPGCNHGFHLQCADTWLSKNPACPVCRNKLEPDFFRTSETCPC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G360510
TK1151 IDTkA02G360510
OH-1004 IDLXL04_015146
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 68.675 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G360510
位置Chr02:91640197-91640697 (-)
描述Similar to ATL23: E3 ubiquitin-protein ligase ATL23
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g42200 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。 暂无已核实直接文献
At3g18773 RING-H2 指蛋白 ATL77。 暂无已核实直接文献
At1g72310 RING-H2锌指蛋白ATL3。 暂无已核实直接文献
At3g10910 RING-H2 指蛋白 ATL72。 暂无已核实直接文献
At5g01880 RING-H2指蛋白ATL74。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015146 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT2G17450
ath:AT3G10910
ath:AT3G18773
ath:AT5G42200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.275
排名 1 · TkA02G360510 · TK1151
细胞膜0.260
排名 2 · TkA02G360510 · TK1151
高尔基体0.255
排名 3 · TkA02G360510 · TK1151
溶酶体／液泡0.213
排名 4 · TkA02G360510 · TK1151
细胞质0.211
排名 5 · TkA02G360510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920zf-C3HC4_346-51 aa
PF17123zf-RING_1147-50 aa
PF14446Prok-RING_1104-136 aa
PF29452FAR1_N105-155 aa
PF13920zf-C3HC4_3106-153 aa
PF13639zf-RING_2107-150 aa
PF17123zf-RING_11107-135 aa
PF13923zf-C3HC4_2107-149 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G360510PF13920zf-C3HC4_346515e-0523.7
TkA02G360510PF17123zf-RING_1147502e-1040.9
TkA02G360510PF14446Prok-RING_11041360.01116.5
TkA02G360510PF29452FAR1_N1051550.1512.8
TkA02G360510PF13920zf-C3HC4_31061535e-0523.7
TkA02G360510PF13639zf-RING_21071507e-1452.5
TkA02G360510PF17123zf-RING_111071352e-1040.9
TkA02G360510PF13923zf-C3HC4_21071491.2e-0732.1
TkA02G360510PF14634zf-RING_51071502.8e-0524.7
TkA02G360510PF17120zf-RING_161071480.0116.1
TkA02G360510PF21202SLX1_C1071520.1313.4
TkA02G360510PF12678zf-rbx11081504.5e-0833.9
TkA02G360510PF00097zf-C3HC41081493.2e-0627.6
TkA02G360510PF13445zf-RING_UBOX1081472.9e-0524.7
TkA02G360510PF14447Prok-RING_41081550.006617.0
TkA02G360510PF24921RING_XB3-XBAT311081530.03115.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L9W3拟南芥sp|Q8L9W3|ATL23_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL2351.500%Swiss-Prot高置信
Q9LS99拟南芥sp|Q9LS99|ATL77_ARATH RING-H2 finger protein ATL7739.100%Swiss-Prot中等置信
Q9XF63拟南芥sp|Q9XF63|ATL3_ARATH RING-H2 finger protein ATL339.200%Swiss-Prot低置信
Q9SG96拟南芥sp|Q9SG96|ATL72_ARATH RING-H2 finger protein ATL7254.200%Swiss-Prot低置信
Q9LZV8拟南芥sp|Q9LZV8|ATL74_ARATH RING-H2 finger protein ATL7441.700%Swiss-Prot低置信

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