TkA02G260340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G260340

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 66407319-66409934 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1485 bp · TkA02G260340|TK1151|cDNA

GAGCGCTTTGGGACTCCAATTTCTTGTTCCACTGTCACTTTTGCGCACCAACTGATCTTTGTATTTCACCTCAGTCCTCCAATTCGTCGAAGAAAACTCATAACGATCGATACATCAAATCATCAAATCTTATCTGTGAATTCTGATTCCGATCTTACGCAGATCGTCGCCAGAGAAATCCCCGACCTTCTTTATCCACCATCCGACGAAGCATAATTAGATAGTGTTGTTGTCAAGGAAGAAATGCGTAGCCGGGGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · TkA02G260340|TK1151|CDS

ATGCGTAGCCGGGGATCCAACAACCGGCTATCGTCTTCTCGTTCCTTGTTTCAATGGAGAATTGCATCTCTCATTTTATCTATGTTTGCCACCATGGCTGCCTTCTTCGTTGCCTGCCGATTGTGGCAGGAGGCTGAATCTAGGGTTTATCTAGTTAAAGAGCTCGACAGGAGAACCGGTCAGGGGGAGTCTGCCATATCTGTAGATGACACACTTAGAGTCATAGAATGCAGGGAACAACAAAAGAAGTTATCAGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

315 aa · TkA02G260340|TK1151|PROTEIN

MRSRGSNNRLSSSRSLFQWRIASLILSMFATMAAFFVACRLWQEAESRVYLVKELDRRTGQGESAISVDDTLRVIECREQQKKLSVLQIDLNKAKKEGFVSNHVTETKGTNEKKQVLAVIGIVTGFGRRHNRDAIRKAWMPTGTTLKNLEDEKGIIIRFVIGRSSNREDSSDSDIMNENKKTNDFLILNDHVETPEEQPKKTKLFFVNALQHWDAEFYVKVNDDIYLNIDALGAILSSHVDKPRAYIGCMKSGVTNGMNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G260340`
TK1151 ID	TkA02G260340
OH-1004 ID	LXL04_029558
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.317 / OH-1004 73.623 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G260340

位置 Chr02:66407319-66409934 (+)

描述 Similar to HPTG1: Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53340`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	暂无已核实直接文献
`At4g32120`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	Identification of three potent hydroxyproline O-galactosyltransferases in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12764
`At2g25300`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	Identification of three potent hydroxyproline O-galactosyltransferases in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12764
`At1g22015`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g77810`	Beta-1,3-半乳糖基转移酶，可将半乳糖从 UDP-半乳糖转移至具有末端糖基残基的底物。	Identification of a novel group of putative Arabidopsis thaliana beta-(1,3)-galactosyltransferases.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9351-3

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029558 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010405 arabinogalactan protein metabolic process 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0180062 protein O-linked glycosylation via galactose 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0008378 galactosyltransferase activity 分子功能

GO:1990714 hydroxyproline O-galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05170

ath:AT1G11730

ath:AT2G25300

ath:AT4G32120

ath:AT5G53340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.762

排名 1 · TkA02G260340 · TK1151

内质网0.083

排名 2 · TkA02G260340 · TK1151

细胞膜0.080

排名 3 · TkA02G260340 · TK1151

细胞质0.061

排名 4 · TkA02G260340 · TK1151

细胞外0.059

排名 5 · TkA02G260340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13334DUF409422-95 aa

PF01762Galactosyl_T131-283 aa

PF13334DUF4094167-184 aa

PF02434Fringe206-249 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G260340	`PF13334`	DUF4094	22	95	0.0042	18.2
TkA02G260340	`PF01762`	Galactosyl_T	131	283	1.3e-20	74.8
TkA02G260340	`PF13334`	DUF4094	167	184	0.0042	18.2
TkA02G260340	`PF02434`	Fringe	206	249	0.021	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F27`	拟南芥	sp\|Q94F27\|B3GTB_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT1	58.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94A05`	拟南芥	sp\|Q94A05\|B3GTA_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT2	44.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5XEZ1`	拟南芥	sp\|Q5XEZ1\|B3GT9_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT3	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LM60`	拟南芥	sp\|Q9LM60\|B3GT5_ARATH Probable beta-1,3-galactosyltransferase 5	49.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NQB7`	拟南芥	sp\|Q6NQB7\|B3GT7_ARATH Beta-1,3-galactosyltransferase 7	47.100%	Swiss-Prot	低置信

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