LXL04_006562 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006562

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 13469043-13477799 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3498 bp · LXL04_006562|LXL04_006562|OH1004|cDNA

atggttgctcgctacaaccccgaccctcgaaagtcattaagtgaaaagtattctgaccactacactatcactgcgtctggagaaacATGTGAACGTGGAAGAAGAAACCAAGAGTCGGAAGATGATTTCATTGAATCGGAAGAAGTTAGCCGTAATACCGAAGTGCCAAATGAGGAAACTTCACCAAGTTTCCGGTGCAATAAGTGGAAACGTCGAAACGATGATGGTTTCAACAATGCGGTTGGCTTGATTACCGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3498 bp · LXL04_006562|LXL04_006562|OH1004|CDS

ATGGTTGCTCGCTACAACCCCGACCCTCGAAAGTCATTAAGTGAAAAGTATTCTGACCACTACACTATCACTGCGTCTGGAGAAACATGTGAACGTGGAAGAAGAAACCAAGAGTCGGAAGATGATTTCATTGAATCGGAAGAAGTTAGCCGTAATACCGAAGTGCCAAATGAGGAAACTTCACCAAGTTTCCGGTGCAATAAGTGGAAACGTCGAAACGATGATGGTTTCAACAATGCGGTTGGCTTGATTACCGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1165 aa · LXL04_006562|LXL04_006562|OH1004|PROTEIN

MVARYNPDPRKSLSEKYSDHYTITASGETCERGRRNQESEDDFIESEEVSRNTEVPNEETSPSFRCNKWKRRNDDGFNNAVGLITESLKEISKDLSQGIKFDMKINELSEKIPPEILKMTSLSQLEKFKALTKIRSDPIHVQNFWQIEEGDQEIMATITAKPQRSPEEIEDIILRKIFLVTLIDSMGNDTRVVYLEMTAAEILSEGGELRLSRDLMERVLVDRLSGNFTSAEPPFQYLVGIYRRAYEEGKKIANMKDKSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006562`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006562

位置 Chr02:13469043-13477799 (+)

描述 Similar to PUB1: Probable ubiquitin conjugation factor E4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15400`	泛素-蛋白连接酶，可能在特定 E1 和 E2 连接酶的协作下发挥 E3 连接酶的功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15400

hsa:10277

hsa:9354

mmu:63958

spo:2542023

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.834

排名 1 · LXL04_006562 · OH-1004

细胞质0.327

排名 2 · LXL04_006562 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_006562 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 4 · LXL04_006562 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_006562 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10408.15Ufd2P_core412-1041 aa

PF04564.22U-box1058-1129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006562	`PF10408.15`	Ufd2P_core	412	1041	4.1e-201	670.4
LXL04_006562	`PF04564.22`	U-box	1058	1129	2.4e-30	105.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF41`	拟南芥	Probable ubiquitin conjugation factor E4	73.183%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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