TkA02G339620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G339620

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 86228015-86231271 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1505 bp · TkA02G339620|TK1151|cDNA

AGCAAACGATCGCGTGCCTCTCTATCTATCGGGAACACGTCGTCCTTCGTGCAATCTCGTCCCTCTCGTTCTGTGAAGAAAGACTCGTATCAGTTGTATTCTGCATCGTGTGAAAAAACGAATTGCCTTTATGCGTCTGATCTTTATGTGTACTGTCAAAGCAAACGAAAATATCCAAAGTATTATTGCATCGTCCCTCTCGTTTAACTTGTCTCTCTATCTCTCGGATACATGAGGAACGAATTGCGCAACTCAGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

306 bp · TkA02G339620|TK1151|CDS

ATGACTGCCCGGGTTCCCAATTTGGGTCTATTAAAAGCCTTTTCAGATTTCAAACATCTTGTTCAGGATATATCAAGATGTGAAGACAGTCTGTCAACATTGAAAACAATGCAGGAACAAACACCTTCCCCTCGAGTGGCACAAGAAATCCTTCGGCTTGAAAAGGAAATCGAAACGTTTACACAAGAGAAGTTATGTTATGAGGCTCAGATACTGAGGTCGTTCATTGACAAATTTCGTTACAATGCGAAACGTGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

101 aa · TkA02G339620|TK1151|PROTEIN

MTARVPNLGLLKAFSDFKHLVQDISRCEDSLSTLKTMQEQTPSPRVAQEILRLEKEIETFTQEKLCYEAQILRSFIDKFRYNAKRASLVQSRIKVRVICYI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G339620`
TK1151 ID	TkA02G339620
OH-1004 ID	LXL04_006562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 72.277 / OH-1004 6.266 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G339620

位置 Chr02:86228015-86231271 (-)

描述 Similar to PUB1: Probable ubiquitin conjugation factor E4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15400`	泛素-蛋白连接酶，可能在特定 E1 和 E2 连接酶的协作下发挥 E3 连接酶的功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15400

hsa:10277

hsa:9354

mmu:63958

spo:2542023

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575

排名 1 · TkA02G339620 · TK1151

细胞核0.398

排名 2 · TkA02G339620 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA02G339620 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA02G339620 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA02G339620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10408Ufd2P_core1-73 aa

PF20503DUF673020-88 aa

PF16735MYO10_CC25-40 aa

PF16735MYO10_CC48-64 aa

PF12848ABC_tran_Xtn60-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G339620	`PF10408`	Ufd2P_core	1	73	1.9e-08	34.0
TkA02G339620	`PF20503`	DUF6730	20	88	0.047	15.3
TkA02G339620	`PF16735`	MYO10_CC	25	40	0.047	14.6
TkA02G339620	`PF16735`	MYO10_CC	48	64	0.047	14.6
TkA02G339620	`PF12848`	ABC_tran_Xtn	60	94	6.2e-05	23.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF41`	拟南芥	sp\|Q9LF41\|UBE4_ARATH Probable ubiquitin conjugation factor E4	69.900%	Swiss-Prot	高置信

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