TkA02G290150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G290150

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 74129705-74135779 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4109 bp · TkA02G290150|TK1151|cDNA

ATGTGCTACTGTGCTAGTGTGTGCGGCGGGTGAACCCGCTCAGTTATTCCTGTTCGACGCAACCAAGATAAACCGAAGGAAACTCTCTCGCTATCTCGTTCATCACAGCGTCACCATCACTTGCAGGCTAAGCTTGCACCTGCCGCAAGCATAATCTAGTAAGCCCTAGTTCTACCACAAGTGTGGCGTTAAGAAGCCTTCTTTCTCTACATCCAATTCGCCTTATCCGCAACCTTCAATCATCCATCGTACACCGGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3285 bp · TkA02G290150|TK1151|CDS

ATGGCAGACGCCAATGACAGTGGTAGAAGCTTCAAGAGGAGGGACCAGCTTCTGGAAATGGAACACGAAGTCCGAAAATGGTGGGATGATGGCCAAGTTTTCAATGCTGAAGCCAGTGATCAACCTCCCAAAGAAGGCGACAAGTTTTTTGGGAGCTTCCCATTTCCATATATGAACGGATATCTCCATCTAGGGCACGCATTTTCCCTCTCCAAACTCGAATTCGCTGCTGCATATCACAGATTAAGGGGCGCTAACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1094 aa · TkA02G290150|TK1151|PROTEIN

MADANDSGRSFKRRDQLLEMEHEVRKWWDDGQVFNAEASDQPPKEGDKFFGSFPFPYMNGYLHLGHAFSLSKLEFAAAYHRLRGANVLLPFGFHCTGMPIKASADKLRREIERFGNPPSFPSETEETVIEPEVKIEGSQQSQPDKFKGKKSKAASKTGKETYQWEIMRGYGLSDTEIATFQDPVQWLRFFPPLAVEDLKAFGLGADWRRSFITTDINPYFDSFVRWQMRKLKSMGKIVKDLRYTIYSPLDGQPCADHDRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G290150`
TK1151 ID	TkA02G290150
OH-1004 ID	LXL04_003357
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	79.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 9.598 / OH-1004 22.440 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G290150

位置 Chr02:74129705-74135779 (-)

描述 Similar to At1g09620: Leucine--tRNA ligase, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09620`	在双步反应中催化氨基酸特异性附着到其对应的 tRNA 上：氨基酸（AA）首先由 ATP 激活形成 AA-AMP，然后转移到 tRNA 的受体端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003357 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006425 glutaminyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006429 leucyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0032008 positive regulation of TOR signaling 生物过程

GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0071233 cellular response to L-leucine 生物过程

GO:1904263 positive regulation of TORC1 signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09620

cel:CELE_R74.1

hsa:51520

mmu:107045

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.624

排名 1 · TkA02G290150 · TK1151

细胞核0.204

排名 2 · TkA02G290150 · TK1151

线粒体0.124

排名 3 · TkA02G290150 · TK1151

过氧化物酶体0.113

排名 4 · TkA02G290150 · TK1151

质体0.076

排名 5 · TkA02G290150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00133tRNA-synt_125-106 aa

PF09334tRNA-synt_1g54-111 aa

PF28879CCDC163125-142 aa

PF00133tRNA-synt_1196-759 aa

PF28879CCDC163343-366 aa

PF09334tRNA-synt_1g565-592 aa

PF09334tRNA-synt_1g665-765 aa

PF01406tRNA-synt_1e674-749 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G290150	`PF00133`	tRNA-synt_1	25	106	4.2e-26	92.4
TkA02G290150	`PF09334`	tRNA-synt_1g	54	111	3.8e-15	56.3
TkA02G290150	`PF28879`	CCDC163	125	142	0.44	11.6
TkA02G290150	`PF00133`	tRNA-synt_1	196	759	4.2e-26	92.4
TkA02G290150	`PF28879`	CCDC163	343	366	0.44	11.6
TkA02G290150	`PF09334`	tRNA-synt_1g	565	592	3.8e-15	56.3
TkA02G290150	`PF09334`	tRNA-synt_1g	665	765	3.8e-15	56.3
TkA02G290150	`PF01406`	tRNA-synt_1e	674	749	4.4e-08	33.6
TkA02G290150	`PF01921`	tRNA-synt_1f	675	749	0.14	11.8
TkA02G290150	`PF08264`	Anticodon_1	732	780	2.6e-16	60.6
TkA02G290150	`PF08264`	Anticodon_1	799	919	2.6e-16	60.6
TkA02G290150	`PF28879`	CCDC163	902	929	0.44	11.6
TkA02G290150	`PF24810`	RBD_LARS1	951	1028	1.8e-07	31.8
TkA02G290150	`PF28879`	CCDC163	1025	1062	0.44	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I116`	拟南芥	sp\|F4I116\|SYLC_ARATH Leucine--tRNA ligase, cytoplasmic	69.200%	Swiss-Prot	高置信

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